CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 194

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	194	S194L		nonsyn	tCa	tTa	98200	98184	0.999837	28853-28855
N	194	S194L		nonsyn	TCa	CTa	98200	14	0.000142566	28853-28855
N	194	S194L		nonsyn	tCA	tTG	98200	2	0.0000203666	28853-28855
N	194	S194S		syn	tcA	tcG	1259	653	0.518666	28853-28855
N	194	S194S		syn	tcA	tcC	1259	327	0.25973	28853-28855
N	194	S194S		syn	tcA	tcT	1259	279	0.221604	28853-28855
N	194	S194A		nonsyn	Tca	Gca	853	853	1	28853-28855
N	194	S194P		nonsyn	Tca	Cca	278	277	0.996403	28853-28855
N	194	S194P		nonsyn	TcA	CcG	278	1	0.00359712	28853-28855
N	194	S194del		del	TCA	---	107	107	1	28853-28855
N	194	S194T		nonsyn	Tca	Aca	25	25	1	28853-28855
N	194	S194X		nonsyn	tCa	tAa	24	21	0.875	28853-28855
N	194	S194X		nonsyn	tCa	tGa	24	2	0.0833333	28853-28855
N	194	S194X		nonsyn	tCA	tAG	24	1	0.0416667	28853-28855
N	194	S194del1		del	tCa	t-a	14	13	0.928571	28853-28855
N	194	S194del1		del	tcA	tc-	14	1	0.0714286	28853-28855
N	194	S194F		nonsyn	tCA	tTT	3	3	1	28853-28855
N	194	S194V		nonsyn	TCa	GTa	3	3	1	28853-28855
N	194	S194del2		del	TCa	--a	2	1	0.5	28853-28855
N	194	S194del2		del	tCA	t--	2	1	0.5	28853-28855
N	194	S194I		nonsyn	TCa	ATa	1	1	1	28853-28855
N	194	S194K		nonsyn	TCa	AAa	1	1	1	28853-28855

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	194	S194L	tCa	tTa	98184	98200	All	0.018779
N	194	S194L	TCa	CTa	14	98200	All	0.000003
N	194	S194L	tCA	tTG	2	98200	All	0
N	194	S194L	tCa	tTa	14289	14289	B.1.243	0.994294
N	194	S194L	tCa	tTa	12569	12569	B.1	0.115126
N	194	S194L	tCa	tTa	7491	7491	B.1.234	0.988389
N	194	S194L	tCa	tTa	6764	6764	B.1.36	0.986869
N	194	S194L	tCa	tTa	4531	4531	B.1.240	0.976719
N	194	S194L	tCa	tTa	2794	2794	B.1.628	0.984496
N	194	S194L	tCa	tTa	2465	2465	B.1.561	0.978563
N	194	S194L	tCa	tTa	2375	2375	B.1.36.18	0.997899
N	194	S194L	tCa	tTa	2255	2255	B.1.400	0.967396
N	194	S194L	tCa	tTa	2244	2244	B.1.1.7	0.002009
N	194	S194L	tCa	tTa	2008	2008	B.1.36.17	0.992095
N	194	S194L	tCa	tTa	1857	1857	B.1.232	0.997851
N	194	S194L	tCa	tTa	1837	1837	B.1.36.29	0.950336
N	194	S194L	tCa	tTa	1661	1661	B.1.36.36	1
N	194	S194L	tCa	tTa	1385	1385	B.1.396	0.977417
N	194	S194L	tCa	tTa	1310	1310	B.1.36.27	1
N	194	S194L	tCa	tTa	1269	1269	B.1.409	0.991406
N	194	S194S	tcA	tcG	653	1259	All	0.000125
N	194	S194S	tcA	tcC	327	1259	All	0.000063
N	194	S194S	tcA	tcT	279	1259	All	0.000053
N	194	S194L	tCa	tTa	1222	1222	B.1.241	0.991883
N	194	S194L	tCa	tTa	1034	1034	B.1.1.298	0.891379
N	194	S194L	tCa	tTa	1003	1003	B.1.258.14	0.983333
N	194	S194L	tCa	tTa	985	986	B.1.36.8	0.985
N	194	S194L	tCA	tTG	1	986	B.1.36.8	0.001
N	194	S194L	tCa	tTa	898	898	B.1.389	0.8998
N	194	S194L	tCa	tTa	857	857	B.1.36.1	0.977195
N	194	S194A	Tca	Gca	853	853	All	0.000163
N	194	S194L	tCa	tTa	814	815	B.1.36.22	0.983092
N	194	S194L	TCa	CTa	1	815	B.1.36.22	0.001208
N	194	S194L	tCa	tTa	783	784	B.1.239	0.956044
N	194	S194L	TCa	CTa	1	784	B.1.239	0.001221
N	194	S194A	Tca	Gca	778	778	B.1.126	0.992347
N	194	S194L	tCa	tTa	753	753	B.1.551	0.971613
N	194	S194L	tCa	tTa	749	749	B.1.404	0.97526
N	194	S194L	tCa	tTa	713	713	AY.4	0.00111
N	194	S194L	tCa	tTa	667	667	B.1.36.16	0.950142
N	194	S194L	tCa	tTa	649	649	B.1.524	0.912799
N	194	S194L	tCa	tTa	605	605	B.1.362	0.932203
N	194	S194L	tCa	tTa	603	603	B.1.36.38	0.990148
N	194	S194L	tCa	tTa	570	570	B.1.36.31	0.998249
N	194	S194L	tCa	tTa	531	531	B.1.2	0.004676
N	194	S194L	tCa	tTa	501	501	B.1.399	0.969052
N	194	S194L	tCa	tTa	476	476	B.1.236	0.977413
N	194	S194L	tCa	tTa	463	463	B.1.36.21	1
N	194	S194L	tCa	tTa	449	449	B.1.36.25	0.99117
N	194	S194L	tCa	tTa	397	397	B.1.480	0.987562
N	194	S194L	tCa	tTa	392	392	B.1.36.39	0.86918
N	194	S194L	tCa	tTa	390	390	B.1.235	0.982368
N	194	S194L	tCa	tTa	382	382	B.1.36.35	0.994792
N	194	S194L	tCa	tTa	360	360	B.1.36.37	1
N	194	S194L	tCa	tTa	350	350	B.1.36.26	1
N	194	S194S	tcA	tcG	319	324	P.1	0.005026
N	194	S194S	tcA	tcT	5	324	P.1	0.000079
N	194	S194L	tCa	tTa	312	312	AY.103	0.001937
N	194	S194L	tCa	tTa	310	310	B.1.398	0.922619
N	194	S194L	tCa	tTa	296	308	B.1.36.9	0.951768
N	194	S194L	TCa	CTa	12	308	B.1.36.9	0.038585
N	194	S194S	tcA	tcC	277	306	B.1.177	0.003647
N	194	S194S	tcA	tcT	27	306	B.1.177	0.000356
N	194	S194S	tcA	tcG	2	306	B.1.177	0.000026
N	194	S194L	tCa	tTa	306	306	B.1.456	1
N	194	S194L	tCa	tTa	299	299	B.1.403	0.977124
N	194	S194L	tCa	tTa	290	290	AY.3	0.002884
N	194	S194P	Tca	Cca	277	278	All	0.000053
N	194	S194P	TcA	CcG	1	278	All	0
N	194	S194L	tCa	tTa	276	276	B.1.610	0.978723
N	194	S194L	tCa	tTa	265	265	B.1.408	0.97786
N	194	S194L	tCa	tTa	261	261	B.45	1
N	194	S194L	tCa	tTa	245	245	B.1.36.7	0.98
N	194	S194L	tCa	tTa	219	219	AY.29	0.003454
N	194	S194L	tCa	tTa	217	217	B.1.558	0.990868
N	194	S194L	tCa	tTa	212	212	B.1.362.2	1
N	194	S194L	tCa	tTa	210	210	B.1.617.2	0.000791
N	194	S194L	tCa	tTa	208	208	B.1.36.10	0.995215
N	194	S194S	tcA	tcT	109	199	B.1.1.7	0.000098
N	194	S194S	tcA	tcG	90	199	B.1.1.7	0.000081
N	194	S194L	tCa	tTa	199	199	B.1.397	0.966019
N	194	S194L	tCa	tTa	198	198	B.1.88.1	0.951923
N	194	S194L	tCa	tTa	173	173	B.1.36.28	0.994253
N	194	S194L	tCa	tTa	168	168	B.1.237	0.835821
N	194	S194L	tCa	tTa	161	161	B.1.36.24	0.993827
N	194	S194L	tCa	tTa	160	160	B.1.221	0.011365
N	194	S194L	tCa	tTa	160	160	B.1.596	0.013942
N	194	S194L	tCa	tTa	157	157	AY.44	0.000956
N	194	S194L	tCa	tTa	153	153	B.1.406	0.927273
N	194	S194L	tCa	tTa	149	149	B.1.602	0.973856
N	194	S194L	tCa	tTa	133	133	B.1.111	0.156287
N	194	S194L	tCa	tTa	131	131	B.1.36.33	0.992424
N	194	S194L	tCa	tTa	131	131	B.1.556	0.984962
N	194	S194L	tCa	tTa	130	130	B.1.421	0.970149
N	194	S194L	tCa	tTa	122	122	B.1.1	0.002213
N	194	S194L	tCa	tTa	122	122	B.1.401	1
N	194	S194L	tCa	tTa	121	121	B.1.260	0.404682
N	194	S194L	tCa	tTa	117	117	B.1.606	0.704819
N	194	S194L	tCa	tTa	112	112	B.1.381	0.875
N	194	S194L	tCa	tTa	112	112	B.1.609	0.053691
N	194	S194del	TCA	---	107	107	All	0.00002
N	194	S194L	tCa	tTa	107	107	B.1.36.19	0.990741
N	194	S194L	tCa	tTa	104	104	B.1.36.12	1
N	194	S194L	tCa	tTa	102	102	B.1.229	0.990291
N	194	S194L	tCa	tTa	101	101	B.1.1.222	0.020604
N	194	S194L	tCa	tTa	101	101	B.1.402	0.990196
N	194	S194L	tCa	tTa	99	99	B.1.554	0.436123
N	194	S194L	tCa	tTa	95	95	B.1.147	0.071807
N	194	S194L	tCa	tTa	93	93	B.1.36.2	1
N	194	S194L	tCa	tTa	93	93	B.1.429	0.002188
N	194	S194L	tCa	tTa	86	86	B.1.116	1
N	194	S194L	tCa	tTa	80	80	B.1.534	1
N	194	S194P	Tca	Cca	79	79	B.1.1.7	0.000071
N	194	S194L	tCa	tTa	79	79	B.1.405	0.975309
N	194	S194L	tCa	tTa	76	76	B.1.441	0.730769
N	194	S194L	tCa	tTa	73	73	B	0.00933
N	194	S194L	tCa	tTa	73	73	B.1.550	1
N	194	S194L	tCa	tTa	69	69	B.1.243.2	1
N	194	S194L	tCa	tTa	68	68	B.1.160	0.002121
N	194	S194L	tCa	tTa	68	68	B.1.233	0.957746
N	194	S194L	tCa	tTa	67	67	B.1.238	1
N	194	S194L	tCa	tTa	64	64	AY.43	0.000284
N	194	S194L	tCa	tTa	63	63	B.1.400.1	0.954545
N	194	S194L	tCa	tTa	62	62	B.1.444	0.984127
N	194	S194L	tCa	tTa	61	61	B.1.36.23	1
N	194	S194L	tCa	tTa	60	60	B.1.188	1
N	194	S194L	tCa	tTa	59	59	B.1.1.334	0.967213
N	194	S194L	tCa	tTa	58	58	B.1.36.20	0.983051
N	194	S194L	tCa	tTa	55	55	B.1.199	0.227273
N	194	S194L	tCa	tTa	49	49	B.1.169	0.731343
N	194	S194L	tCa	tTa	48	48	AY.25	0.000289
N	194	S194L	tCa	tTa	48	48	AY.47	0.001493
N	194	S194L	tCa	tTa	48	48	B.1.242	0.90566
N	194	S194L	tCa	tTa	47	47	B.1.36.34	1
N	194	S194L	tCa	tTa	46	46	B.1.1.466	0.4
N	194	S194L	tCa	tTa	45	45	B.1.1.284	0.004833
N	194	S194L	tCa	tTa	43	43	B.1.189	0.184549
N	194	S194L	tCa	tTa	41	41	B.1.578	0.732143
N	194	S194L	tCa	tTa	40	40	B.1.240.1	1
N	194	S194L	tCa	tTa	40	40	B.1.243.1	0.888889
N	194	S194S	tcA	tcT	22	37	AY.4	0.000034
N	194	S194S	tcA	tcG	15	37	AY.4	0.000023
N	194	S194L	tCa	tTa	37	37	B.1.210	0.078891
N	194	S194L	tCa	tTa	37	37	B.1.462	0.268116
N	194	S194L	tCa	tTa	37	37	B.1.470	0.051966
N	194	S194L	tCa	tTa	37	37	B.1.595	0.009656
N	194	S194L	tCa	tTa	36	36	AY.20	0.001399
N	194	S194S	tcA	tcG	36	36	B.1.1.318	0.010863
N	194	S194L	tCa	tTa	35	35	B.1.1.434	0.012199
N	194	S194S	tcA	tcG	30	34	AY.103	0.000186
N	194	S194S	tcA	tcT	3	34	AY.103	0.000019
N	194	S194S	tcA	tcC	1	34	AY.103	0.000006
N	194	S194L	tCa	tTa	34	34	AY.39	0.00084
N	194	S194L	tCa	tTa	33	33	B.1.113	0.515625
N	194	S194L	tCa	tTa	32	32	B.1.118	0.214765
N	194	S194L	tCa	tTa	32	32	B.1.247	0.477612
N	194	S194L	tCa	tTa	32	32	B.1.420	0.333333
N	194	S194S	tcA	tcC	29	31	AY.26	0.000821
N	194	S194S	tcA	tcG	1	31	AY.26	0.000028
N	194	S194S	tcA	tcT	1	31	AY.26	0.000028
N	194	S194P	Tca	Cca	31	31	AY.4	0.000048
N	194	S194A	Tca	Gca	31	31	B.1	0.000284
N	194	S194L	tCa	tTa	31	31	B.1.177	0.000408
N	194	S194L	tCa	tTa	31	31	B.1.231	1
N	194	S194L	tCa	tTa	31	31	B.1.240.2	0.939394
N	194	S194L	tCa	tTa	30	30	AY.9	0.002028
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

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