CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
N | 210 | M210I | nonsyn | atG | atT | 10487 | 9268 | 0.883761 | 28901-28903 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
N | 210 | M210I | atG | atT | 9268 | 10487 | All | 0.001773 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4439 | 4485 | AY.70 | 0.925563 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 752 | 848 | B.1.1.7 | 0.000673 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 143 | 769 | B.1 | 0.00131 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 653 | 653 | AD.2 | 0.142982 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 483 | 486 | B.1.596 | 0.042088 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 292 | 438 | B.1.2 | 0.002571 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 318 | 318 | B.1.564 | 0.135434 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 152 | 180 | AY.4 | 0.000237 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 154 | 154 | B.1.1.362 | 0.865169 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 138 | 153 | AY.103 | 0.000857 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 135 | 140 | B.1.1 | 0.002449 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 131 | 131 | B.1.408 | 0.483395 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 116 | 127 | B.1.617.2 | 0.000437 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 78 | 112 | AY.44 | 0.000475 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 101 | 108 | P.1 | 0.001591 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 86 | 86 | AY.34 | 0.008339 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 59 | 59 | B.1.1.306 | 0.025866 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 48 | 58 | AY.43 | 0.000213 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 50 | 51 | AY.26 | 0.001416 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 47 | 49 | B.1.36 | 0.006857 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 40 | 45 | AY.3 | 0.000398 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 40 | 40 | AY.64 | 0.02381 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 37 | 37 | B.1.1.50 | 0.025119 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 31 | 31 | AY.33 | 0.00207 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 30 | 30 | B.1.429 | 0.000706 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 29 | 29 | B.1.1.519 | 0.001152 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 24 | 25 | AY.102 | 0.000636 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 20 | 24 | AY.25 | 0.00012 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 20 | 20 | B.1.1.39 | 0.010194 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 18 | 19 | AY.29.1 | 0.003969 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 16 | 19 | AY.5 | 0.00033 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 17 | 17 | AY.116.1 | 0.005294 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 17 | AY.120 | 0.000149 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 17 | 17 | B.1.1.216 | 0.015138 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 17 | 17 | B.1.627 | 0.034343 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 16 | 16 | B.1.1.333 | 0.017223 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 15 | 15 | D.4 | 1 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 14 | 14 | B.1.1.222 | 0.002856 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 11 | 14 | B.1.177 | 0.000145 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 12 | 13 | B.1.351 | 0.000357 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 13 | 13 | B.1.469 | 0.046931 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 13 | 13 | B.1.499 | 0.013655 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 12 | 12 | AY.106 | 0.004019 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 12 | 12 | B.1.236 | 0.024641 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 8 | 11 | AY.39 | 0.000198 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 7 | 11 | B.1.369 | 0.001997 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 10 | AY.98.1 | 0.000194 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 10 | 10 | B.1.1.192 | 0.023095 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 10 | 10 | B.1.1.516 | 0.666667 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 10 | B.1.336 | 0.004878 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 8 | 9 | B.1.1.434 | 0.002788 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 9 | 9 | B.1.203 | 0.5625 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 9 | 9 | B.1.637 | 0.000658 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 9 | 9 | P.1.14 | 0.00043 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 8 | 8 | AY.23 | 0.000558 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 8 | 8 | AY.27 | 0.000518 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 8 | AY.75 | 0.000056 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.1.318 | 0.002414 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 8 | 8 | B.1.620 | 0.007569 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 8 | 8 | P.2 | 0.001493 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 7 | 7 | AY.46.2 | 0.004447 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 7 | 7 | AY.59 | 0.003708 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 5 | 7 | AY.9.2 | 0.000184 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 7 | B | 0.000256 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 7 | 7 | B.1.427 | 0.000353 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 6 | 6 | AY.36 | 0.000889 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 6 | AY.61 | 0.000419 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 6 | 6 | AY.65 | 0.003198 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 5 | 6 | AY.68 | 0.001369 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 6 | 6 | AY.99.2 | 0.000553 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.1.428 | 0.056604 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 5 | 6 | B.1.367 | 0.003962 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 6 | 6 | B.1.609 | 0.002876 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 5 | 5 | AY.119 | 0.000177 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 5 | 5 | AY.74 | 0.000578 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 5 | 5 | B.1.1.277 | 0.003794 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 5 | B.1.177.86 | 0.000367 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 4 | AY.13 | 0.000644 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 4 | AY.20 | 0.000117 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 4 | AY.29 | 0.000032 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 4 | AY.46 | 0.000416 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 4 | AY.46.5 | 0.000595 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 4 | AY.54 | 0.000286 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.174 | 0.013514 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.220 | 0.007435 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.317 | 0.001647 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.1.416 | 0.00362 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 4 | B.1.1.448 | 0.006098 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 4 | B.1.160 | 0.000125 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 4 | B.1.177.15 | 0.001893 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 4 | B.1.243 | 0.000209 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 4 | P.1.17 | 0.000647 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 4 | Q.1 | 0.000505 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 4 | 4 | Q.8 | 0.00066 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 3 | AY.2 | 0.001068 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 3 | AY.42 | 0.00008 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 3 | AY.45 | 0.000122 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 3 | AY.47 | 0.000031 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 3 | AY.69 | 0.000373 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 3 | AY.75.1 | 0.000541 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 3 | AY.84 | 0.001312 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 3 | AZ.1 | 0.002602 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.198 | 0.004405 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.214 | 0.000166 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.1.37 | 0.000579 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.177.81 | 0.000568 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 3 | B.1.526 | 0.000071 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 3 | 3 | P.1.15 | 0.000697 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 3 | P.1.2 | 0.002312 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | A | 0.000774 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 2 | AY.118 | 0.000063 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | AY.16.1 | 0.00094 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | AY.38 | 0.000999 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | AY.4.2 | 0.000043 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | AY.46.6 | 0.000144 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | AY.85 | 0.000854 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | AY.87 | 0.001665 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 2 | AY.9.1 | 0.000084 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.1.28 | 0.000622 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 2 | B.1.1.294 | 0.001266 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.177.83 | 0.002963 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.177.84 | 0.013333 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.221 | 0.000142 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.221.3 | 0.001667 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 2 | B.1.258 | 0.000067 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.260 | 0.006689 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.409 | 0.001563 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.416.1 | 0.003125 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.468 | 0.011429 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | B.1.538 | 0.016129 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 2 | D.2 | 0.000075 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | Q.4 | 0.00091 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 2 | 2 | R.1 | 0.00018 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | A.29 | 0.005319 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | A.5 | 0.001923 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AE.3 | 0.032258 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AE.8 | 0.000489 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AU.2 | 0.002421 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.121 | 0.000135 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.15 | 0.002222 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.19 | 0.00114 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.21 | 0.001898 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.35 | 0.000233 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.4.1 | 0.000737 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.4.2.1 | 0.000149 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.46.1 | 0.001027 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.48 | 0.000465 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.49 | 0.003195 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.5.1 | 0.003759 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.53 | 0.000288 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.7.1 | 0.000113 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.77 | 0.001127 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | AY.94 | 0.000443 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.13 | 0.035714 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.161 | 0.003534 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.170 | 0.001247 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.189 | 0.001513 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.25 | 0.000569 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.282 | 0.011628 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.312 | 0.001912 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.320 | 0.018182 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.375 | 0.011905 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.406 | 0.006494 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.417 | 0.002703 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.432 | 0.001266 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.1.464 | 0.001473 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.146 | 0.004237 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.44 | 0.000519 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.64 | 0.090909 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.192 | 0.009259 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.223 | 0.002778 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.234 | 0.000132 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.258.14 | 0.00098 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.258.3 | 0.001675 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.311 | 0.000275 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.36.16 | 0.001425 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.36.35 | 0.002604 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.36.8 | 0.001 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.362 | 0.001541 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.396 | 0.000706 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.466 | 0.023256 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.466.2 | 0.000391 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.483 | 0.111111 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.498 | 0.020408 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.568 | 0.001111 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.581 | 0.009434 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.596.1 | 0.009346 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.617.1 | 0.000129 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.1.94 | 0.027027 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | B.6.6 | 0.000889 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | C.4 | 0.01 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | L.3 | 0.003546 |
N | 210 | M210I | atG | atT | 1 | 1 | N.5 | 0.001767 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
|