CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 199 & Codon = Tca

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	199	P199S		nonsyn	Cca	Tca	6535	6439	0.98531	28868-28870

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	199	P199S	Cca	Tca	6439	6535	All	0.001232
N	199	P199S	Cca	Tca	1857	1857	B.1.1.39	0.946483
N	199	P199S	Cca	Tca	743	743	AY.4	0.001156
N	199	P199S	Cca	Tca	470	565	B.1.438.1	0.050413
N	199	P199S	Cca	Tca	310	310	B.1.1.7	0.000278
N	199	P199S	Cca	Tca	261	261	AY.103	0.001621
N	199	P199S	Cca	Tca	260	260	AY.25	0.001564
N	199	P199S	Cca	Tca	260	260	B.1.567	0.866667
N	199	P199S	Cca	Tca	192	192	B.1.617.2	0.000723
N	199	P199S	Cca	Tca	148	148	B.1	0.001356
N	199	P199S	Cca	Tca	136	136	B.1.1	0.002467
N	199	P199S	Cca	Tca	101	101	B.1.36.18	0.042437
N	199	P199S	Cca	Tca	97	97	AY.43	0.00043
N	199	P199S	Cca	Tca	91	91	B.1.160.8	0.117268
N	199	P199S	Cca	Tca	75	75	AY.44	0.000457
N	199	P199S	Cca	Tca	62	62	AY.4.2	0.001345
N	199	P199S	Cca	Tca	60	60	B.1.637	0.004384
N	199	P199S	Cca	Tca	59	59	B.4.7	0.59596
N	199	P199S	Cca	Tca	45	45	AA.8	1
N	199	P199S	Cca	Tca	44	44	B.1.177	0.000579
N	199	P199S	Cca	Tca	42	42	B.1.234	0.005542
N	199	P199S	Cca	Tca	40	40	AY.26	0.001132
N	199	P199S	Cca	Tca	35	35	B.1.160	0.001092
N	199	P199S	Cca	Tca	34	34	AY.120	0.001264
N	199	P199S	Cca	Tca	33	33	AY.3	0.000328
N	199	P199S	Cca	Tca	33	33	B.1.1.434	0.011502
N	199	P199S	Cca	Tca	28	28	AY.102	0.000742
N	199	P199S	Cca	Tca	27	27	B.1.427	0.001363
N	199	P199S	Cca	Tca	26	26	P.1	0.00041
N	199	P199S	Cca	Tca	25	25	C.37	0.002902
N	199	P199S	Cca	Tca	24	24	B.1.1.277	0.018209
N	199	P199S	Cca	Tca	22	22	P.1.13	0.019766
N	199	P199S	Cca	Tca	21	21	B.1.595	0.00548
N	199	P199S	Cca	Tca	19	19	AY.117	0.001606
N	199	P199S	Cca	Tca	19	19	B.1.1.28	0.005913
N	199	P199S	Cca	Tca	18	18	AY.57	0.011811
N	199	P199S	Cca	Tca	17	17	N.5	0.030035
N	199	P199S	Cca	Tca	15	15	B.1.1.519	0.000596
N	199	P199S	Cca	Tca	15	15	B.3	0.012458
N	199	P199S	Cca	Tca	14	14	AQ.1	1
N	199	P199S	Cca	Tca	13	13	B.1.1.161	0.045936
N	199	P199S	Cca	Tca	13	13	B.1.258	0.000865
N	199	P199S	Cca	Tca	13	13	B.1.429	0.000306
N	199	P199S	Cca	Tca	13	13	B.1.466.2	0.005086
N	199	P199S	Cca	Tca	12	12	B.1.111	0.014101
N	199	P199S	Cca	Tca	12	12	B.1.206	0.009788
N	199	P199S	Cca	Tca	12	12	B.1.509	0.01039
N	199	P199S	Cca	Tca	11	11	AY.100	0.000506
N	199	P199S	Cca	Tca	11	11	AY.20	0.000428
N	199	P199S	Cca	Tca	11	11	AY.29	0.000174
N	199	P199S	Cca	Tca	11	11	B.1.1.222	0.002244
N	199	P199S	Cca	Tca	11	11	B.1.621	0.000974
N	199	P199S	Cca	Tca	10	10	A.2.5	0.00499
N	199	P199S	Cca	Tca	10	10	AY.119	0.000353
N	199	P199S	Cca	Tca	10	10	AY.7.2	0.005593
N	199	P199S	Cca	Tca	10	10	B.1.128	0.006353
N	199	P199S	Cca	Tca	9	9	A.19	0.084906
N	199	P199S	Cca	Tca	9	9	AQ.2	1
N	199	P199S	Cca	Tca	9	9	AY.23	0.000628
N	199	P199S	Cca	Tca	9	9	AY.39	0.000222
N	199	P199S	Cca	Tca	9	9	B.1.258.14	0.008824
N	199	P199S	Cca	Tca	8	8	AY.34	0.000776
N	199	P199S	Cca	Tca	8	8	AY.45	0.000973
N	199	P199S	Cca	Tca	8	8	AY.46.4	0.001316
N	199	P199S	Cca	Tca	8	8	AY.47	0.000249
N	199	P199S	Cca	Tca	8	8	AY.75.1	0.001442
N	199	P199S	Cca	Tca	8	8	B.1.243	0.000557
N	199	P199S	Cca	Tca	8	8	P.1.7	0.002554
N	199	P199S	Cca	Tca	7	7	AY.14	0.000616
N	199	P199S	Cca	Tca	7	7	AY.98.1	0.000339
N	199	P199S	Cca	Tca	7	7	B.1.1.1	0.002287
N	199	P199S	Cca	Tca	6	6	AY.120.1	0.001926
N	199	P199S	Cca	Tca	6	6	AY.46.6	0.000433
N	199	P199S	Cca	Tca	6	6	B	0.000767
N	199	P199S	Cca	Tca	6	6	B.1.1.207	0.007092
N	199	P199S	Cca	Tca	6	6	B.1.110.1	0.6
N	199	P199S	Cca	Tca	6	6	B.40	0.002186
N	199	P199S	Cca	Tca	6	6	L.3	0.021277
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	AP.1	0.007508
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	AY.33	0.000334
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	AY.46	0.00052
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	AY.7	0.00098
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	AY.9.2	0.000184
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	B.1.149	0.017123
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	B.1.315	0.030303
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	B.1.351	0.000149
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	B.1.366	0.02439
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	B.1.582	0.002453
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	P.1.14	0.000239
N	199	P199S	Cca	Tca	5	5	Q.8	0.000825
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	AK.1	0.050633
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	AY.116	0.001147
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	AY.12	0.001264
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	AY.30	0.001583
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	AY.72	0.005442
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	AY.86	0.00332
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	B.1.1.294	0.005063
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	B.1.1.317	0.001647
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	B.1.160.32	0.017167
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	B.1.221	0.000284
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	B.1.36.1	0.004561
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	B.1.565	0.003241
N	199	P199S	Cca	Tca	4	4	C.35	0.003096
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	AY.118	0.000188
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	AY.27	0.000194
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	AY.3.1	0.000256
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	AY.34.1	0.00153
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	AY.36	0.000445
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	AY.4.5	0.000322
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	AY.46.1	0.00308
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	AY.46.5	0.000595
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	AY.5.3	0.001012
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	AY.98	0.000237
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.389	0.018182
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	B.1.1.406	0.019481
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	B.1.320	0.003736
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	B.1.36.35	0.007812
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	B.1.396	0.002117
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	B.1.526	0.000071
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	B.1.538	0.024194
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	B.1.620	0.002838
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	D.2	0.000225
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	P.1.1	0.000953
N	199	P199S	Cca	Tca	3	3	P.2	0.00056
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	A.1	0.000564
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	AY.106	0.00067
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	AY.121	0.000271
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	AY.39.1	0.000079
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	AY.42	0.00008
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	AY.62	0.000871
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	AY.66	0.002139
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	AY.75	0.000112
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	AY.9	0.000135
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	AY.99.2	0.000184
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.170	0.002494
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.244	0.030769
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.331	0.023256
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.37	0.000386
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.1.464	0.002946
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.31	0.022989
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.42	0.001789
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.177.73	0.001133
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.2	0.000018
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.400	0.000858
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.533	0.019231
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.561	0.000794
N	199	P199S	Cca	Tca	2	2	B.1.627	0.00404
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	A.21	0.00277
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	A.6	0.005128
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AA.1	0.007246
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AS.1	0.009524
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.109	0.00074
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.113	0.000142
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.114	0.000231
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.116.1	0.000311
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.13	0.000161
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.16	0.00038
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.2	0.000356
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.23.1	0.000417
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.24	0.000431
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.29.1	0.000221
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.32	0.000532
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.4.4	0.000409
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.40	0.000964
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.46.2	0.000635
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.5	0.000021
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.51	0.000909
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.53	0.000288
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.58	0.000907
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.6	0.000041
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.61	0.000105
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.71	0.000475
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.79	0.001211
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.9.1	0.000084
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AY.95	0.000761
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	AZ.5	0.003509
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.101	0.01
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.132	0.014925
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.174	0.003378
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.176	0.000439
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.186	0.003436
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.265	0.003155
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.273	0.006757
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.274	0.005051
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.291	0.000742
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.302	0.002075
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.303	0.002762
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.316	0.000925
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.329	0.003846
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.33	0.000421
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.343	0.020833
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.372	0.000689
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.420	0.001006
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.433	0.001425
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.448	0.002033
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.47	0.005348
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.50	0.000679
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.52	0.012195
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.528	0.004808
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.70	0.000341
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.1.89	0.006061
N	199	P199S	Cca	Tca	1	1	B.1.104	0.00369
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.