CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 215 & Codon = Tgt

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	215	G215C		nonsyn	Ggt	Tgt	2396067	2395920	0.999939	28916-28918

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2395920	2396067	All	0.458248
N	215	G215C	Ggt	Tgt	637679	637685	AY.4	0.992498
N	215	G215C	Ggt	Tgt	222588	222605	B.1.617.2	0.838136
N	215	G215C	Ggt	Tgt	216579	216584	AY.43	0.959545
N	215	G215C	Ggt	Tgt	165134	165136	AY.25	0.993251
N	215	G215C	Ggt	Tgt	161462	161467	AY.44	0.982781
N	215	G215C	Ggt	Tgt	159627	159632	AY.103	0.991133
N	215	G215C	Ggt	Tgt	94926	94928	AY.3	0.944171
N	215	G215C	Ggt	Tgt	63345	63347	AY.29	0.99918
N	215	G215C	Ggt	Tgt	47256	47264	AY.5	0.975799
N	215	G215C	Ggt	Tgt	45947	45947	AY.4.2	0.99653
N	215	G215C	Ggt	Tgt	39574	39578	AY.39	0.977933
N	215	G215C	Ggt	Tgt	37477	37507	AY.102	0.993663
N	215	G215C	Ggt	Tgt	27688	27688	AY.119	0.977615
N	215	G215C	Ggt	Tgt	26665	26665	AY.120	0.991375
N	215	G215C	Ggt	Tgt	25602	25602	AY.20	0.995025
N	215	G215C	Ggt	Tgt	24838	24839	AY.39.1	0.983917
N	215	G215C	Ggt	Tgt	24423	24423	AY.42	0.98254
N	215	G215C	Ggt	Tgt	24205	24206	AY.6	0.995517
N	215	G215C	Ggt	Tgt	21432	21432	AY.100	0.986014
N	215	G215C	Ggt	Tgt	20135	20135	AY.98.1	0.975155
N	215	G215C	Ggt	Tgt	15724	15724	AY.118	0.98509
N	215	G215C	Ggt	Tgt	14741	14741	AY.33	0.984374
N	215	G215C	Ggt	Tgt	13609	13609	AY.46.6	0.98267
N	215	G215C	Ggt	Tgt	13205	13205	AY.23	0.921043
N	215	G215C	Ggt	Tgt	12426	12426	AY.98	0.981594
N	215	G215C	Ggt	Tgt	11661	11661	AY.117	0.985548
N	215	G215C	Ggt	Tgt	11032	11032	AY.3.1	0.940575
N	215	G215C	Ggt	Tgt	10725	10725	AY.99.2	0.988388
N	215	G215C	Ggt	Tgt	10190	10244	AY.34	0.988073
N	215	G215C	Ggt	Tgt	9343	9344	AY.46	0.972419
N	215	G215C	Ggt	Tgt	9236	9236	AY.4.5	0.992798
N	215	G215C	Ggt	Tgt	8823	8823	AY.7.1	0.994365
N	215	G215C	Ggt	Tgt	7748	7748	AY.45	0.942808
N	215	G215C	Ggt	Tgt	7301	7301	AY.121	0.987957
N	215	G215C	Ggt	Tgt	6830	6831	AY.113	0.972519
N	215	G215C	Ggt	Tgt	6659	6659	AY.36	0.986957
N	215	G215C	Ggt	Tgt	6621	6621	AY.4.2.1	0.986442
N	215	G215C	Ggt	Tgt	6059	6060	AY.46.4	0.99671
N	215	G215C	Ggt	Tgt	5452	5452	AY.111	0.998535
N	215	G215C	Ggt	Tgt	5074	5074	AY.7	0.994512
N	215	G215C	Ggt	Tgt	5039	5039	AY.46.5	0.999802
N	215	G215C	Ggt	Tgt	4533	4533	AY.29.1	0.999559
N	215	G215C	Ggt	Tgt	4280	4280	AY.114	0.989138
N	215	G215C	Ggt	Tgt	4168	4168	AY.110	0.469687
N	215	G215C	Ggt	Tgt	3566	3566	AY.93	0.973785
N	215	G215C	Ggt	Tgt	3532	3533	AY.5.4	0.97731
N	215	G215C	Ggt	Tgt	3353	3353	AY.116	0.961572
N	215	G215C	Ggt	Tgt	3327	3327	AY.41	0.977954
N	215	G215C	Ggt	Tgt	3191	3191	AY.116.1	0.993771
N	215	G215C	Ggt	Tgt	3087	3087	AY.120.1	0.991011
N	215	G215C	Ggt	Tgt	3024	3024	AY.92	0.868716
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2920	2921	AY.12	0.922882
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2919	2919	AY.5.3	0.984818
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2709	2709	AY.9.2	0.0995
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2501	2501	AY.1	0.989711
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2415	2415	AY.4.4	0.988134
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2396	2396	AY.23.1	1
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2324	2324	AY.106	0.778299
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2296	2296	AY.85	0.980777
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2265	2265	AY.84	0.990814
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2224	2224	AY.94	0.984506
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2135	2135	AY.107	0.994874
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1987	1987	AY.101	0.974497
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1960	1960	AY.120.2.1	0.976582
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1952	1952	AY.34.1	0.995411
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1828	1828	AY.32	0.973376
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1778	1778	AY.7.2	0.994407
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1507	1507	AY.46.2	0.957433
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1457	1457	AY.105	0.936977
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1440	1440	AY.90	0.985626
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1379	1379	AY.39.1.1	0.999275
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1346	1346	AY.4.1	0.992625
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1345	1345	AY.109	0.994822
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1330	1330	AY.91	0.971512
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1217	1217	AY.95	0.92618
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1180	1180	AY.87	0.982515
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1164	1164	AY.4.3	0.979798
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1161	1161	AY.86	0.963485
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1103	1103	AY.88	0.975243
N	215	G215C	Ggt	Tgt	1071	1071	AY.46.3	1
N	215	G215C	Ggt	Tgt	965	965	AY.46.1	0.99076
N	215	G215C	Ggt	Tgt	923	923	AY.47	0.02871
N	215	G215C	Ggt	Tgt	868	868	AY.80	0.979684
N	215	G215C	Ggt	Tgt	861	861	AY.99	0.903463
N	215	G215C	Ggt	Tgt	821	821	AY.79	0.993947
N	215	G215C	Ggt	Tgt	818	818	AY.77	0.92221
N	215	G215C	Ggt	Tgt	765	765	AY.108	0.84344
N	215	G215C	Ggt	Tgt	735	735	AY.82	0.997286
N	215	G215C	Ggt	Tgt	714	714	AY.120.2	0.917738
N	215	G215C	Ggt	Tgt	648	648	AY.39.2	0.998459
N	215	G215C	Ggt	Tgt	639	639	AY.99.1	0.992236
N	215	G215C	Ggt	Tgt	611	611	AY.78	0.941448
N	215	G215C	Ggt	Tgt	610	610	AY.73	0.405855
N	215	G215C	Ggt	Tgt	577	577	AY.83	0.994828
N	215	G215C	Ggt	Tgt	563	563	AY.97	0.957483
N	215	G215C	Ggt	Tgt	561	561	AY.75	0.031429
N	215	G215C	Ggt	Tgt	499	499	AY.104	0.990079
N	215	G215C	Ggt	Tgt	489	489	AY.81	0.974104
N	215	G215C	Ggt	Tgt	469	469	AY.21	0.889943
N	215	G215C	Ggt	Tgt	469	469	AY.22	0.981172
N	215	G215C	Ggt	Tgt	453	453	AY.55	0.415596
N	215	G215C	Ggt	Tgt	404	404	AY.5.2	0.995074
N	215	G215C	Ggt	Tgt	383	383	AY.74	0.044293
N	215	G215C	Ggt	Tgt	375	375	AY.96	0.778008
N	215	G215C	Ggt	Tgt	363	363	AY.68	0.09937
N	215	G215C	Ggt	Tgt	360	360	B.1	0.003297
N	215	G215C	Ggt	Tgt	337	337	AY.26	0.009541
N	215	G215C	Ggt	Tgt	315	315	AY.54	0.030034
N	215	G215C	Ggt	Tgt	284	284	AY.19	0.323831
N	215	G215C	Ggt	Tgt	266	266	AY.5.1	1
N	215	G215C	Ggt	Tgt	257	257	AY.59	0.136123
N	215	G215C	Ggt	Tgt	246	246	AY.91.1	1
N	215	G215C	Ggt	Tgt	233	233	AY.53	0.066993
N	215	G215C	Ggt	Tgt	225	225	AY.58	0.204174
N	215	G215C	Ggt	Tgt	205	205	AY.76	0.990338
N	215	G215C	Ggt	Tgt	203	203	AY.89	0.995098
N	215	G215C	Ggt	Tgt	188	188	AY.62	0.081917
N	215	G215C	Ggt	Tgt	183	183	AY.69	0.034161
N	215	G215C	Ggt	Tgt	180	180	AY.115	0.9375
N	215	G215C	Ggt	Tgt	170	170	AY.64	0.10119
N	215	G215C	Ggt	Tgt	164	164	AY.67	0.076137
N	215	G215C	Ggt	Tgt	161	161	AY.52	0.131107
N	215	G215C	Ggt	Tgt	160	160	AY.10	0.084791
N	215	G215C	Ggt	Tgt	157	157	AY.75.1	0.028309
N	215	G215C	Ggt	Tgt	150	150	AY.37	0.047408
N	215	G215C	Ggt	Tgt	147	147	AY.56	0.235955
N	215	G215C	Ggt	Tgt	141	141	B.1.1.525	0.770492
N	215	G215C	Ggt	Tgt	140	140	AY.16	0.053151
N	215	G215C	Ggt	Tgt	129	129	AY.63	0.049903
N	215	G215C	Ggt	Tgt	109	109	AY.57	0.071522
N	215	G215C	Ggt	Tgt	105	105	AY.14	0.009241
N	215	G215C	Ggt	Tgt	93	93	AY.40	0.089682
N	215	G215C	Ggt	Tgt	86	86	AY.48	0.04
N	215	G215C	Ggt	Tgt	83	83	AY.13	0.013361
N	215	G215C	Ggt	Tgt	82	82	AY.70	0.017098
N	215	G215C	Ggt	Tgt	81	81	AY.35	0.018877
N	215	G215C	Ggt	Tgt	80	80	AY.24	0.034483
N	215	G215C	Ggt	Tgt	79	79	AY.30	0.031262
N	215	G215C	Ggt	Tgt	77	77	B	0.009842
N	215	G215C	Ggt	Tgt	70	70	AY.71	0.033254
N	215	G215C	Ggt	Tgt	66	66	B.1.609	0.03164
N	215	G215C	Ggt	Tgt	64	64	B.1.1.7	0.000057
N	215	G215C	Ggt	Tgt	61	61	AY.60	0.057223
N	215	G215C	Ggt	Tgt	54	54	AY.11	0.072289
N	215	G215C	Ggt	Tgt	45	45	AY.65	0.023987
N	215	G215C	Ggt	Tgt	37	37	AY.49	0.118211
N	215	G215C	Ggt	Tgt	36	36	AY.50	0.028777
N	215	G215C	Ggt	Tgt	33	33	AY.61	0.003458
N	215	G215C	Ggt	Tgt	31	31	AY.38	0.015477
N	215	G215C	Ggt	Tgt	31	31	B.1.1	0.000562
N	215	G215C	Ggt	Tgt	31	31	B.1.2	0.000273
N	215	G215C	Ggt	Tgt	30	30	AY.17	0.245902
N	215	G215C	Ggt	Tgt	25	25	B.1.221	0.001776
N	215	G215C	Ggt	Tgt	22	22	AY.51	0.02
N	215	G215C	Ggt	Tgt	21	21	AY.16.1	0.009868
N	215	G215C	Ggt	Tgt	21	21	AY.28	0.039698
N	215	G215C	Ggt	Tgt	20	20	AY.9.1	0.001674
N	215	G215C	Ggt	Tgt	19	19	AY.9	0.001284
N	215	G215C	Ggt	Tgt	19	19	P.1	0.000299
N	215	G215C	Ggt	Tgt	14	14	AY.66	0.014973
N	215	G215C	Ggt	Tgt	14	14	AY.8	0.008485
N	215	G215C	Ggt	Tgt	13	13	B.1.621	0.001151
N	215	G215C	Ggt	Tgt	11	11	AY.72	0.014966
N	215	G215C	Ggt	Tgt	11	11	B.1.596	0.000959
N	215	G215C	Ggt	Tgt	11	11	B.1.600	0.064327
N	215	G215C	Ggt	Tgt	10	10	B.1.617.1	0.00129
N	215	G215C	Ggt	Tgt	9	9	B.1.351	0.000268
N	215	G215C	Ggt	Tgt	8	8	B.1.628	0.002819
N	215	G215C	Ggt	Tgt	7	7	AY.27	0.000453
N	215	G215C	Ggt	Tgt	7	7	B.1.1.432	0.008861
N	215	G215C	Ggt	Tgt	6	6	B.1.1.216	0.005343
N	215	G215C	Ggt	Tgt	6	6	B.1.177	0.000079
N	215	G215C	Ggt	Tgt	6	6	B.1.177.73	0.003398
N	215	G215C	Ggt	Tgt	5	5	AY.2	0.001781
N	215	G215C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.1.317	0.002058
N	215	G215C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.375	0.004098
N	215	G215C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.497	0.001574
N	215	G215C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.525	0.000566
N	215	G215C	Ggt	Tgt	5	5	P.1.12	0.00242
N	215	G215C	Ggt	Tgt	4	4	B.1.1.63	0.001543
N	215	G215C	Ggt	Tgt	4	4	B.1.179	0.015038
N	215	G215C	Ggt	Tgt	4	4	B.1.349	0.002859
N	215	G215C	Ggt	Tgt	4	4	B.1.637	0.000292
N	215	G215C	Ggt	Tgt	3	3	A	0.001161
N	215	G215C	Ggt	Tgt	3	3	A.1	0.000846
N	215	G215C	Ggt	Tgt	3	3	B.1.1.28	0.000934
N	215	G215C	Ggt	Tgt	3	3	P.1.1	0.000953
N	215	G215C	Ggt	Tgt	2	2		0.111111
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.