CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 234

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	234	M234I		nonsyn	atG	atT	157953	73337	0.464296	28973-28975
N	234	M234I		nonsyn	atG	atA	157953	46241	0.292752	28973-28975
N	234	M234I		nonsyn	atG	atC	157953	38375	0.242952	28973-28975
N	234	M234V		nonsyn	Atg	Gtg	600	595	0.991667	28973-28975
N	234	M234V		nonsyn	AtG	GtA	600	3	0.005	28973-28975
N	234	M234V		nonsyn	AtG	GtT	600	1	0.00166667	28973-28975
N	234	M234V		nonsyn	AtG	GtC	600	1	0.00166667	28973-28975
N	234	M234L		nonsyn	Atg	Ttg	165	120	0.727273	28973-28975
N	234	M234L		nonsyn	Atg	Ctg	165	38	0.230303	28973-28975
N	234	M234L		nonsyn	AtG	TtA	165	3	0.0181818	28973-28975
N	234	M234L		nonsyn	AtG	CtC	165	2	0.0121212	28973-28975
N	234	M234L		nonsyn	AtG	CtT	165	2	0.0121212	28973-28975
N	234	M234T		nonsyn	aTg	aCg	97	96	0.989691	28973-28975
N	234	M234T		nonsyn	aTG	aCC	97	1	0.0103093	28973-28975
N	234	M234R		nonsyn	aTg	aGg	52	52	1	28973-28975
N	234	M234del		del	ATG	---	41	41	1	28973-28975
N	234	M234K		nonsyn	aTg	aAg	23	21	0.913043	28973-28975
N	234	M234K		nonsyn	aTG	aAA	23	2	0.0869565	28973-28975
N	234	M234F		nonsyn	AtG	TtT	6	6	1	28973-28975
N	234	M234del2		del	ATg	--g	5	3	0.6	28973-28975
N	234	M234del2		del	aTG	a--	5	2	0.4	28973-28975
N	234	M234N		nonsyn	aTG	aAT	4	4	1	28973-28975
N	234	M234del1		del	atG	at-	3	2	0.666667	28973-28975
N	234	M234del1		del	AtG	-tC	3	1	0.333333	28973-28975
N	234	M234H		nonsyn	ATG	CAT	2	2	1	28973-28975
N	234	M234S		nonsyn	aTG	aGT	1	1	1	28973-28975
N	234	M234Q		nonsyn	ATg	CAg	1	1	1	28973-28975
N	234	M234E		nonsyn	ATg	GAg	1	1	1	28973-28975
N	234	M234G		nonsyn	ATG	GGT	1	1	1	28973-28975
N	234	M234A		nonsyn	ATG	GCT	1	1	1	28973-28975
N	234	M234X		nonsyn	ATg	TAg	1	1	1	28973-28975

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	234	M234I	atG	atT	73337	157953	All	0.014027
N	234	M234I	atG	atA	46241	157953	All	0.008844
N	234	M234I	atG	atC	38375	157953	All	0.00734
N	234	M234I	atG	atC	29233	29464	B.1.160	0.911708
N	234	M234I	atG	atT	225	29464	B.1.160	0.007017
N	234	M234I	atG	atA	6	29464	B.1.160	0.000187
N	234	M234I	atG	atA	28845	28849	B.1.526	0.677988
N	234	M234I	atG	atT	4	28849	B.1.526	0.000094
N	234	M234I	atG	atT	18030	18030	B.1.1.214	0.999889
N	234	M234I	atG	atT	17725	17726	B.1.429	0.417049
N	234	M234I	atG	atA	1	17726	B.1.429	0.000024
N	234	M234I	atG	atA	13558	13559	B.1.637	0.99072
N	234	M234I	atG	atT	1	13559	B.1.637	0.000073
N	234	M234I	atG	atT	9282	9282	B.1.438.1	0.995602
N	234	M234I	atG	atT	5445	5446	B.1.258.17	0.566126
N	234	M234I	atG	atC	1	5446	B.1.258.17	0.000104
N	234	M234I	atG	atT	5256	5256	P.2	0.980963
N	234	M234I	atG	atT	1311	2555	B.1	0.012008
N	234	M234I	atG	atA	1061	2555	B.1	0.009718
N	234	M234I	atG	atC	183	2555	B.1	0.001676
N	234	M234I	atG	atT	2462	2477	B.1.561	0.977372
N	234	M234I	atG	atC	11	2477	B.1.561	0.004367
N	234	M234I	atG	atA	4	2477	B.1.561	0.001588
N	234	M234I	atG	atT	1947	1947	A.2.5	0.971557
N	234	M234I	atG	atA	1720	1729	B.1.623	0.922747
N	234	M234I	atG	atT	9	1729	B.1.623	0.004828
N	234	M234I	atG	atT	1352	1386	B.1.1	0.024527
N	234	M234I	atG	atA	26	1386	B.1.1	0.000472
N	234	M234I	atG	atC	8	1386	B.1.1	0.000145
N	234	M234I	atG	atC	1327	1356	AY.25	0.007982
N	234	M234I	atG	atT	21	1356	AY.25	0.000126
N	234	M234I	atG	atA	8	1356	AY.25	0.000048
N	234	M234I	atG	atT	1192	1192	AZ.2	0.978654
N	234	M234I	atG	atT	1076	1076	B.1.588	0.979072
N	234	M234I	atG	atC	1047	1048	B.1.160.16	0.973048
N	234	M234I	atG	atT	1	1048	B.1.160.16	0.000929
N	234	M234I	atG	atC	775	775	B.1.160.8	0.998711
N	234	M234I	atG	atT	629	629	B.1.1.486	0.992114
N	234	M234I	atG	atT	621	621	A.2.5.2	0.976415
N	234	M234V	Atg	Gtg	595	600	All	0.000114
N	234	M234V	AtG	GtA	3	600	All	0.000001
N	234	M234V	AtG	GtT	1	600	All	0
N	234	M234V	AtG	GtC	1	600	All	0
N	234	M234I	atG	atC	588	588	B.1.160.17	1
N	234	M234I	atG	atC	480	480	B.1.160.7	0.997921
N	234	M234I	atG	atT	421	466	B.1.1.7	0.000377
N	234	M234I	atG	atA	36	466	B.1.1.7	0.000032
N	234	M234I	atG	atC	9	466	B.1.1.7	0.000008
N	234	M234I	atG	atC	465	465	B.1.160.14	0.985169
N	234	M234I	atG	atT	463	463	B.1.36.21	1
N	234	M234I	atG	atT	396	425	B.1.609	0.189837
N	234	M234I	atG	atC	24	425	B.1.609	0.011505
N	234	M234I	atG	atA	5	425	B.1.609	0.002397
N	234	M234I	atG	atT	403	413	B.1.625	0.948235
N	234	M234I	atG	atA	10	413	B.1.625	0.023529
N	234	M234I	atG	atC	407	407	B.1.160.26	0.985472
N	234	M234I	atG	atT	400	407	B.1.523	0.980392
N	234	M234I	atG	atC	7	407	B.1.523	0.017157
N	234	M234I	atG	atT	400	400	B.1.1.397	0.900901
N	234	M234I	atG	atC	334	334	B.1.160.28	0.976608
N	234	M234I	atG	atA	281	316	AY.44	0.00171
N	234	M234I	atG	atT	33	316	AY.44	0.000201
N	234	M234I	atG	atC	2	316	AY.44	0.000012
N	234	M234I	atG	atT	222	278	AY.4	0.000346
N	234	M234I	atG	atC	38	278	AY.4	0.000059
N	234	M234I	atG	atA	18	278	AY.4	0.000028
N	234	M234I	atG	atT	133	255	B.1.258	0.008851
N	234	M234I	atG	atA	117	255	B.1.258	0.007786
N	234	M234I	atG	atC	5	255	B.1.258	0.000333
N	234	M234I	atG	atT	231	235	B.1.618	0.931452
N	234	M234I	atG	atA	4	235	B.1.618	0.016129
N	234	M234I	atG	atC	233	233	B.1.160.29	0.983122
N	234	M234I	atG	atT	225	225	B.1.1.222	0.0459
N	234	M234I	atG	atC	225	225	B.1.160.24	0.995575
N	234	M234I	atG	atC	225	225	B.1.160.33	0.995575
N	234	M234I	atG	atT	189	224	B.1.2	0.001664
N	234	M234I	atG	atA	31	224	B.1.2	0.000273
N	234	M234I	atG	atC	4	224	B.1.2	0.000035
N	234	M234I	atG	atT	220	220	B.1.349	0.157255
N	234	M234I	atG	atT	212	215	B.1.427	0.010705
N	234	M234I	atG	atA	3	215	B.1.427	0.000151
N	234	M234I	atG	atC	206	206	B.1.160.23	0.995169
N	234	M234I	atG	atT	205	205	A.2.5.1	0.985577
N	234	M234I	atG	atC	198	198	B.1.160.30	0.589286
N	234	M234I	atG	atC	195	196	B.1.160.15	0.965347
N	234	M234I	atG	atT	1	196	B.1.160.15	0.00495
N	234	M234I	atG	atT	126	193	B.1.617.2	0.000474
N	234	M234I	atG	atA	56	193	B.1.617.2	0.000211
N	234	M234I	atG	atC	11	193	B.1.617.2	0.000041
N	234	M234I	atG	atC	186	186	B.1.160.32	0.798283
N	234	M234I	atG	atC	174	174	B.1.160.11	0.994286
N	234	M234L	Atg	Ttg	120	165	All	0.000023
N	234	M234L	Atg	Ctg	38	165	All	0.000007
N	234	M234L	AtG	TtA	3	165	All	0.000001
N	234	M234L	AtG	CtT	2	165	All	0
N	234	M234L	AtG	CtC	2	165	All	0
N	234	M234I	atG	atC	154	154	B.1.160.12	0.987179
N	234	M234V	Atg	Gtg	148	148	B.1.1.7	0.000132
N	234	M234I	atG	atC	146	146	B.1.160.22	0.986486
N	234	M234I	atG	atA	117	139	B.1.36	0.01707
N	234	M234I	atG	atT	18	139	B.1.36	0.002626
N	234	M234I	atG	atC	4	139	B.1.36	0.000584
N	234	M234I	atG	atT	139	139	C.23	0.80814
N	234	M234I	atG	atC	138	138	B.1.160.9	0.992806
N	234	M234I	atG	atC	135	135	B.1.160.18	0.985401
N	234	M234I	atG	atC	124	124	B.1.160.31	1
N	234	M234I	atG	atT	122	124	B.1.596	0.010631
N	234	M234I	atG	atA	2	124	B.1.596	0.000174
N	234	M234I	atG	atT	123	123	AZ.2.1	1
N	234	M234I	atG	atC	121	121	AB.1	0.991803
N	234	M234I	atG	atC	114	114	B.1.160.10	0.919355
N	234	M234V	Atg	Gtg	105	105	AY.44	0.000639
N	234	M234T	aTg	aCg	96	97	All	0.000018
N	234	M234T	aTG	aCC	1	97	All	0
N	234	M234I	atG	atT	96	96	A.2.5.3	0.989691
N	234	M234I	atG	atC	90	90	B.1.160.25	1
N	234	M234I	atG	atT	60	85	P.1	0.000945
N	234	M234I	atG	atC	18	85	P.1	0.000284
N	234	M234I	atG	atA	7	85	P.1	0.00011
N	234	M234I	atG	atC	81	82	B.1.160.20	0.723214
N	234	M234I	atG	atT	1	82	B.1.160.20	0.008929
N	234	M234I	atG	atT	72	72	B.1.1.28	0.022409
N	234	M234I	atG	atT	71	71	AY.34	0.006885
N	234	M234I	atG	atT	69	70	B.1.1.50	0.046843
N	234	M234I	atG	atC	1	70	B.1.1.50	0.000679
N	234	M234I	atG	atC	57	68	B.1.177	0.000751
N	234	M234I	atG	atT	11	68	B.1.177	0.000145
N	234	M234I	atG	atT	67	67	B.1.438	0.437908
N	234	M234I	atG	atT	55	66	AY.26	0.001557
N	234	M234I	atG	atC	11	66	AY.26	0.000311
N	234	M234I	atG	atC	53	66	B.1.221	0.003765
N	234	M234I	atG	atT	11	66	B.1.221	0.000781
N	234	M234I	atG	atA	2	66	B.1.221	0.000142
N	234	M234I	atG	atC	65	65	B.1.160.27	0.984848
N	234	M234V	Atg	Gtg	64	64	B.1.177.82	0.030549
N	234	M234I	atG	atT	55	57	B.1.1.318	0.016596
N	234	M234I	atG	atA	2	57	B.1.1.318	0.000604
N	234	M234I	atG	atT	56	57	B.1.595	0.014614
N	234	M234I	atG	atA	1	57	B.1.595	0.000261
N	234	M234I	atG	atT	53	56	AY.103	0.000329
N	234	M234I	atG	atA	2	56	AY.103	0.000012
N	234	M234I	atG	atC	1	56	AY.103	0.000006
N	234	M234R	aTg	aGg	52	52	All	0.00001
N	234	M234I	atG	atT	52	52	B.1.438.2	1
N	234	M234I	atG	atT	50	50	B.1.429.1	0.60241
N	234	M234I	atG	atC	45	49	B.1.1.39	0.022936
N	234	M234I	atG	atT	4	49	B.1.1.39	0.002039
N	234	M234I	atG	atC	49	49	B.1.160.21	1
N	234	M234I	atG	atT	48	49	B.1.460	0.857143
N	234	M234I	atG	atC	1	49	B.1.460	0.017857
N	234	M234I	atG	atT	45	46	AY.3	0.000448
N	234	M234I	atG	atC	1	46	AY.3	0.00001
N	234	M234R	aTg	aGg	46	46	AY.4	0.000072
N	234	M234del	ATG	---	41	41	All	0.000008
N	234	M234L	Atg	Ttg	23	41	B.1	0.000211
N	234	M234L	Atg	Ctg	18	41	B.1	0.000165
N	234	M234V	Atg	Gtg	40	40	B.1.617.2	0.000151
N	234	M234I	atG	atA	39	39	B.1.1.351	0.108939
N	234	M234I	atG	atT	38	38	B.1.478	0.447059
N	234	M234I	atG	atT	14	37	B	0.001789
N	234	M234I	atG	atA	14	37	B	0.001789
N	234	M234I	atG	atC	9	37	B	0.00115
N	234	M234I	atG	atT	34	37	B.1.1.519	0.00135
N	234	M234I	atG	atA	3	37	B.1.1.519	0.000119
N	234	M234I	atG	atC	36	36	B.1.160.13	1
N	234	M234I	atG	atA	18	35	B.1.177.73	0.010193
N	234	M234I	atG	atC	12	35	B.1.177.73	0.006795
N	234	M234I	atG	atT	5	35	B.1.177.73	0.002831
N	234	M234V	Atg	Gtg	34	34	AY.4.2	0.000737
N	234	M234I	atG	atT	33	34	B.1.585	0.916667
N	234	M234I	atG	atA	1	34	B.1.585	0.027778
N	234	M234I	atG	atT	21	33	B.1.111	0.024677
N	234	M234I	atG	atA	12	33	B.1.111	0.014101
N	234	M234I	atG	atA	33	33	B.1.346	0.04325
N	234	M234I	atG	atT	24	30	AY.43	0.000106
N	234	M234I	atG	atC	5	30	AY.43	0.000022
N	234	M234I	atG	atA	1	30	AY.43	0.000004
N	234	M234I	atG	atC	30	30	B.1.177.31	0.344828
N	234	M234I	atG	atC	30	30	B.1.177.44	0.015568
N	234	M234I	atG	atT	30	30	B.1.239	0.03663
N	234	M234I	atG	atT	30	30	B.1.328	0.9375
N	234	M234V	Atg	Gtg	29	29	AY.46.6	0.002094
N	234	M234I	atG	atT	28	28	AY.13	0.004507
N	234	M234I	atG	atC	28	28	B.1.160.19	1
N	234	M234I	atG	atA	28	28	B.1.324	0.044944
N	234	M234I	atG	atT	22	27	B.1.311	0.006041
N	234	M234I	atG	atA	5	27	B.1.311	0.001373
N	234	M234I	atG	atT	26	26	B.1.1.306	0.011399
N	234	M234I	atG	atC	26	26	B.1.1.445	0.962963
N	234	M234I	atG	atT	26	26	B.1.588.1	1
N	234	M234I	atG	atC	23	25	B.1.1.265	0.072555
N	234	M234I	atG	atA	1	25	B.1.1.265	0.003155
N	234	M234I	atG	atT	1	25	B.1.1.265	0.003155
N	234	M234I	atG	atT	25	25	B.1.459	0.102041
N	234	M234K	aTg	aAg	21	23	All	0.000004
N	234	M234K	aTG	aAA	2	23	All	0
N	234	M234I	atG	atA	15	22	B.1.1.416	0.013575
N	234	M234I	atG	atT	7	22	B.1.1.416	0.006335
N	234	M234I	atG	atT	15	22	B.1.367	0.011886
N	234	M234I	atG	atA	7	22	B.1.367	0.005547
N	234	M234V	Atg	Gtg	21	21	AY.118	0.001316
N	234	M234V	Atg	Gtg	21	21	AY.54	0.002002
N	234	M234I	atG	atC	21	21	AY.64	0.0125
N	234	M234I	atG	atT	21	21	B.1.1.203	0.355932
N	234	M234I	atG	atA	18	21	B.1.177.7	0.002967
N	234	M234I	atG	atT	2	21	B.1.177.7	0.00033
N	234	M234I	atG	atC	1	21	B.1.177.7	0.000165
N	234	M234I	atG	atC	20	21	B.1.258.11	0.007927
N	234	M234I	atG	atT	1	21	B.1.258.11	0.000396
N	234	M234I	atG	atT	20	21	B.1.582	0.009814
N	234	M234I	atG	atC	1	21	B.1.582	0.000491
N	234	M234T	aTg	aCg	20	20	B.1.617.2	0.000075
N	234	M234I	atG	atA	17	18	AY.42	0.000684
N	234	M234I	atG	atT	1	18	AY.42	0.00004
N	234	M234I	atG	atT	14	18	B.1.567	0.046667
N	234	M234I	atG	atA	3	18	B.1.567	0.01
N	234	M234I	atG	atC	1	18	B.1.567	0.003333
N	234	M234T	aTg	aCg	16	16	AY.4	0.000025
N	234	M234I	atG	atT	16	16	B.1.1.277	0.01214
N	234	M234I	atG	atT	15	15	B.1.633	0.625
N	234	M234I	atG	atT	11	14	AY.102	0.000292
N	234	M234I	atG	atA	2	14	AY.102	0.000053
N	234	M234I	atG	atC	1	14	AY.102	0.000027
N	234	M234I	atG	atT	12	13	AY.75	0.000672
N	234	M234I	atG	atA	1	13	AY.75	0.000056
N	234	M234L	Atg	Ttg	13	13	B.1.1.306	0.005699
N	234	M234I	atG	atT	13	13	B.1.438.3	1
N	234	M234I	atG	atA	13	13	B.1.574	0.027957
N	234	M234L	Atg	Ttg	13	13	B.1.617.2	0.000049
N	234	M234I	atG	atT	12	12	AY.29	0.000189
N	234	M234V	Atg	Gtg	12	12	B.1.177.38	0.125
N	234	M234I	atG	atT	10	12	B.1.351	0.000297
N	234	M234I	atG	atA	1	12	B.1.351	0.00003
N	234	M234I	atG	atC	1	12	B.1.351	0.00003
N	234	M234I	atG	atT	8	12	B.1.36.29	0.004139
N	234	M234I	atG	atC	3	12	B.1.36.29	0.001552
N	234	M234I	atG	atA	1	12	B.1.36.29	0.000517
N	234	M234I	atG	atT	12	12	B.1.9.5	0.068182
N	234	M234I	atG	atT	11	11	AY.20	0.000428
N	234	M234I	atG	atT	7	11	AY.23	0.000488
N	234	M234I	atG	atC	3	11	AY.23	0.000209
N	234	M234I	atG	atA	1	11	AY.23	0.00007
N	234	M234V	Atg	Gtg	11	11	AY.4	0.000017
N	234	M234I	atG	atT	8	11	AY.5	0.000165
N	234	M234I	atG	atA	3	11	AY.5	0.000062
N	234	M234I	atG	atT	9	11	AY.61	0.000943
N	234	M234I	atG	atA	1	11	AY.61	0.000105
N	234	M234I	atG	atC	1	11	AY.61	0.000105
N	234	M234I	atG	atT	11	11	B.1.1.1	0.003594
N	234	M234I	atG	atT	9	11	B.1.1.294	0.011392
N	234	M234I	atG	atC	2	11	B.1.1.294	0.002532
N	234	M234I	atG	atC	11	11	B.1.177.43	0.016248
N	234	M234I	atG	atT	11	11	B.1.540	0.106796
N	234	M234V	Atg	Gtg	10	10	AY.3	0.000099
N	234	M234I	atG	atT	10	10	AY.3.1	0.000853
N	234	M234I	atG	atT	10	10	AY.46.6	0.000722
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.1.1.433	0.014245
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.1.1.63	0.003858
N	234	M234T	aTg	aCg	10	10	B.1.1.7	0.000009
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.1.243	0.000696
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.1.258.24	0.107527
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.1.258.4	0.034483
N	234	M234V	Atg	Gtg	10	10	B.1.429	0.000235
N	234	M234I	atG	atT	10	10	B.4	0.022075
N	234	M234I	atG	atC	10	10	R.1	0.0009
N	234	M234V	Atg	Gtg	9	9	AY.25	0.000054
N	234	M234I	atG	atT	6	9	AY.39	0.000148
N	234	M234I	atG	atC	3	9	AY.39	0.000074
N	234	M234I	atG	atT	9	9	B.1.1.56	0.160714
N	234	M234del	ATG	---	9	9	B.1.1.7	0.000008
N	234	M234I	atG	atA	7	9	B.1.214.2	0.004197
N	234	M234I	atG	atT	1	9	B.1.214.2	0.0006
N	234	M234I	atG	atC	1	9	B.1.214.2	0.0006
N	234	M234I	atG	atT	7	9	B.1.356	0.01209
N	234	M234I	atG	atA	2	9	B.1.356	0.003454
N	234	M234I	atG	atC	6	9	B.1.509	0.005195
N	234	M234I	atG	atT	3	9	B.1.509	0.002597
N	234	M234I	atG	atT	9	9	B.1.617.1	0.001161
N	234	M234I	atG	atA	5	8	AY.16	0.001898
N	234	M234I	atG	atT	2	8	AY.16	0.000759
N	234	M234I	atG	atC	1	8	AY.16	0.00038
N	234	M234I	atG	atT	7	8	AY.47	0.000218
N	234	M234I	atG	atC	1	8	AY.47	0.000031
N	234	M234L	Atg	Ctg	8	8	AY.9	0.000541
N	234	M234L	Atg	Ttg	8	8	B.1.1	0.000145
N	234	M234I	atG	atT	7	8	B.1.1.216	0.006233
N	234	M234I	atG	atC	1	8	B.1.1.216	0.00089
N	234	M234I	atG	atT	8	8	B.1.1.291	0.005939
N	234	M234V	Atg	Gtg	8	8	B.1.2	0.00007
N	234	M234I	atG	atT	8	8	B.1.236	0.016427
N	234	M234I	atG	atC	4	8	B.1.375	0.003279
N	234	M234I	atG	atT	4	8	B.1.375	0.003279
N	234	M234V	Atg	Gtg	8	8	P.1	0.000126
N	234	M234I	atG	atT	3	7	A	0.001161
N	234	M234I	atG	atA	3	7	A	0.001161
N	234	M234I	atG	atC	1	7	A	0.000387
N	234	M234T	aTg	aCg	7	7	AY.103	0.000043
N	234	M234I	atG	atT	7	7	AY.16.1	0.003289
N	234	M234I	atG	atT	7	7	AY.27	0.000453
N	234	M234L	Atg	Ttg	7	7	AY.35	0.001631
N	234	M234I	atG	atT	7	7	AY.4.5	0.000752
N	234	M234I	atG	atT	7	7	AY.9.1	0.000586
N	234	M234I	atG	atT	7	7	B.1.1.45	0.098592
N	234	M234I	atG	atT	7	7	B.1.1.51	0.012027
N	234	M234L	Atg	Ttg	5	7	B.1.2	0.000044
N	234	M234L	Atg	Ctg	2	7	B.1.2	0.000018
N	234	M234V	Atg	Gtg	7	7	B.1.351	0.000208
N	234	M234I	atG	atA	7	7	B.1.636	0.04698
N	234	M234I	atG	atT	5	7	P.1.17	0.000809
N	234	M234I	atG	atA	2	7	P.1.17	0.000324
N	234	M234L	Atg	Ttg	6	6	A.5	0.011538
N	234	M234F	AtG	TtT	6	6	All	0.000001
N	234	M234V	Atg	Gtg	6	6	AY.103	0.000037
N	234	M234I	atG	atA	5	6	AY.105	0.003215
N	234	M234I	atG	atT	1	6	AY.105	0.000643
N	234	M234I	atG	atT	5	6	AY.33	0.000334
N	234	M234I	atG	atC	1	6	AY.33	0.000067
N	234	M234L	Atg	Ttg	4	6	AY.43	0.000018
N	234	M234L	Atg	Ctg	1	6	AY.43	0.000004
N	234	M234L	AtG	CtC	1	6	AY.43	0.000004
N	234	M234I	atG	atT	6	6	B.1.1.448	0.012195
N	234	M234I	atG	atT	6	6	B.1.351.5	0.003597
N	234	M234I	atG	atT	6	6	B.1.400	0.002574
N	234	M234I	atG	atT	4	6	B.1.409	0.003125
N	234	M234I	atG	atC	2	6	B.1.409	0.001563
N	234	M234I	atG	atT	6	6	B.1.466.2	0.002347
N	234	M234I	atG	atT	5	5	A.30	0.714286
N	234	M234del2	ATg	--g	3	5	All	0.000001
N	234	M234del2	aTG	a--	2	5	All	0
N	234	M234I	atG	atC	5	5	AY.116	0.001434
N	234	M234T	aTg	aCg	5	5	AY.117	0.000423
N	234	M234T	aTg	aCg	5	5	AY.25	0.00003
N	234	M234I	atG	atT	4	5	AY.45	0.000487
N	234	M234I	atG	atA	1	5	AY.45	0.000122
N	234	M234del	ATG	---	5	5	B.1	0.000046
N	234	M234T	aTg	aCg	5	5	B.1	0.000046
N	234	M234L	Atg	Ttg	5	5	B.1.1.189	0.007564
N	234	M234V	Atg	Gtg	5	5	B.1.1.219	0.025
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.1.220	0.009294
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.1.284	0.000537
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.1.506	0.185185
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.1.67	0.022831
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.281	0.108696
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.320	0.006227
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.470	0.007022
N	234	M234I	atG	atT	5	5	B.1.580	0.020325
N	234	M234I	atG	atT	5	5	C.14	0.021645
N	234	M234I	atG	atT	5	5	C.36	0.004554
N	234	M234I	atG	atT	3	5	P.1.15	0.000697
N	234	M234I	atG	atC	2	5	P.1.15	0.000465
N	234	M234I	atG	atT	5	5	P.5	0.068493
N	234	M234N	aTG	aAT	4	4	All	0.000001
N	234	M234T	aTg	aCg	4	4	AY.20	0.000155
N	234	M234K	aTg	aAg	4	4	AY.43	0.000018
N	234	M234V	Atg	Gtg	4	4	AY.43	0.000018
N	234	M234I	atG	atT	3	4	AY.95	0.002283
N	234	M234I	atG	atA	1	4	AY.95	0.000761
N	234	M234I	atG	atT	4	4	AY.99.2	0.000369
N	234	M234K	aTg	aAg	3	4	B.1	0.000027
N	234	M234K	aTG	aAA	1	4	B.1	0.000009
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.1.1.161	0.014134
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.1.1.261	0.034483
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.1.1.370	0.050633
N	234	M234L	Atg	Ttg	2	4	B.1.1.7	0.000002
N	234	M234L	AtG	CtC	1	4	B.1.1.7	0.000001
N	234	M234L	Atg	Ctg	1	4	B.1.1.7	0.000001
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.1.177.77	0.002905
N	234	M234I	atG	atC	4	4	B.1.260	0.013378
N	234	M234I	atG	atC	4	4	B.1.465	0.015209
N	234	M234I	atG	atT	3	4	B.1.468	0.017143
N	234	M234I	atG	atC	1	4	B.1.468	0.005714
N	234	M234I	atG	atC	4	4	B.1.473	0.076923
N	234	M234I	atG	atT	3	4	B.1.525	0.000339
N	234	M234I	atG	atA	1	4	B.1.525	0.000113
N	234	M234I	atG	atA	4	4	B.1.575	0.001214
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.1.621	0.000354
N	234	M234I	atG	atT	4	4	B.4.1	0.075472
N	234	M234I	atG	atT	3	4	D.2	0.000225
N	234	M234I	atG	atA	1	4	D.2	0.000075
N	234	M234I	atG	atT	4	4	N.6	0.028369
N	234	M234I	atG	atT	3	4	P.1.1	0.000953
N	234	M234I	atG	atA	1	4	P.1.1	0.000318
N	234	M234del1	atG	at-	2	3	All	0
N	234	M234del1	AtG	-tC	1	3	All	0
N	234	M234V	Atg	Gtg	3	3	AU.2	0.007264
N	234	M234I	atG	atT	3	3	AY.113	0.000427
N	234	M234I	atG	atT	3	3	AY.118	0.000188
N	234	M234I	atG	atC	2	3	AY.119	0.000071
N	234	M234I	atG	atT	1	3	AY.119	0.000035
N	234	M234L	Atg	Ttg	3	3	AY.23	0.000209
N	234	M234L	Atg	Ttg	3	3	AY.25	0.000018
N	234	M234L	Atg	Ttg	2	3	AY.4	0.000003
N	234	M234L	Atg	Ctg	1	3	AY.4	0.000002
N	234	M234I	atG	atT	2	3	AY.4.2	0.000043
N	234	M234I	atG	atC	1	3	AY.4.2	0.000022
N	234	M234T	aTg	aCg	3	3	AY.43	0.000013
N	234	M234V	Atg	Gtg	3	3	AY.5	0.000062
N	234	M234I	atG	atA	2	3	AY.62	0.000871
N	234	M234I	atG	atT	1	3	AY.62	0.000436
N	234	M234I	atG	atT	3	3	AY.68	0.000821
N	234	M234I	atG	atT	3	3	AY.75.1	0.000541
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.101	0.03
N	234	M234L	Atg	Ttg	3	3	B.1.1.28	0.000934
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.312	0.005736
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.317	0.001235
N	234	M234I	atG	atT	2	3	B.1.1.372	0.001377
N	234	M234I	atG	atA	1	3	B.1.1.372	0.000689
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.521	0.016043
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.54	0.009063
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.1.95	0.058824
N	234	M234I	atG	atT	2	3	B.1.139	0.001466
N	234	M234I	atG	atA	1	3	B.1.139	0.000733
N	234	M234I	atG	atT	2	3	B.1.157	0.00597
N	234	M234I	atG	atC	1	3	B.1.157	0.002985
N	234	M234V	Atg	Gtg	3	3	B.1.177	0.00004
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.240	0.000647
N	234	M234I	atG	atT	2	3	B.1.369	0.00057
N	234	M234I	atG	atA	1	3	B.1.369	0.000285
N	234	M234I	atG	atA	3	3	B.1.389	0.003006
N	234	M234I	atG	atT	3	3	B.1.462	0.021739
N	234	M234L	AtG	TtA	3	3	B.1.526	0.000071
N	234	M234I	atG	atA	3	3	B.1.530	0.021429
N	234	M234V	AtG	GtA	3	3	B.1.623	0.001609
N	234	M234I	atG	atT	3	3	C.33	0.176471
N	234	M234I	atG	atT	3	3	P.6	0.009434
N	234	M234L	AtG	CtT	1	2		0.055556
N	234	M234L	Atg	Ctg	1	2		0.055556
N	234	M234H	ATG	CAT	2	2	All	0
N	234	M234I	atG	atC	2	2	AY.117	0.000169
N	234	M234T	aTg	aCg	2	2	AY.118	0.000125
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.120	0.000074
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.121	0.000271
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.14	0.000176
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.29.1	0.000441
N	234	M234F	AtG	TtT	2	2	AY.29.1	0.000441
N	234	M234T	aTg	aCg	2	2	AY.3	0.00002
N	234	M234R	aTg	aGg	2	2	AY.3	0.00002
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.34.1	0.00102
N	234	M234V	Atg	Gtg	2	2	AY.35	0.000466
N	234	M234V	Atg	Gtg	2	2	AY.36	0.000296
N	234	M234K	aTg	aAg	2	2	AY.4	0.000003
N	234	M234T	aTg	aCg	2	2	AY.4.2	0.000043
N	234	M234T	aTg	aCg	2	2	AY.44	0.000012
N	234	M234L	Atg	Ttg	2	2	AY.44	0.000012
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.5.3	0.000675
N	234	M234del	ATG	---	2	2	AY.50	0.001599
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.60	0.001876
N	234	M234I	atG	atC	2	2	AY.7	0.000392
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.71	0.00095
N	234	M234I	atG	atT	2	2	AY.72	0.002721
N	234	M234del	ATG	---	2	2	AY.75	0.000112
N	234	M234L	Atg	Ttg	2	2	AY.75	0.000112
N	234	M234F	AtG	TtT	2	2	B.1	0.000018
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.10	0.00223
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.129	0.018349
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.148	0.017544
N	234	M234I	atG	atC	2	2	B.1.1.153	0.002191
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.218	0.015385
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.226	0.011628
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.241	0.004141
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.269	0.002706
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.33	0.000842
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.336	0.033333
N	234	M234I	atG	atC	1	2	B.1.1.37	0.000193
N	234	M234I	atG	atT	1	2	B.1.1.37	0.000193
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.407	0.083333
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.411	0.029412
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.437	0.020833
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.453	0.016949
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.459	0.030769
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.1.464	0.002946
N	234	M234L	Atg	Ttg	2	2	B.1.1.63	0.000772
N	234	M234K	aTg	aAg	1	2	B.1.139	0.000733
N	234	M234K	aTG	aAA	1	2	B.1.139	0.000733
N	234	M234del	ATG	---	2	2	B.1.2	0.000018
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.214	0.007326
N	234	M234I	atG	atC	2	2	B.1.222	0.003384
N	234	M234F	AtG	TtT	2	2	B.1.236	0.004107
N	234	M234I	atG	atA	2	2	B.1.243.1	0.044444
N	234	M234I	atG	atA	2	2	B.1.336	0.004878
N	234	M234V	AtG	GtT	1	2	B.1.349	0.000715
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	2	B.1.349	0.000715
N	234	M234del	ATG	---	2	2	B.1.351	0.000059
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.36.1	0.002281
N	234	M234I	atG	atA	2	2	B.1.36.17	0.000988
N	234	M234I	atG	atC	2	2	B.1.36.22	0.002415
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.398	0.005952
N	234	M234I	atG	atA	2	2	B.1.413	0.008511
N	234	M234I	atG	atC	2	2	B.1.416.1	0.003125
N	234	M234V	AtG	GtC	1	2	B.1.416.1	0.001563
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	2	B.1.416.1	0.001563
N	234	M234V	Atg	Gtg	2	2	B.1.427	0.000101
N	234	M234del	ATG	---	2	2	B.1.427	0.000101
N	234	M234I	atG	atT	1	2	B.1.428	0.00102
N	234	M234I	atG	atC	1	2	B.1.428	0.00102
N	234	M234I	atG	atC	1	2	B.1.453	0.003236
N	234	M234I	atG	atT	1	2	B.1.453	0.003236
N	234	M234V	Atg	Gtg	2	2	B.1.470	0.002809
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.533	0.019231
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.555	0.044444
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.564	0.000852
N	234	M234I	atG	atC	1	2	B.1.599	0.00365
N	234	M234I	atG	atT	1	2	B.1.599	0.00365
N	234	M234del	ATG	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
N	234	M234I	atG	atT	2	2	B.1.621.1	0.001012
N	234	M234I	atG	atA	1	2	B.1.628	0.000352
N	234	M234I	atG	atT	1	2	B.1.628	0.000352
N	234	M234I	atG	atC	2	2	B.23	0.005848
N	234	M234L	Atg	Ttg	2	2	B.55	0.0059
N	234	M234I	atG	atC	1	2	C.16	0.00106
N	234	M234I	atG	atT	1	2	C.16	0.00106
N	234	M234I	atG	atT	2	2	P.1.10	0.000539
N	234	M234I	atG	atT	2	2	P.1.7	0.000639
N	234	M234I	atG	atT	2	2	Q.3	0.00029
N	234	M234K	aTg	aAg	1	1		0.055556
N	234	M234I	atG	atT	1	1		0.055556
N	234	M234H	ATG	CAT	1	1		0.055556
N	234	M234Q	ATg	CAg	1	1		0.055556
N	234	M234N	aTG	aAT	1	1		0.055556
N	234	M234I	atG	atT	1	1	A.1	0.000282
N	234	M234I	atG	atC	1	1	A.19	0.009434
N	234	M234I	atG	atT	1	1	A.2	0.000662
N	234	M234I	atG	atT	1	1	A.2.3	0.004739
N	234	M234I	atG	atT	1	1	A.2.4	0.003367
N	234	M234I	atG	atT	1	1	A.5	0.001923
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AD.1	0.004115
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AD.2	0.000219
N	234	M234I	atG	atA	1	1	AE.8	0.000489
N	234	M234A	ATG	GCT	1	1	All	0
N	234	M234G	ATG	GGT	1	1	All	0
N	234	M234E	ATg	GAg	1	1	All	0
N	234	M234Q	ATg	CAg	1	1	All	0
N	234	M234S	aTG	aGT	1	1	All	0
N	234	M234X	ATg	TAg	1	1	All	0
N	234	M234I	atG	atC	1	1	AN.1	0.02
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AT.1	0.005128
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.100	0.000046
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.102	0.000027
N	234	M234del2	aTG	a--	1	1	AY.103	0.000006
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.116	0.000287
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.117	0.000085
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	AY.117	0.000085
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.119	0.000035
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	AY.120	0.000037
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.120	0.000037
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.120.2	0.001285
N	234	M234del2	ATg	--g	1	1	AY.121	0.000135
N	234	M234K	aTg	aAg	1	1	AY.16	0.00038
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	AY.16.1	0.00047
N	234	M234I	atG	atA	1	1	AY.2	0.000356
N	234	M234del	ATG	---	1	1	AY.20	0.000039
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.23	0.00007
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.24	0.000431
N	234	M234del	ATG	---	1	1	AY.25	0.000006
N	234	M234R	aTg	aGg	1	1	AY.25	0.000006
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.26	0.000028
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.29	0.000016
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	AY.29	0.000016
N	234	M234L	Atg	Ctg	1	1	AY.3	0.00001
N	234	M234E	ATg	GAg	1	1	AY.3	0.00001
N	234	M234G	ATG	GGT	1	1	AY.3	0.00001
N	234	M234del2	aTG	a--	1	1	AY.3	0.00001
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.3.1	0.000085
N	234	M234I	atG	atA	1	1	AY.30	0.000396
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	AY.33	0.000067
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.37	0.000316
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.38	0.000499
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.39.1	0.00004
N	234	M234del	ATG	---	1	1	AY.40	0.000964
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.42	0.00004
N	234	M234A	ATG	GCT	1	1	AY.43	0.000004
N	234	M234del	ATG	---	1	1	AY.43	0.000004
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	AY.45	0.000122
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	AY.45	0.000122
N	234	M234I	atG	atA	1	1	AY.46	0.000104
N	234	M234del	ATG	---	1	1	AY.46.6	0.000072
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	AY.47	0.000031
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	AY.48	0.000465
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	AY.5	0.000021
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.51	0.000909
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.55	0.000917
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.56	0.001605
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.6	0.000041
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	AY.62	0.000436
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.63	0.000387
N	234	M234I	atG	atC	1	1	AY.69	0.000187
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.7	0.000196
N	234	M234I	atG	atC	1	1	AY.7.2	0.000559
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.70	0.000209
N	234	M234K	aTg	aAg	1	1	AY.72	0.001361
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.79	0.001211
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	AY.86	0.00083
N	234	M234K	aTg	aAg	1	1	AY.9	0.000068
N	234	M234R	aTg	aGg	1	1	AY.9	0.000068
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	AY.9.1	0.000084
N	234	M234I	atG	atT	1	1	AY.93	0.000273
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	AY.98.1	0.000048
N	234	M234I	atG	atA	1	1	AY.98.1	0.000048
N	234	M234del	ATG	---	1	1	AY.99	0.001049
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	B	0.000128
N	234	M234H	ATG	CAT	1	1	B.1	0.000009
N	234	M234N	aTG	aAT	1	1	B.1	0.000009
N	234	M234R	aTg	aGg	1	1	B.1	0.000009
N	234	M234K	aTg	aAg	1	1	B.1.1	0.000018
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1	0.000018
N	234	M234del	ATG	---	1	1	B.1.1	0.000018
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	B.1.1	0.000018
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.117	0.009709
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.128	0.007092
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1.135	0.004695
N	234	M234del	ATG	---	1	1	B.1.1.139	0.022727
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.141	0.002012
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.164	0.005155
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.1.176	0.000439
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.189	0.001513
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.207	0.001182
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.232	0.001815
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.1.236	0.006897
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.253	0.002506
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	B.1.1.27	0.00565
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1.284	0.000107
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.286	0.002899
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1.302	0.002075
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.1.302	0.002075
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.303	0.002762
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.309	0.005848
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.31	0.066667
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.315	0.008475
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.316	0.000925
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.322	0.008772
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.333	0.001076
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1.348	0.000796
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.348	0.000796
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.354	0.004386
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.1.381	0.04
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.1.406	0.006494
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.432	0.001266
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.1.434	0.000349
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.44	0.00241
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.442	0.018519
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.463	0.0625
N	234	M234L	Atg	Ctg	1	1	B.1.1.464	0.001473
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.484	0.1
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.500	0.02
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.1.507	0.008696
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.512	0.028571
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	B.1.1.519	0.00004
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.523	0.001563
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.525	0.005464
N	234	M234L	Atg	Ctg	1	1	B.1.1.54	0.003021
N	234	M234N	aTG	aAT	1	1	B.1.1.61	0.008772
N	234	M234K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.61	0.008772
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.61	0.008772
N	234	M234del1	atG	at-	1	1	B.1.1.7	0.000001
N	234	M234K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.7	0.000001
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.1.70	0.000341
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.74	0.00431
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.86	0.035714
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.1.99	0.02381
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.104	0.00369
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.113	0.015625
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.124	0.007812
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.13	0.002375
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.147	0.000756
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.158	0.02381
N	234	M234T	aTG	aCC	1	1	B.1.160	0.000031
N	234	M234del1	atG	at-	1	1	B.1.177	0.000013
N	234	M234K	aTg	aAg	1	1	B.1.177	0.000013
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.177.20	0.001517
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.177.21	0.000076
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.177.23	0.003236
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.177.32	0.00135
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	B.1.177.50	0.004695
N	234	M234del1	AtG	-tC	1	1	B.1.177.63	0.002703
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.177.8	0.000752
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.177.85	0.005435
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.189	0.004292
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.190	0.01
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.199	0.004132
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.201	0.005682
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.206	0.000816
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.210	0.002132
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	B.1.221	0.000071
N	234	M234R	aTg	aGg	1	1	B.1.221	0.000071
N	234	M234K	aTg	aAg	1	1	B.1.221	0.000071
N	234	M234S	aTG	aGT	1	1	B.1.221	0.000071
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	B.1.223	0.002778
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.232	0.000537
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.234	0.000132
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.237	0.004975
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.247	0.014925
N	234	M234L	Atg	Ctg	1	1	B.1.258	0.000067
N	234	M234del2	ATg	--g	1	1	B.1.258	0.000067
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.258.14	0.00098
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	B.1.258.17	0.000104
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.258.3	0.001675
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.280	0.007143
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.326	0.007576
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	B.1.329	0.000608
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.332	0.003497
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.338	0.008621
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.350	0.002933
N	234	M234K	aTg	aAg	1	1	B.1.351	0.00003
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.351.2	0.000303
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	B.1.351.3	0.000876
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.36.10	0.004785
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.36.18	0.00042
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.36.25	0.002208
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.36.26	0.002857
N	234	M234L	Atg	Ctg	1	1	B.1.36.31	0.001751
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.36.35	0.002604
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.36.8	0.001
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.362	0.001541
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.378	0.006849
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.391	0.001127
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.399	0.001934
N	234	M234L	Atg	Ctg	1	1	B.1.405	0.012346
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.406	0.006061
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	B.1.411	0.003704
N	234	M234del	ATG	---	1	1	B.1.415	0.014286
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	B.1.415.1	0.007576
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.420	0.010417
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	B.1.422	0.000812
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	B.1.429	0.000024
N	234	M234L	AtG	CtT	1	1	B.1.438.1	0.000107
N	234	M234del	ATG	---	1	1	B.1.439	0.005917
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.451	0.008197
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.1.474	0.001901
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.497	0.000315
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.499	0.00105
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.506	0.02381
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.517	0.000427
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.524	0.001406
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	B.1.524	0.001406
N	234	M234del	ATG	---	1	1	B.1.525	0.000113
N	234	M234T	aTg	aCg	1	1	B.1.525	0.000113
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	B.1.533	0.009615
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	B.1.538	0.008065
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.538	0.008065
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.546	0.003704
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.551	0.00129
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.560	0.00463
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.575.1	0.002439
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.576	0.000907
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.589	0.007576
N	234	M234L	Atg	Ttg	1	1	B.1.596	0.000087
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.597	0.00463
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.600	0.005848
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.610	0.003546
N	234	M234del	ATG	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
N	234	M234del2	ATg	--g	1	1	B.1.617.2	0.000004
N	234	M234X	ATg	TAg	1	1	B.1.617.2	0.000004
N	234	M234del	ATG	---	1	1	B.1.621	0.000089
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.1.627	0.00202
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.1.638	0.052632
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.12	0.00641
N	234	M234I	atG	atC	1	1	B.40	0.000364
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.6.6	0.000889
N	234	M234I	atG	atA	1	1	B.6.8	0.008264
N	234	M234I	atG	atT	1	1	B.61	0.005747
N	234	M234I	atG	atC	1	1	C.18	0.002591
N	234	M234del	ATG	---	1	1	C.35	0.000774
N	234	M234I	atG	atA	1	1	C.36.1	0.004149
N	234	M234I	atG	atT	1	1	C.36.3	0.000567
N	234	M234I	atG	atT	1	1	C.37	0.000116
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	C.37	0.000116
N	234	M234del	ATG	---	1	1	C.37.1	0.002618
N	234	M234N	aTG	aAT	1	1	D.2	0.000075
N	234	M234K	aTg	aAg	1	1	D.2	0.000075
N	234	M234I	atG	atT	1	1	P.1.12	0.000484
N	234	M234I	atG	atT	1	1	P.1.14	0.000048
N	234	M234I	atG	atT	1	1	P.1.16	0.000374
N	234	M234I	atG	atT	1	1	P.1.6	0.001946
N	234	M234I	atG	atT	1	1	P.7	0.004367
N	234	M234I	atG	atA	1	1	Q.1	0.000126
N	234	M234V	Atg	Gtg	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.