CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 18

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	18	G18V		nonsyn	gGt	gTt	36747	36746	0.999973	28325-28327
N	18	G18V		nonsyn	gGT	gTA	36747	1	0.0000272131	28325-28327
N	18	G18C		nonsyn	Ggt	Tgt	2722	2722	1	28325-28327
N	18	G18S		nonsyn	Ggt	Agt	998	997	0.998998	28325-28327
N	18	G18S		nonsyn	GGT	TCA	998	1	0.001002	28325-28327
N	18	G18D		nonsyn	gGt	gAt	51	51	1	28325-28327
N	18	G18A		nonsyn	gGt	gCt	47	47	1	28325-28327
N	18	G18del		del	GGT	---	38	38	1	28325-28327
N	18	G18G		syn	ggT	ggC	35	30	0.857143	28325-28327
N	18	G18G		syn	ggT	ggA	35	3	0.0857143	28325-28327
N	18	G18G		syn	ggT	ggG	35	2	0.0571429	28325-28327
N	18	G18F		nonsyn	GGt	TTt	28	28	1	28325-28327
N	18	G18R		nonsyn	Ggt	Cgt	5	4	0.8	28325-28327
N	18	G18R		nonsyn	GgT	CgC	5	1	0.2	28325-28327
N	18	G18del1		del	ggT	gg-	4	3	0.75	28325-28327
N	18	G18del1		del	Ggt	-gt	4	1	0.25	28325-28327
N	18	G18T		nonsyn	GGt	ACt	1	1	1	28325-28327
N	18	G18N		nonsyn	GGT	AAC	1	1	1	28325-28327
N	18	G18W		nonsyn	GgT	TgG	1	1	1	28325-28327
N	18	G18P		nonsyn	GGT	CCA	1	1	1	28325-28327

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	18	G18V	gGt	gTt	36746	36747	All	0.007028
N	18	G18V	gGT	gTA	1	36747	All	0
N	18	G18V	gGt	gTt	30501	30502	AY.47	0.948739
N	18	G18V	gGT	gTA	1	30502	AY.47	0.000031
N	18	G18C	Ggt	Tgt	2722	2722	All	0.000521
N	18	G18V	gGt	gTt	1292	1292	AY.25	0.007771
N	18	G18V	gGt	gTt	1073	1073	AY.4	0.00167
N	18	G18S	Ggt	Agt	997	998	All	0.000191
N	18	G18S	GGT	TCA	1	998	All	0
N	18	G18C	Ggt	Tgt	768	768	AY.4	0.001195
N	18	G18V	gGt	gTt	595	595	B.1.1.7	0.000533
N	18	G18C	Ggt	Tgt	520	520	B.1.617.2	0.001958
N	18	G18V	gGt	gTt	479	479	B.1.617.2	0.001804
N	18	G18S	Ggt	Agt	321	321	AY.44	0.001954
N	18	G18C	Ggt	Tgt	283	283	B.1.466.2	0.11072
N	18	G18C	Ggt	Tgt	245	245	AY.61	0.025671
N	18	G18S	Ggt	Agt	217	217	B.1.618	0.875
N	18	G18V	gGt	gTt	213	213	AY.42	0.008569
N	18	G18V	gGt	gTt	195	195	B.1.637	0.014249
N	18	G18V	gGt	gTt	144	144	B.1.526	0.003385
N	18	G18V	gGt	gTt	130	130	AY.43	0.000576
N	18	G18V	gGt	gTt	114	114	AY.103	0.000708
N	18	G18C	Ggt	Tgt	104	104	AY.44	0.000633
N	18	G18V	gGt	gTt	102	102	AY.44	0.000621
N	18	G18V	gGt	gTt	94	94	R.1	0.008461
N	18	G18C	Ggt	Tgt	90	90	B.1.1.7	0.000081
N	18	G18V	gGt	gTt	73	73	AY.102	0.001936
N	18	G18V	gGt	gTt	72	72	B.1	0.000659
N	18	G18V	gGt	gTt	68	68	AY.75.1	0.012261
N	18	G18S	Ggt	Agt	64	64	AY.4	0.0001
N	18	G18S	Ggt	Agt	62	62	B.1.1.7	0.000056
N	18	G18V	gGt	gTt	54	54	B.1.258.17	0.005614
N	18	G18V	gGt	gTt	52	52	B.1.2	0.000458
N	18	G18D	gGt	gAt	51	51	All	0.00001
N	18	G18C	Ggt	Tgt	51	51	B.1.103	0.980769
N	18	G18V	gGt	gTt	49	49	AY.75	0.002745
N	18	G18A	gGt	gCt	47	47	All	0.000009
N	18	G18V	gGt	gTt	47	47	B.1.1	0.000853
N	18	G18C	Ggt	Tgt	47	47	B.1.258	0.003128
N	18	G18V	gGt	gTt	46	46	AY.4.2	0.000998
N	18	G18V	gGt	gTt	42	42	AY.3	0.000418
N	18	G18V	gGt	gTt	42	42	B	0.005368
N	18	G18C	Ggt	Tgt	41	41	P.1.17.1	0.035871
N	18	G18V	gGt	gTt	40	40	AY.100	0.00184
N	18	G18del	GGT	---	38	38	All	0.000007
N	18	G18S	Ggt	Agt	38	38	B.1.617.2	0.000143
N	18	G18V	gGt	gTt	37	37	AY.39	0.000914
N	18	G18V	gGt	gTt	37	37	AY.61	0.003877
N	18	G18V	gGt	gTt	36	36	AY.65	0.01919
N	18	G18G	ggT	ggC	30	35	All	0.000006
N	18	G18G	ggT	ggA	3	35	All	0.000001
N	18	G18G	ggT	ggG	2	35	All	0
N	18	G18V	gGt	gTt	35	35	D.2	0.002626
N	18	G18C	Ggt	Tgt	34	34	B.1.2	0.000299
N	18	G18V	gGt	gTt	33	33	AY.46.6	0.002383
N	18	G18V	gGt	gTt	32	32	AY.111	0.005861
N	18	G18S	Ggt	Agt	32	32	AY.25	0.000192
N	18	G18C	Ggt	Tgt	31	31	AY.103	0.000192
N	18	G18V	gGt	gTt	31	31	AY.26	0.000878
N	18	G18V	gGt	gTt	31	31	AY.46	0.003226
N	18	G18V	gGt	gTt	31	31	AY.62	0.013508
N	18	G18V	gGt	gTt	31	31	B.1.1.62	0.837838
N	18	G18V	gGt	gTt	30	30	B.1.177	0.000395
N	18	G18F	GGt	TTt	28	28	All	0.000005
N	18	G18S	Ggt	Agt	28	28	B.1	0.000256
N	18	G18C	Ggt	Tgt	27	27	AY.43	0.00012
N	18	G18V	gGt	gTt	27	27	B.1.258	0.001797
N	18	G18V	gGt	gTt	26	26	B.1.160	0.000811
N	18	G18C	Ggt	Tgt	25	25	AY.75	0.001401
N	18	G18S	Ggt	Agt	24	24	B.1.234	0.003167
N	18	G18V	gGt	gTt	23	23	AY.33	0.001536
N	18	G18C	Ggt	Tgt	23	23	B.1.429	0.000541
N	18	G18V	gGt	gTt	23	23	C.37	0.002669
N	18	G18C	Ggt	Tgt	22	22	B.1	0.000202
N	18	G18V	gGt	gTt	21	21	B.1.617.1	0.002708
N	18	G18S	Ggt	Agt	20	20	AY.60	0.018762
N	18	G18C	Ggt	Tgt	19	19	AY.25	0.000114
N	18	G18V	gGt	gTt	19	19	AY.5	0.000392
N	18	G18V	gGt	gTt	19	19	P.1	0.000299
N	18	G18V	gGt	gTt	18	18	B.1.429	0.000424
N	18	G18V	gGt	gTt	18	18	P.1.14	0.00086
N	18	G18V	gGt	gTt	17	17	A.7	0.944444
N	18	G18V	gGt	gTt	17	17	AY.118	0.001065
N	18	G18V	gGt	gTt	16	16	AY.120	0.000595
N	18	G18C	Ggt	Tgt	16	16	AY.14	0.001408
N	18	G18F	GGt	TTt	16	16	B.1.177.57	0.004496
N	18	G18V	gGt	gTt	15	15	AY.119	0.00053
N	18	G18C	Ggt	Tgt	15	15	AY.75.1	0.002705
N	18	G18S	Ggt	Agt	15	15	B.1.1.291	0.011136
N	18	G18S	Ggt	Agt	15	15	B.1.177	0.000198
N	18	G18S	Ggt	Agt	15	15	B.1.582	0.00736
N	18	G18V	gGt	gTt	15	15	B.1.628	0.005285
N	18	G18S	Ggt	Agt	14	14	AY.111	0.002564
N	18	G18C	Ggt	Tgt	14	14	AY.3	0.000139
N	18	G18V	gGt	gTt	14	14	AY.9.2	0.000514
N	18	G18C	Ggt	Tgt	14	14	C.37	0.001625
N	18	G18V	gGt	gTt	13	13	AY.13	0.002093
N	18	G18V	gGt	gTt	13	13	AY.54	0.00124
N	18	G18C	Ggt	Tgt	13	13	AY.98	0.001027
N	18	G18V	gGt	gTt	13	13	B.1.469	0.046931
N	18	G18V	gGt	gTt	12	12	AY.53	0.00345
N	18	G18C	Ggt	Tgt	12	12	B.1.1.37	0.002314
N	18	G18C	Ggt	Tgt	11	11	AY.10	0.005829
N	18	G18C	Ggt	Tgt	11	11	AY.26	0.000311
N	18	G18V	gGt	gTt	11	11	AY.39.1	0.000436
N	18	G18V	gGt	gTt	11	11	AY.4.2.1	0.001639
N	18	G18V	gGt	gTt	11	11	AY.45	0.001339
N	18	G18C	Ggt	Tgt	11	11	AY.78	0.016949
N	18	G18V	gGt	gTt	11	11	Q.3	0.001595
N	18	G18V	gGt	gTt	10	10	A.23.1	0.007042
N	18	G18V	gGt	gTt	10	10	AY.114	0.002311
N	18	G18V	gGt	gTt	10	10	AY.117	0.000845
N	18	G18C	Ggt	Tgt	10	10	AY.20	0.000389
N	18	G18C	Ggt	Tgt	10	10	AY.39	0.000247
N	18	G18C	Ggt	Tgt	10	10	AY.4.2	0.000217
N	18	G18V	gGt	gTt	10	10	AY.98.1	0.000484
N	18	G18V	gGt	gTt	10	10	B.1.438.1	0.001073
N	18	G18V	gGt	gTt	9	9	AY.20	0.00035
N	18	G18D	gGt	gAt	9	9	AY.4	0.000014
N	18	G18C	Ggt	Tgt	9	9	AY.42	0.000362
N	18	G18V	gGt	gTt	9	9	AY.9	0.000608
N	18	G18del	GGT	---	9	9	AY.99.2	0.000829
N	18	G18A	gGt	gCt	9	9	B.1.525	0.001018
N	18	G18C	Ggt	Tgt	9	9	P.1	0.000142
N	18	G18V	gGt	gTt	8	8	AY.23	0.000558
N	18	G18C	Ggt	Tgt	8	8	AY.71	0.0038
N	18	G18V	gGt	gTt	8	8	AZ.3	0.012158
N	18	G18C	Ggt	Tgt	8	8	B.1.1	0.000145
N	18	G18C	Ggt	Tgt	8	8	B.1.1.416	0.00724
N	18	G18A	gGt	gCt	8	8	B.1.1.7	0.000007
N	18	G18V	gGt	gTt	8	8	B.1.177.56	0.00534
N	18	G18V	gGt	gTt	8	8	B.1.351	0.000238
N	18	G18V	gGt	gTt	8	8	B.1.621	0.000708
N	18	G18V	gGt	gTt	7	7	AY.109	0.005178
N	18	G18V	gGt	gTt	7	7	AY.120.2	0.008997
N	18	G18C	Ggt	Tgt	7	7	AY.13	0.001127
N	18	G18C	Ggt	Tgt	7	7	AY.29	0.00011
N	18	G18V	gGt	gTt	7	7	AY.41	0.002058
N	18	G18V	gGt	gTt	7	7	AY.7.2	0.003915
N	18	G18V	gGt	gTt	7	7	AY.74	0.00081
N	18	G18V	gGt	gTt	7	7	B.1.1.519	0.000278
N	18	G18D	gGt	gAt	7	7	B.1.1.7	0.000006
N	18	G18C	Ggt	Tgt	7	7	B.1.177	0.000092
N	18	G18V	gGt	gTt	7	7	B.1.177.44	0.003633
N	18	G18V	gGt	gTt	7	7	B.1.214	0.025641
N	18	G18V	gGt	gTt	7	7	B.1.503	0.017413
N	18	G18S	Ggt	Agt	7	7	B.1.526	0.000165
N	18	G18V	gGt	gTt	6	6	AY.29	0.000095
N	18	G18del	GGT	---	6	6	AY.43	0.000027
N	18	G18V	gGt	gTt	6	6	AY.5.3	0.002024
N	18	G18S	Ggt	Agt	6	6	B.1.1.486	0.009464
N	18	G18V	gGt	gTt	6	6	B.1.110.3	0.00431
N	18	G18S	Ggt	Agt	6	6	B.1.2	0.000053
N	18	G18R	Ggt	Cgt	4	5	All	0.000001
N	18	G18R	GgT	CgC	1	5	All	0
N	18	G18C	Ggt	Tgt	5	5	AY.100	0.00023
N	18	G18V	gGt	gTt	5	5	AY.110	0.000563
N	18	G18C	Ggt	Tgt	5	5	AY.2	0.001781
N	18	G18S	Ggt	Agt	5	5	AY.3	0.00005
N	18	G18V	gGt	gTt	5	5	AY.38	0.002496
N	18	G18C	Ggt	Tgt	5	5	AY.6	0.000206
N	18	G18V	gGt	gTt	5	5	AY.68	0.001369
N	18	G18V	gGt	gTt	5	5	AY.70	0.001043
N	18	G18S	Ggt	Agt	5	5	AY.92	0.001436
N	18	G18V	gGt	gTt	5	5	AY.99.2	0.000461
N	18	G18del	GGT	---	5	5	B.1.1.7	0.000004
N	18	G18C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.221	0.000355
N	18	G18V	gGt	gTt	5	5	B.1.427	0.000252
N	18	G18C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.438.1	0.000536
N	18	G18V	gGt	gTt	5	5	B.1.525	0.000566
N	18	G18C	Ggt	Tgt	5	5	B.1.526	0.000118
N	18	G18V	gGt	gTt	5	5	B.1.596	0.000436
N	18	G18S	Ggt	Agt	5	5	C.31	0.089286
N	18	G18del1	ggT	gg-	3	4	All	0.000001
N	18	G18del1	Ggt	-gt	1	4	All	0
N	18	G18C	Ggt	Tgt	4	4	AY.102	0.000106
N	18	G18V	gGt	gTt	4	4	AY.113	0.00057
N	18	G18C	Ggt	Tgt	4	4	AY.120	0.000149
N	18	G18V	gGt	gTt	4	4	AY.14	0.000352
N	18	G18V	gGt	gTt	4	4	AY.16.1	0.00188
N	18	G18V	gGt	gTt	4	4	AY.24	0.001724
N	18	G18V	gGt	gTt	4	4	AY.30	0.001583
N	18	G18C	Ggt	Tgt	4	4	AY.38	0.001997
N	18	G18S	Ggt	Agt	4	4	AY.43	0.000018
N	18	G18D	gGt	gAt	4	4	AY.44	0.000024
N	18	G18V	gGt	gTt	4	4	AY.52	0.003257
N	18	G18V	gGt	gTt	4	4	AY.59	0.002119
N	18	G18V	gGt	gTt	4	4	AY.6	0.000165
N	18	G18V	gGt	gTt	4	4	AY.71	0.0019
N	18	G18V	gGt	gTt	4	4	AY.98	0.000316
N	18	G18G	ggT	ggC	3	4	B.1	0.000027
N	18	G18G	ggT	ggG	1	4	B.1	0.000009
N	18	G18S	Ggt	Agt	4	4	B.1.1.117	0.038835
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N	18	G18S	Ggt	Agt	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.