CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 292

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	292	I292I		syn	atC	atT	6560	6513	0.992835	29147-29149
N	292	I292I		syn	atC	atA	6560	47	0.00716463	29147-29149
N	292	I292T		nonsyn	aTc	aCc	4675	4520	0.966845	29147-29149
N	292	I292T		nonsyn	aTC	aCT	4675	155	0.0331551	29147-29149
N	292	I292V		nonsyn	Atc	Gtc	232	232	1	29147-29149
N	292	I292N		nonsyn	aTc	aAc	99	99	1	29147-29149
N	292	I292L		nonsyn	Atc	Ctc	46	46	1	29147-29149
N	292	I292del		del	ATC	---	12	12	1	29147-29149
N	292	I292M		nonsyn	atC	atG	6	6	1	29147-29149
N	292	I292S		nonsyn	aTc	aGc	5	5	1	29147-29149
N	292	I292F		nonsyn	Atc	Ttc	2	2	1	29147-29149
N	292	I292del1		del	aTc	a-c	1	1	1	29147-29149
N	292	I292del2		del	ATC	--N	1	1	1	29147-29149
N	292	I292P		nonsyn	ATC	CCA	1	1	1	29147-29149

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	292	I292I	atC	atT	6513	6560	All	0.001246
N	292	I292I	atC	atA	47	6560	All	0.000009
N	292	I292T	aTc	aCc	4520	4675	All	0.000865
N	292	I292T	aTC	aCT	155	4675	All	0.00003
N	292	I292T	aTc	aCc	2353	2363	B.1.1.33	0.99032
N	292	I292T	aTC	aCT	10	2363	B.1.1.33	0.004209
N	292	I292I	atC	atT	2039	2040	B.1.1.7	0.001825
N	292	I292I	atC	atA	1	2040	B.1.1.7	0.000001
N	292	I292T	aTc	aCc	395	538	N.5	0.69788
N	292	I292T	aTC	aCT	143	538	N.5	0.25265
N	292	I292I	atC	atT	468	470	AY.4	0.000728
N	292	I292I	atC	atA	2	470	AY.4	0.000003
N	292	I292I	atC	atT	439	439	P.1	0.006916
N	292	I292I	atC	atT	351	351	B.1.177.35	0.242571
N	292	I292T	aTc	aCc	234	235	N.4	0.995745
N	292	I292T	aTC	aCT	1	235	N.4	0.004255
N	292	I292V	Atc	Gtc	232	232	All	0.000044
N	292	I292T	aTc	aCc	229	229	B.1.1	0.004154
N	292	I292I	atC	atT	226	226	B.1.1.294	0.286076
N	292	I292I	atC	atT	217	217	B.1.1.429	1
N	292	I292I	atC	atT	193	193	B.1.1	0.003501
N	292	I292T	aTc	aCc	172	172	N.3	1
N	292	I292T	aTc	aCc	164	164	N.9	0.97619
N	292	I292I	atC	atT	148	153	B.1	0.001356
N	292	I292I	atC	atA	5	153	B.1	0.000046
N	292	I292I	atC	atT	148	151	B.1.617.2	0.000557
N	292	I292I	atC	atA	3	151	B.1.617.2	0.000011
N	292	I292T	aTc	aCc	140	140	N.6	0.992908
N	292	I292I	atC	atT	132	132	B.1.1.236	0.910345
N	292	I292T	aTc	aCc	127	127	B.1.1.7	0.000114
N	292	I292I	atC	atT	100	101	AY.39	0.002471
N	292	I292I	atC	atA	1	101	AY.39	0.000025
N	292	I292N	aTc	aAc	99	99	All	0.000019
N	292	I292T	aTc	aCc	96	96	B.1.160.16	0.089219
N	292	I292I	atC	atT	91	91	B.1.2	0.000801
N	292	I292I	atC	atT	83	85	AY.44	0.000505
N	292	I292I	atC	atA	2	85	AY.44	0.000012
N	292	I292T	aTc	aCc	83	84	B.1	0.00076
N	292	I292T	aTC	aCT	1	84	B.1	0.000009
N	292	I292I	atC	atT	82	82	AY.25	0.000493
N	292	I292I	atC	atT	82	82	B.1.126	0.104592
N	292	I292I	atC	atT	80	80	B.1.351	0.002378
N	292	I292I	atC	atT	76	77	AY.3	0.000756
N	292	I292I	atC	atA	1	77	AY.3	0.00001
N	292	I292I	atC	atT	71	71	AY.103	0.000441
N	292	I292I	atC	atT	68	68	B.1.240	0.014658
N	292	I292I	atC	atT	63	63	B.1.1.432	0.079747
N	292	I292I	atC	atT	58	58	B.1.1.519	0.002303
N	292	I292I	atC	atT	53	53	B.1.177	0.000698
N	292	I292I	atC	atT	52	52	B.1.429	0.001224
N	292	I292I	atC	atT	49	50	AY.26	0.001387
N	292	I292I	atC	atA	1	50	AY.26	0.000028
N	292	I292I	atC	atT	50	50	AY.43	0.000222
N	292	I292L	Atc	Ctc	46	46	All	0.000009
N	292	I292V	Atc	Gtc	45	45	AY.43	0.000199
N	292	I292I	atC	atT	43	43	B.1.1.28	0.013383
N	292	I292I	atC	atT	43	43	M.1	1
N	292	I292T	aTc	aCc	42	42	N.1	0.711864
N	292	I292I	atC	atT	41	41	B.1.160	0.001279
N	292	I292V	Atc	Gtc	39	39	P.1	0.000614
N	292	I292I	atC	atT	35	35	R.1	0.00315
N	292	I292T	aTc	aCc	34	34	N.10	1
N	292	I292T	aTc	aCc	34	34	N.7	1
N	292	I292N	aTc	aAc	32	32	AY.4	0.00005
N	292	I292T	aTc	aCc	32	32	N.8	1
N	292	I292T	aTc	aCc	31	31	AY.25	0.000186
N	292	I292I	atC	atT	31	31	C.37	0.003598
N	292	I292I	atC	atT	29	29	B.1.1.192	0.066975
N	292	I292I	atC	atT	29	29	B.1.1.214	0.001608
N	292	I292T	aTc	aCc	26	26	AK.1	0.329114
N	292	I292I	atC	atT	26	26	AY.3.1	0.002217
N	292	I292T	aTc	aCc	26	26	AY.4	0.00004
N	292	I292I	atC	atT	26	26	B.1.177.81	0.004922
N	292	I292T	aTc	aCc	26	26	N.2	1
N	292	I292I	atC	atT	24	24	AY.29	0.000379
N	292	I292I	atC	atT	22	22	AY.100	0.001012
N	292	I292V	Atc	Gtc	22	22	AY.4	0.000034
N	292	I292N	aTc	aAc	22	22	AY.4.5	0.002365
N	292	I292I	atC	atT	21	21	AY.119	0.000741
N	292	I292N	aTc	aAc	21	21	B.1.177	0.000277
N	292	I292I	atC	atT	21	21	B.1.311	0.005766
N	292	I292I	atC	atT	14	21	B.1.36	0.002043
N	292	I292I	atC	atA	7	21	B.1.36	0.001021
N	292	I292I	atC	atT	19	19	AY.5	0.000392
N	292	I292T	aTc	aCc	19	19	B.1.139	0.01393
N	292	I292T	aTc	aCc	19	19	B.1.177.44	0.00986
N	292	I292T	aTc	aCc	18	18	AY.44	0.00011
N	292	I292T	aTc	aCc	17	17	B.1.1.519	0.000675
N	292	I292I	atC	atT	17	17	B.1.525	0.001924
N	292	I292I	atC	atT	16	16	AY.117	0.001352
N	292	I292I	atC	atT	16	16	B.1.1.282	0.186047
N	292	I292I	atC	atT	16	16	B.1.1.63	0.006173
N	292	I292I	atC	atA	13	15	AY.47	0.000404
N	292	I292I	atC	atT	2	15	AY.47	0.000062
N	292	I292I	atC	atT	15	15	B.1.509	0.012987
N	292	I292I	atC	atT	13	13	AY.102	0.000345
N	292	I292L	Atc	Ctc	13	13	AY.25	0.000078
N	292	I292I	atC	atT	13	13	B.1.1.434	0.004531
N	292	I292V	Atc	Gtc	13	13	B.1.1.7	0.000012
N	292	I292I	atC	atT	13	13	B.1.526	0.000306
N	292	I292del	ATC	---	12	12	All	0.000002
N	292	I292I	atC	atT	12	12	AY.4.2	0.00026
N	292	I292I	atC	atT	11	11	AY.46.4	0.00181
N	292	I292V	Atc	Gtc	11	11	AY.46.6	0.000794
N	292	I292I	atC	atT	11	11	B.1.1.244	0.169231
N	292	I292I	atC	atT	11	11	B.1.617.1	0.001419
N	292	I292V	Atc	Gtc	11	11	B.1.617.2	0.000041
N	292	I292I	atC	atT	10	10	AY.120	0.000372
N	292	I292V	Atc	Gtc	10	10	B.1.1.519	0.000397
N	292	I292I	atC	atT	10	10	B.1.177.54	0.006064
N	292	I292T	aTc	aCc	10	10	B.1.2	0.000088
N	292	I292I	atC	atT	10	10	B.1.258	0.000665
N	292	I292I	atC	atT	10	10	B.1.438.1	0.001073
N	292	I292T	aTc	aCc	10	10	B.1.617.2	0.000038
N	292	I292T	aTc	aCc	9	9	AY.3	0.00009
N	292	I292I	atC	atT	8	9	AY.33	0.000534
N	292	I292I	atC	atA	1	9	AY.33	0.000067
N	292	I292V	Atc	Gtc	9	9	B.1	0.000082
N	292	I292I	atC	atT	9	9	B.1.1.133	0.076271
N	292	I292I	atC	atT	9	9	B.1.1.258	0.029316
N	292	I292T	aTc	aCc	9	9	B.1.160	0.000281
N	292	I292T	aTc	aCc	9	9	B.1.351	0.000268
N	292	I292I	atC	atT	9	9	P.1.2	0.010405
N	292	I292I	atC	atT	8	8	AY.61	0.000838
N	292	I292I	atC	atT	8	8	AY.69	0.001493
N	292	I292I	atC	atT	8	8	B.1.1.291	0.005939
N	292	I292I	atC	atT	8	8	B.1.1.70	0.002729
N	292	I292I	atC	atT	8	8	B.1.160.14	0.016949
N	292	I292T	aTc	aCc	8	8	B.1.177.75	0.008325
N	292	I292V	Atc	Gtc	8	8	B.1.221	0.000568
N	292	I292T	aTc	aCc	8	8	B.1.429	0.000188
N	292	I292I	atC	atT	8	8	Q.8	0.001319
N	292	I292T	aTc	aCc	7	7	AY.102	0.000186
N	292	I292L	Atc	Ctc	7	7	AY.120	0.00026
N	292	I292I	atC	atT	7	7	AY.45	0.000852
N	292	I292I	atC	atT	6	7	AY.75	0.000336
N	292	I292I	atC	atA	1	7	AY.75	0.000056
N	292	I292I	atC	atT	7	7	B.1.1.216	0.006233
N	292	I292T	aTc	aCc	7	7	B.1.1.393	0.777778
N	292	I292T	aTc	aCc	7	7	B.1.177	0.000092
N	292	I292V	Atc	Gtc	7	7	B.1.595	0.001827
N	292	I292T	aTc	aCc	7	7	B.1.609	0.003356
N	292	I292L	Atc	Ctc	7	7	B.1.617.2	0.000026
N	292	I292I	atC	atT	6	7	B.1.621	0.000531
N	292	I292I	atC	atA	1	7	B.1.621	0.000089
N	292	I292T	aTc	aCc	7	7	P.1	0.00011
N	292	I292M	atC	atG	6	6	All	0.000001
N	292	I292I	atC	atT	6	6	AY.20	0.000233
N	292	I292T	aTc	aCc	6	6	AY.43	0.000027
N	292	I292I	atC	atT	6	6	AY.46	0.000624
N	292	I292V	Atc	Gtc	6	6	AY.69	0.00112
N	292	I292T	aTc	aCc	6	6	AZ.5	0.021053
N	292	I292T	aTc	aCc	6	6	B.1.1.28	0.001867
N	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.1.317	0.00247
N	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.1.39	0.003058
N	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.1.442	0.111111
N	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.416	0.007614
N	292	I292I	atC	atT	6	6	B.1.427	0.000303
N	292	I292I	atC	atT	6	6	P.1.14	0.000287
N	292	I292I	atC	atT	6	6	Q.1	0.000758
N	292	I292I	atC	atT	5	5	A	0.001935
N	292	I292S	aTc	aGc	5	5	All	0.000001
N	292	I292V	Atc	Gtc	5	5	AY.103	0.000031
N	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.114	0.001156
N	292	I292T	aTc	aCc	5	5	AY.34	0.000485
N	292	I292V	Atc	Gtc	5	5	AY.47	0.000156
N	292	I292N	aTc	aAc	5	5	AY.9	0.000338
N	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.9	0.000338
N	292	I292I	atC	atT	5	5	AY.9.1	0.000419
N	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.1.222	0.00102
N	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.1.306	0.002192
N	292	I292I	atC	atT	5	5	B.1.36.29	0.002587
N	292	I292I	atC	atT	5	5	P.1.12	0.00242
N	292	I292V	Atc	Gtc	4	4	AY.102	0.000106
N	292	I292M	atC	atG	4	4	AY.103	0.000025
N	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.121	0.000541
N	292	I292V	Atc	Gtc	4	4	AY.25	0.000024
N	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.46.3	0.003735
N	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.52	0.003257
N	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.6	0.000165
N	292	I292T	aTc	aCc	4	4	AY.75	0.000224
N	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.8	0.002424
N	292	I292N	aTc	aAc	4	4	AY.8	0.002424
N	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.98	0.000316
N	292	I292I	atC	atT	4	4	AY.99.2	0.000369
N	292	I292V	Atc	Gtc	4	4	B.1.1	0.000073
N	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.1.189	0.006051
N	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.1.263	0.006231
N	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.1.351	0.011173
N	292	I292T	aTc	aCc	4	4	B.1.221	0.000284
N	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.234	0.000528
N	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.36.19	0.037037
N	292	I292I	atC	atT	4	4	B.1.621.1	0.002023
N	292	I292I	atC	atT	4	4	D.2	0.0003
N	292	I292I	atC	atT	4	4	P.2	0.000747
N	292	I292I	atC	atT	3	3	A.18	0.15
N	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.101	0.001471
N	292	I292V	Atc	Gtc	3	3	AY.120	0.000112
N	292	I292T	aTc	aCc	3	3	AY.20	0.000117
N	292	I292I	atC	atT	2	3	AY.23	0.000139
N	292	I292I	atC	atA	1	3	AY.23	0.00007
N	292	I292V	Atc	Gtc	3	3	AY.26	0.000085
N	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.27	0.000194
N	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.39.1	0.000119
N	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.40	0.002893
N	292	I292T	aTc	aCc	3	3	AY.42	0.000121
N	292	I292del	ATC	---	3	3	AY.43	0.000013
N	292	I292V	Atc	Gtc	3	3	AY.5	0.000062
N	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.75.1	0.000541
N	292	I292I	atC	atT	3	3	AY.91	0.002191
N	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.220	0.005576
N	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.272	0.015625
N	292	I292T	aTc	aCc	3	3	B.1.1.303	0.008287
N	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.318	0.000905
N	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.1.348	0.002389
N	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.111	0.003525
N	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.177.46	0.002755
N	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.177.60	0.000655
N	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.221	0.000213
N	292	I292I	atC	atA	3	3	B.1.456	0.009804
N	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.516	0.005871
N	292	I292I	atC	atT	3	3	B.1.637	0.000219
N	292	I292I	atC	atT	3	3	P.1.1	0.000953
N	292	I292I	atC	atT	3	3	P.1.10	0.000808
N	292	I292I	atC	atT	3	3	P.1.15	0.000697
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2		0.111111
N	292	I292I	atC	atT	2	2	A.1	0.000564
N	292	I292F	Atc	Ttc	2	2	All	0
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2	AY.119	0.000071
N	292	I292N	aTc	aAc	2	2	AY.120	0.000074
N	292	I292L	Atc	Ctc	2	2	AY.120.2	0.002571
N	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.28	0.003781
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2	AY.29	0.000032
N	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.32	0.001065
N	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.37	0.000632
N	292	I292V	Atc	Gtc	2	2	AY.39	0.000049
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2	AY.39	0.000049
N	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.42	0.00008
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2	AY.46.2	0.001271
N	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.46.6	0.000144
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2	AY.47	0.000062
N	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.55	0.001835
N	292	I292N	aTc	aAc	2	2	AY.58	0.001815
N	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.59	0.001059
N	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.70	0.000417
N	292	I292I	atC	atT	2	2	AY.99	0.002099
N	292	I292L	Atc	Ctc	2	2	B.1.1	0.000036
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.128	0.014184
N	292	I292L	Atc	Ctc	2	2	B.1.1.170	0.002494
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.174	0.006757
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.243	0.008163
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.269	0.002706
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2	B.1.1.318	0.000604
N	292	I292S	aTc	aGc	2	2	B.1.1.318	0.000604
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.329	0.007692
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.1.521	0.010695
N	292	I292L	Atc	Ctc	2	2	B.1.1.7	0.000002
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.110.3	0.001437
N	292	I292V	Atc	Gtc	2	2	B.1.160.28	0.005848
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.177.42	0.001789
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.177.7	0.00033
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.177.75	0.002081
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.214.3	0.014286
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2	B.1.36.18	0.00084
N	292	I292I	atC	atA	1	2	B.1.36.18	0.00042
N	292	I292I	atC	atT	1	2	B.1.36.18	0.00042
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.36.22	0.002415
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.36.8	0.002
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.470	0.002809
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2	B.1.499	0.002101
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.499	0.002101
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2	B.1.526	0.000047
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.541	0.00885
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.564	0.000852
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2	B.1.596	0.000174
N	292	I292S	aTc	aGc	2	2	B.1.617.2	0.000008
N	292	I292I	atC	atT	2	2	B.1.619	0.001742
N	292	I292T	aTc	aCc	2	2	B.4	0.004415
N	292	I292I	atC	atT	2	2	P.1.7	0.000639
N	292	I292I	atC	atT	2	2	S.1	0.009901
N	292	I292I	atC	atT	1	1	A.2	0.000662
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	A.2	0.000662
N	292	I292I	atC	atA	1	1	A.27	0.001656
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AD.2	0.000219
N	292	I292P	ATC	CCA	1	1	All	0
N	292	I292del1	aTc	a-c	1	1	All	0
N	292	I292del2	ATC	--N	1	1	All	0
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.103	0.000006
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.105	0.000643
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.106	0.000335
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.109	0.00074
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	AY.113	0.000142
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.113	0.000142
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.117	0.000085
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.118	0.000063
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.12	0.000316
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.13	0.000161
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.14	0.000088
N	292	I292N	aTc	aAc	1	1	AY.17	0.008197
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.2	0.000356
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	AY.20	0.000039
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.23	0.00007
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	AY.23	0.00007
N	292	I292L	Atc	Ctc	1	1	AY.23	0.00007
N	292	I292del	ATC	---	1	1	AY.25	0.000006
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.26	0.000028
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	AY.28	0.00189
N	292	I292N	aTc	aAc	1	1	AY.3	0.00001
N	292	I292M	atC	atG	1	1	AY.30	0.000396
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.31	0.018519
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.35	0.000233
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	AY.39.1	0.00004
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.39.1	0.00004
N	292	I292L	Atc	Ctc	1	1	AY.4	0.000002
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	AY.4.2	0.000022
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.4.5	0.000107
N	292	I292L	Atc	Ctc	1	1	AY.42	0.00004
N	292	I292S	aTc	aGc	1	1	AY.43	0.000004
N	292	I292L	Atc	Ctc	1	1	AY.43	0.000004
N	292	I292L	Atc	Ctc	1	1	AY.44	0.000006
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.46.1	0.001027
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.46.5	0.000198
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.5.3	0.000337
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.5.4	0.000277
N	292	I292M	atC	atG	1	1	AY.51	0.000909
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	AY.54	0.000095
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	AY.6	0.000041
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.64	0.000595
N	292	I292del	ATC	---	1	1	AY.67	0.000464
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.67	0.000464
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.68	0.000274
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.7.1	0.000113
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.73	0.000665
N	292	I292del	ATC	---	1	1	AY.75	0.000056
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.77	0.001127
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.79	0.001211
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.81	0.001992
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.86	0.00083
N	292	I292N	aTc	aAc	1	1	AY.87	0.000833
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.88	0.000884
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.9.2	0.000037
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.9.2	0.000037
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.93	0.000273
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.93	0.000273
N	292	I292I	atC	atT	1	1	AY.95	0.000761
N	292	I292N	aTc	aAc	1	1	AY.96	0.002075
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.98.1	0.000048
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	AY.99.2	0.000092
N	292	I292del	ATC	---	1	1	B.1	0.000009
N	292	I292N	aTc	aAc	1	1	B.1	0.000009
N	292	I292del	ATC	---	1	1	B.1.1	0.000018
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.10	0.001115
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.117	0.009709
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.121	0.002427
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.194	0.00495
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.198	0.001468
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.27	0.00565
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.284	0.000107
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1.306	0.000438
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.312	0.001912
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.332	0.03125
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.356	0.008547
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.362	0.005618
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.372	0.000689
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.397	0.002252
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.413	0.006897
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.416	0.000905
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.417	0.002703
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1.458	0.041667
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.523	0.001563
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.526	0.003546
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.1.53	0.013699
N	292	I292del2	ATC	--N	1	1	B.1.1.7	0.000001
N	292	I292N	aTc	aAc	1	1	B.1.1.7	0.000001
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.70	0.000341
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.104	0.00369
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.146	0.004237
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.160.21	0.020408
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.170	0.00431
N	292	I292F	Atc	Ttc	1	1	B.1.177	0.000013
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.23	0.003236
N	292	I292I	atC	atA	1	1	B.1.177.4	0.000211
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	B.1.177.51	0.004566
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.177.51	0.004566
N	292	I292P	ATC	CCA	1	1	B.1.177.63	0.002703
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	B.1.177.7	0.000165
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.73	0.000566
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.177.73	0.000566
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.77	0.000726
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.83	0.001481
N	292	I292del	ATC	---	1	1	B.1.177.83	0.001481
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.177.86	0.000183
N	292	I292N	aTc	aAc	1	1	B.1.177.87	0.000728
N	292	I292del	ATC	---	1	1	B.1.2	0.000009
N	292	I292del1	aTc	a-c	1	1	B.1.2	0.000009
N	292	I292N	aTc	aAc	1	1	B.1.2	0.000009
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	B.1.2	0.000009
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.201	0.005682
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.210	0.002132
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.214	0.003663
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.214.1	0.02
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	B.1.214.2	0.0006
N	292	I292del	ATC	---	1	1	B.1.221	0.000071
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	B.1.234	0.000132
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.258	0.000067
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.258.11	0.000396
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.258.12	0.007874
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.319	0.003049
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.324	0.001605
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.344	0.008197
N	292	I292L	Atc	Ctc	1	1	B.1.351	0.00003
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.351.2	0.000303
N	292	I292F	Atc	Ttc	1	1	B.1.36.36	0.000602
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.361	0.001289
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.362	0.001541
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.362.1	0.066667
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.380	0.006623
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.389	0.001002
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.404	0.001302
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.426	0.001009
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.428	0.00102
N	292	I292L	Atc	Ctc	1	1	B.1.429	0.000024
N	292	I292L	Atc	Ctc	1	1	B.1.438.1	0.000107
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.459	0.004082
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.466.2	0.000391
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.466.2	0.000391
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.471	0.002732
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.473	0.019231
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.479	0.038462
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.524	0.001406
N	292	I292N	aTc	aAc	1	1	B.1.525	0.000113
N	292	I292L	Atc	Ctc	1	1	B.1.526	0.000024
N	292	I292I	atC	atA	1	1	B.1.533	0.009615
N	292	I292L	Atc	Ctc	1	1	B.1.540	0.009709
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.551	0.00129
N	292	I292del	ATC	---	1	1	B.1.560	0.00463
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.561	0.000397
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.596	0.000087
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.599	0.00365
N	292	I292N	aTc	aAc	1	1	B.1.599	0.00365
N	292	I292N	aTc	aAc	1	1	B.1.617.2	0.000004
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.621	0.000089
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.1.628	0.000352
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	B.1.91	0.002075
N	292	I292I	atC	atT	1	1	B.40	0.000364
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	C.1.2	0.004255
N	292	I292I	atC	atT	1	1	C.2	0.016129
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	C.27	0.018519
N	292	I292I	atC	atT	1	1	C.36	0.000911
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	C.37	0.000116
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	C.39	0.018868
N	292	I292L	Atc	Ctc	1	1	D.2	0.000075
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	P.1.12	0.000484
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	P.1.15	0.000232
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	P.1.7	0.000319
N	292	I292T	aTc	aCc	1	1	P.2	0.000187
N	292	I292I	atC	atT	1	1	P.3	0.001595
N	292	I292I	atC	atT	1	1	Q.3	0.000145
N	292	I292V	Atc	Gtc	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.