CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 234 & Codon = atT

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	234	M234I		nonsyn	atG	atT	157953	73337	0.464296	28973-28975

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	234	M234I	atG	atT	73337	157953	All	0.014027
N	234	M234I	atG	atT	225	29464	B.1.160	0.007017
N	234	M234I	atG	atT	4	28849	B.1.526	0.000094
N	234	M234I	atG	atT	18030	18030	B.1.1.214	0.999889
N	234	M234I	atG	atT	17725	17726	B.1.429	0.417049
N	234	M234I	atG	atT	1	13559	B.1.637	0.000073
N	234	M234I	atG	atT	9282	9282	B.1.438.1	0.995602
N	234	M234I	atG	atT	5445	5446	B.1.258.17	0.566126
N	234	M234I	atG	atT	5256	5256	P.2	0.980963
N	234	M234I	atG	atT	1311	2555	B.1	0.012008
N	234	M234I	atG	atT	2462	2477	B.1.561	0.977372
N	234	M234I	atG	atT	1947	1947	A.2.5	0.971557
N	234	M234I	atG	atT	9	1729	B.1.623	0.004828
N	234	M234I	atG	atT	1352	1386	B.1.1	0.024527
N	234	M234I	atG	atT	21	1356	AY.25	0.000126
N	234	M234I	atG	atT	1192	1192	AZ.2	0.978654
N	234	M234I	atG	atT	1076	1076	B.1.588	0.979072
N	234	M234I	atG	atT	1	1048	B.1.160.16	0.000929
N	234	M234I	atG	atT	629	629	B.1.1.486	0.992114
N	234	M234I	atG	atT	621	621	A.2.5.2	0.976415
N	234	M234I	atG	atT	421	466	B.1.1.7	0.000377
N	234	M234I	atG	atT	463	463	B.1.36.21	1
N	234	M234I	atG	atT	396	425	B.1.609	0.189837
N	234	M234I	atG	atT	403	413	B.1.625	0.948235
N	234	M234I	atG	atT	400	407	B.1.523	0.980392
N	234	M234I	atG	atT	400	400	B.1.1.397	0.900901
N	234	M234I	atG	atT	33	316	AY.44	0.000201
N	234	M234I	atG	atT	222	278	AY.4	0.000346
N	234	M234I	atG	atT	133	255	B.1.258	0.008851
N	234	M234I	atG	atT	231	235	B.1.618	0.931452
N	234	M234I	atG	atT	225	225	B.1.1.222	0.0459
N	234	M234I	atG	atT	189	224	B.1.2	0.001664
N	234	M234I	atG	atT	220	220	B.1.349	0.157255
N	234	M234I	atG	atT	212	215	B.1.427	0.010705
N	234	M234I	atG	atT	205	205	A.2.5.1	0.985577
N	234	M234I	atG	atT	1	196	B.1.160.15	0.00495
N	234	M234I	atG	atT	126	193	B.1.617.2	0.000474
N	234	M234I	atG	atT	18	139	B.1.36	0.002626
N	234	M234I	atG	atT	139	139	C.23	0.80814
N	234	M234I	atG	atT	122	124	B.1.596	0.010631
N	234	M234I	atG	atT	123	123	AZ.2.1	1
N	234	M234I	atG	atT	96	96	A.2.5.3	0.989691
N	234	M234I	atG	atT	60	85	P.1	0.000945
N	234	M234I	atG	atT	1	82	B.1.160.20	0.008929
N	234	M234I	atG	atT	72	72	B.1.1.28	0.022409
N	234	M234I	atG	atT	71	71	AY.34	0.006885
N	234	M234I	atG	atT	69	70	B.1.1.50	0.046843
N	234	M234I	atG	atT	11	68	B.1.177	0.000145
N	234	M234I	atG	atT	67	67	B.1.438	0.437908
N	234	M234I	atG	atT	55	66	AY.26	0.001557
N	234	M234I	atG	atT	11	66	B.1.221	0.000781
N	234	M234I	atG	atT	55	57	B.1.1.318	0.016596
N	234	M234I	atG	atT	56	57	B.1.595	0.014614
N	234	M234I	atG	atT	53	56	AY.103	0.000329
N	234	M234I	atG	atT	52	52	B.1.438.2	1
N	234	M234I	atG	atT	50	50	B.1.429.1	0.60241
N	234	M234I	atG	atT	4	49	B.1.1.39	0.002039
N	234	M234I	atG	atT	48	49	B.1.460	0.857143
N	234	M234I	atG	atT	45	46	AY.3	0.000448
N	234	M234I	atG	atT	38	38	B.1.478	0.447059
N	234	M234I	atG	atT	14	37	B	0.001789
N	234	M234I	atG	atT	34	37	B.1.1.519	0.00135
N	234	M234I	atG	atT	5	35	B.1.177.73	0.002831
N	234	M234I	atG	atT	33	34	B.1.585	0.916667
N	234	M234I	atG	atT	21	33	B.1.111	0.024677
N	234	M234I	atG	atT	24	30	AY.43	0.000106
N	234	M234I	atG	atT	30	30	B.1.239	0.03663
N	234	M234I	atG	atT	30	30	B.1.328	0.9375
N	234	M234I	atG	atT	28	28	AY.13	0.004507
N	234	M234I	atG	atT	22	27	B.1.311	0.006041
N	234	M234I	atG	atT	26	26	B.1.1.306	0.011399
N	234	M234I	atG	atT	26	26	B.1.588.1	1
N	234	M234I	atG	atT	1	25	B.1.1.265	0.003155
N	234	M234I	atG	atT	25	25	B.1.459	0.102041
N	234	M234I	atG	atT	7	22	B.1.1.416	0.006335
N	234	M234I	atG	atT	15	22	B.1.367	0.011886
N	234	M234I	atG	atT	21	21	B.1.1.203	0.355932
N	234	M234I	atG	atT	2	21	B.1.177.7	0.00033
N	234	M234I	atG	atT	1	21	B.1.258.11	0.000396
N	234	M234I	atG	atT	20	21	B.1.582	0.009814
N	234	M234I	atG	atT	1	18	AY.42	0.00004
N	234	M234I	atG	atT	14	18	B.1.567	0.046667
N	234	M234I	atG	atT	16	16	B.1.1.277	0.01214
N	234	M234I	atG	atT	15	15	B.1.633	0.625
N	234	M234I	atG	atT	11	14	AY.102	0.000292
N	234	M234I	atG	atT	12	13	AY.75	0.000672
N	234	M234I	atG	atT	13	13	B.1.438.3	1
N	234	M234I	atG	atT	12	12	AY.29	0.000189
N	234	M234I	atG	atT	10	12	B.1.351	0.000297
N	234	M234I	atG	atT	8	12	B.1.36.29	0.004139
N	234	M234I	atG	atT	12	12	B.1.9.5	0.068182
N	234	M234I	atG	atT	11	11	AY.20	0.000428
N	234	M234I	atG	atT	7	11	AY.23	0.000488
N	234	M234I	atG	atT	8	11	AY.5	0.000165
N	234	M234I	atG	atT	9	11	AY.61	0.000943
N	234	M234I	atG	atT	11	11	B.1.1.1	0.003594
N	234	M234I	atG	atT	9	11	B.1.1.294	0.011392
N	234	M234I	atG	atT	11	11	B.1.540	0.106796
N	234	M234I	atG	atT	10	10	AY.3.1	0.000853
N	234	M234I	atG	atT	10	10	AY.46.6	0.000722
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.1.1.433	0.014245
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.1.1.63	0.003858
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.1.243	0.000696
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.1.258.24	0.107527
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.1.258.4	0.034483
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.4	0.022075
N	234	M234I	atG	atT	6	9	AY.39	0.000148
N	234	M234I	atG	atT	9	9	B.1.1.56	0.160714
N	234	M234I	atG	atT	1	9	B.1.214.2	0.0006
N	234	M234I	atG	atT	7	9	B.1.356	0.01209
N	234	M234I	atG	atT	3	9	B.1.509	0.002597
N	234	M234I	atG	atT	9	9	B.1.617.1	0.001161
N	234	M234I	atG	atT	2	8	AY.16	0.000759
N	234	M234I	atG	atT	7	8	AY.47	0.000218
N	234	M234I	atG	atT	7	8	B.1.1.216	0.006233
N	234	M234I	atG	atT	8	8	B.1.1.291	0.005939
N	234	M234I	atG	atT	8	8	B.1.236	0.016427
N	234	M234I	atG	atT	4	8	B.1.375	0.003279
N	234	M234I	atG	atT	3	7	A	0.001161
N	234	M234I	atG	atT	7	7	AY.16.1	0.003289
N	234	M234I	atG	atT	7	7	AY.27	0.000453
N	234	M234I	atG	atT	7	7	AY.4.5	0.000752
N	234	M234I	atG	atT	7	7	AY.9.1	0.000586
N	234	M234I	atG	atT	7	7	B.1.1.45	0.098592
N	234	M234I	atG	atT	7	7	B.1.1.51	0.012027
N	234	M234I	atG	atT	5	7	P.1.17	0.000809
N	234	M234I	atG	atT	1	6	AY.105	0.000643
N	234	M234I	atG	atT	5	6	AY.33	0.000334
N	234	M234I	atG	atT	6	6	B.1.1.448	0.012195
N	234	M234I	atG	atT	6	6	B.1.351.5	0.003597
N	234	M234I	atG	atT	6	6	B.1.400	0.002574
N	234	M234I	atG	atT	4	6	B.1.409	0.003125
N	234	M234I	atG	atT	6	6	B.1.466.2	0.002347
N	234	M234I	atG	atT	5	5	A.30	0.714286
N	234	M234I	atG	atT	4	5	AY.45	0.000487
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.1.220	0.009294
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.1.284	0.000537
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.1.506	0.185185
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.1.67	0.022831
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.281	0.108696
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.320	0.006227
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.470	0.007022
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.580	0.020325
N	234	M234I	atG	atT	5	5	C.14	0.021645
N	234	M234I	atG	atT	5	5	C.36	0.004554
N	234	M234I	atG	atT	3	5	P.1.15	0.000697
N	234	M234I	atG	atT	5	5	P.5	0.068493
N	234	M234I	atG	atT	3	4	AY.95	0.002283
N	234	M234I	atG	atT	4	4	AY.99.2	0.000369
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.1.1.161	0.014134
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.1.1.261	0.034483
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.1.1.370	0.050633
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.1.177.77	0.002905
N	234	M234I	atG	atT	3	4	B.1.468	0.017143
N	234	M234I	atG	atT	3	4	B.1.525	0.000339
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.1.621	0.000354
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.4.1	0.075472
N	234	M234I	atG	atT	3	4	D.2	0.000225
N	234	M234I	atG	atT	4	4	N.6	0.028369
N	234	M234I	atG	atT	3	4	P.1.1	0.000953
N	234	M234I	atG	atT	3	3	AY.113	0.000427
N	234	M234I	atG	atT	3	3	AY.118	0.000188
N	234	M234I	atG	atT	1	3	AY.119	0.000035
N	234	M234I	atG	atT	2	3	AY.4.2	0.000043
N	234	M234I	atG	atT	1	3	AY.62	0.000436
N	234	M234I	atG	atT	3	3	AY.68	0.000821
N	234	M234I	atG	atT	3	3	AY.75.1	0.000541
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.101	0.03
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.312	0.005736
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.317	0.001235
N	234	M234I	atG	atT	2	3	B.1.1.372	0.001377
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.521	0.016043
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.54	0.009063
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.95	0.058824
N	234	M234I	atG	atT	2	3	B.1.139	0.001466
N	234	M234I	atG	atT	2	3	B.1.157	0.00597
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.240	0.000647
N	234	M234I	atG	atT	2	3	B.1.369	0.00057
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.462	0.021739
N	234	M234I	atG	atT	3	3	C.33	0.176471
N	234	M234I	atG	atT	3	3	P.6	0.009434
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.120	0.000074
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.121	0.000271
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.14	0.000176
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.29.1	0.000441
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.34.1	0.00102
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.5.3	0.000675
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.60	0.001876
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.71	0.00095
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.72	0.002721
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.10	0.00223
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.129	0.018349
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.148	0.017544
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.218	0.015385
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.226	0.011628
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.241	0.004141
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.269	0.002706
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.33	0.000842
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.336	0.033333
N	234	M234I	atG	atT	1	2	B.1.1.37	0.000193
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.407	0.083333
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.411	0.029412
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.437	0.020833
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.453	0.016949
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.459	0.030769
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.464	0.002946
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.214	0.007326
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.36.1	0.002281
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.398	0.005952
N	234	M234I	atG	atT	1	2	B.1.428	0.00102
N	234	M234I	atG	atT	1	2	B.1.453	0.003236
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.533	0.019231
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.555	0.044444
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.564	0.000852
N	234	M234I	atG	atT	1	2	B.1.599	0.00365
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.621.1	0.001012
N	234	M234I	atG	atT	1	2	B.1.628	0.000352
N	234	M234I	atG	atT	1	2	C.16	0.00106
N	234	M234I	atG	atT	2	2	P.1.10	0.000539
N	234	M234I	atG	atT	2	2	P.1.7	0.000639
N	234	M234I	atG	atT	2	2	Q.3	0.00029
N	234	M234I	atG	atT	1	1		0.055556
N	234	M234I	atG	atT	1	1	A.1	0.000282
N	234	M234I	atG	atT	1	1	A.2	0.000662
N	234	M234I	atG	atT	1	1	A.2.3	0.004739
N	234	M234I	atG	atT	1	1	A.2.4	0.003367
N	234	M234I	atG	atT	1	1	A.5	0.001923
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AD.1	0.004115
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AD.2	0.000219
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AT.1	0.005128
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.120.2	0.001285
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.24	0.000431
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.37	0.000316
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.38	0.000499
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.39.1	0.00004
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.51	0.000909
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.55	0.000917
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.56	0.001605
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.6	0.000041
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.63	0.000387
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.70	0.000209
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.79	0.001211
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.93	0.000273
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.117	0.009709
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.128	0.007092
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.141	0.002012
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.164	0.005155
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.189	0.001513
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.207	0.001182
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.232	0.001815
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.253	0.002506
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.286	0.002899
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.303	0.002762
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.309	0.005848
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.31	0.066667
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.315	0.008475
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.316	0.000925
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.322	0.008772
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.333	0.001076
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.348	0.000796
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.354	0.004386
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.432	0.001266
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.44	0.00241
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.442	0.018519
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.463	0.0625
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.484	0.1
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.500	0.02
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.512	0.028571
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.523	0.001563
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.525	0.005464
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.61	0.008772
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.74	0.00431
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.86	0.035714
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.99	0.02381
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.113	0.015625
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.13	0.002375
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.147	0.000756
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.158	0.02381
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.189	0.004292
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.190	0.01
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.199	0.004132
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.201	0.005682
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.206	0.000816
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.210	0.002132
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.232	0.000537
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.234	0.000132
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.237	0.004975
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.247	0.014925
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.258.3	0.001675
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.351.2	0.000303
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.36.10	0.004785
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.36.18	0.00042
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.36.26	0.002857
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.362	0.001541
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.391	0.001127
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.420	0.010417
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.451	0.008197
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.497	0.000315
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.499	0.00105
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.517	0.000427
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.524	0.001406
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.538	0.008065
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.546	0.003704
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.551	0.00129
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.560	0.00463
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.575.1	0.002439
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.589	0.007576
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.597	0.00463
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.600	0.005848
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.610	0.003546
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.627	0.00202
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.12	0.00641
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.6.6	0.000889
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.61	0.005747
N	234	M234I	atG	atT	1	1	C.36.3	0.000567
N	234	M234I	atG	atT	1	1	C.37	0.000116
N	234	M234I	atG	atT	1	1	P.1.12	0.000484
N	234	M234I	atG	atT	1	1	P.1.14	0.000048
N	234	M234I	atG	atT	1	1	P.1.16	0.000374
N	234	M234I	atG	atT	1	1	P.1.6	0.001946
N	234	M234I	atG	atT	1	1	P.7	0.004367

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.