CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 103

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	103	D103Y		nonsyn	Gat	Tat	3644	3643	0.999726	28580-28582
N	103	D103Y		nonsyn	GaT	TaC	3644	1	0.000274424	28580-28582
N	103	D103D		syn	gaT	gaC	566	566	1	28580-28582
N	103	D103N		nonsyn	Gat	Aat	508	505	0.994094	28580-28582
N	103	D103N		nonsyn	GaT	AaC	508	3	0.00590551	28580-28582
N	103	D103G		nonsyn	gAt	gGt	294	294	1	28580-28582
N	103	D103H		nonsyn	Gat	Cat	158	158	1	28580-28582
N	103	D103E		nonsyn	gaT	gaA	75	53	0.706667	28580-28582
N	103	D103E		nonsyn	gaT	gaG	75	22	0.293333	28580-28582
N	103	D103V		nonsyn	gAt	gTt	51	50	0.980392	28580-28582
N	103	D103V		nonsyn	gAT	gTC	51	1	0.0196078	28580-28582
N	103	D103A		nonsyn	gAt	gCt	46	46	1	28580-28582
N	103	D103del		del	GAT	---	14	14	1	28580-28582
N	103	D103K		nonsyn	GaT	AaA	10	7	0.7	28580-28582
N	103	D103K		nonsyn	GaT	AaG	10	3	0.3	28580-28582
N	103	D103S		nonsyn	GAt	TCt	6	4	0.666667	28580-28582
N	103	D103S		nonsyn	GAt	AGt	6	2	0.333333	28580-28582
N	103	D103Q		nonsyn	GaT	CaA	4	2	0.5	28580-28582
N	103	D103Q		nonsyn	GaT	CaG	4	2	0.5	28580-28582
N	103	D103X		nonsyn	GaT	TaA	2	2	1	28580-28582
N	103	D103F		nonsyn	GAt	TTt	1	1	1	28580-28582

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	103	D103Y	Gat	Tat	3643	3644	All	0.000697
N	103	D103Y	GaT	TaC	1	3644	All	0
N	103	D103Y	Gat	Tat	2237	2237	B.1.1.369	0.998215
N	103	D103D	gaT	gaC	566	566	All	0.000108
N	103	D103N	Gat	Aat	505	508	All	0.000097
N	103	D103N	GaT	AaC	3	508	All	0.000001
N	103	D103G	gAt	gGt	294	294	All	0.000056
N	103	D103Y	Gat	Tat	239	239	B.1.160	0.007454
N	103	D103H	Gat	Cat	158	158	All	0.00003
N	103	D103Y	Gat	Tat	141	141	B.1.429	0.003318
N	103	D103D	gaT	gaC	136	136	B.1.1.7	0.000122
N	103	D103G	gAt	gGt	108	108	B.1.177	0.001422
N	103	D103Y	Gat	Tat	101	101	B.1.243	0.007028
N	103	D103N	Gat	Aat	91	91	AY.4	0.000142
N	103	D103Y	Gat	Tat	90	90	AY.103	0.000559
N	103	D103E	gaT	gaA	53	75	All	0.00001
N	103	D103E	gaT	gaG	22	75	All	0.000004
N	103	D103D	gaT	gaC	73	73	B.1.1	0.001324
N	103	D103Y	Gat	Tat	67	67	AY.4	0.000104
N	103	D103Y	Gat	Tat	62	62	B.1.1.366	0.984127
N	103	D103Y	Gat	Tat	59	59	B.1.1.7	0.000053
N	103	D103Y	Gat	Tat	59	59	B.1.617.2	0.000222
N	103	D103V	gAt	gTt	50	51	All	0.00001
N	103	D103V	gAT	gTC	1	51	All	0
N	103	D103N	Gat	Aat	50	50	B.1.2	0.00044
N	103	D103Y	Gat	Tat	49	49	AY.43	0.000217
N	103	D103A	gAt	gCt	46	46	All	0.000009
N	103	D103N	Gat	Aat	43	43	B.1.1.7	0.000038
N	103	D103N	Gat	Aat	39	39	B.1.617.2	0.000147
N	103	D103Y	Gat	Tat	38	38	B.1	0.000348
N	103	D103N	Gat	Aat	33	33	B.1.243	0.002296
N	103	D103D	gaT	gaC	32	32	AY.4	0.00005
N	103	D103G	gAt	gGt	32	32	AY.4	0.00005
N	103	D103G	gAt	gGt	30	30	AY.44	0.000183
N	103	D103D	gaT	gaC	29	29	AY.25	0.000174
N	103	D103D	gaT	gaC	27	27	AY.4.2	0.000586
N	103	D103E	gaT	gaA	27	27	B.1.243	0.001879
N	103	D103D	gaT	gaC	25	25	AY.103	0.000155
N	103	D103Y	Gat	Tat	25	25	B.1.2	0.00022
N	103	D103H	Gat	Cat	24	24	B.1.1	0.000435
N	103	D103Y	Gat	Tat	24	24	P.1	0.000378
N	103	D103Y	Gat	Tat	23	23	AY.44	0.00014
N	103	D103D	gaT	gaC	23	23	B.1.177.81	0.004354
N	103	D103N	Gat	Aat	22	22	B.1.177	0.00029
N	103	D103D	gaT	gaC	21	21	AY.120.1	0.006742
N	103	D103D	gaT	gaC	21	21	B.1.617.2	0.000079
N	103	D103H	Gat	Cat	17	17	B.1.2	0.00015
N	103	D103D	gaT	gaC	16	16	AY.29	0.000252
N	103	D103Y	Gat	Tat	16	16	AY.42	0.000644
N	103	D103H	Gat	Cat	16	16	B.1.1.297	0.035794
N	103	D103H	Gat	Cat	16	16	B.1.1.7	0.000014
N	103	D103V	gAt	gTt	16	16	B.1.2	0.000141
N	103	D103N	Gat	Aat	15	15	AY.105	0.009646
N	103	D103del	GAT	---	14	14	All	0.000003
N	103	D103H	Gat	Cat	14	14	AY.3	0.000139
N	103	D103D	gaT	gaC	14	14	AY.44	0.000085
N	103	D103G	gAt	gGt	14	14	B.1.1.7	0.000013
N	103	D103D	gaT	gaC	14	14	B.1.2	0.000123
N	103	D103N	Gat	Aat	14	14	B.1.429	0.000329
N	103	D103Y	Gat	Tat	13	13	AY.75	0.000728
N	103	D103N	Gat	Aat	13	13	B.1.1.194	0.064356
N	103	D103Y	Gat	Tat	13	13	B.1.234	0.001715
N	103	D103V	gAt	gTt	12	12	AY.3	0.000119
N	103	D103Y	Gat	Tat	12	12	B.1.177	0.000158
N	103	D103Y	Gat	Tat	12	12	B.1.36	0.001751
N	103	D103D	gaT	gaC	11	11	AY.14	0.000968
N	103	D103Y	Gat	Tat	10	11	B.1.1	0.000181
N	103	D103Y	GaT	TaC	1	11	B.1.1	0.000018
N	103	D103K	GaT	AaA	7	10	All	0.000001
N	103	D103K	GaT	AaG	3	10	All	0.000001
N	103	D103G	gAt	gGt	10	10	AY.14	0.00088
N	103	D103Y	Gat	Tat	10	10	B.1.1.519	0.000397
N	103	D103G	gAt	gGt	10	10	B.1.351.3	0.008764
N	103	D103Y	Gat	Tat	10	10	B.1.427	0.000505
N	103	D103Y	Gat	Tat	9	9	AY.16	0.003417
N	103	D103D	gaT	gaC	9	9	AY.20	0.00035
N	103	D103Y	Gat	Tat	9	9	AY.25	0.000054
N	103	D103N	Gat	Aat	9	9	AY.3	0.00009
N	103	D103Y	Gat	Tat	9	9	AY.74	0.001041
N	103	D103N	Gat	Aat	9	9	B.1	0.000082
N	103	D103G	gAt	gGt	9	9	B.1.2	0.000079
N	103	D103Y	Gat	Tat	9	9	B.1.351	0.000268
N	103	D103E	gaT	gaG	9	9	B.1.84	0.1875
N	103	D103Y	Gat	Tat	8	8	AY.119	0.000282
N	103	D103Y	Gat	Tat	8	8	AY.26	0.000226
N	103	D103A	gAt	gCt	8	8	AY.4	0.000012
N	103	D103Y	Gat	Tat	8	8	B.1.1.222	0.001632
N	103	D103Y	Gat	Tat	8	8	B.1.304	0.186047
N	103	D103Y	Gat	Tat	8	8	B.1.544	0.048193
N	103	D103N	Gat	Aat	8	8	B.1.637	0.000585
N	103	D103E	gaT	gaA	5	7		0.277778
N	103	D103K	GaT	AaA	5	7		0.277778
N	103	D103E	gaT	gaG	2	7		0.111111
N	103	D103K	GaT	AaG	2	7		0.111111
N	103	D103D	gaT	gaC	7	7	AY.3	0.00007
N	103	D103G	gAt	gGt	7	7	AY.3	0.00007
N	103	D103N	Gat	Aat	6	7	B.1.1	0.000109
N	103	D103N	GaT	AaC	1	7	B.1.1	0.000018
N	103	D103Y	Gat	Tat	7	7	B.1.596	0.00061
N	103	D103G	gAt	gGt	7	7	B.1.617.2	0.000026
N	103	D103H	Gat	Cat	7	7	B.1.617.2	0.000026
N	103	D103Y	Gat	Tat	7	7	P.1.15	0.001626
N	103	D103S	GAt	TCt	4	6	All	0.000001
N	103	D103S	GAt	AGt	2	6	All	0
N	103	D103N	Gat	Aat	6	6	AY.27	0.000388
N	103	D103Y	Gat	Tat	6	6	AY.3	0.00006
N	103	D103Y	Gat	Tat	6	6	AY.47	0.000187
N	103	D103Y	Gat	Tat	6	6	AY.5	0.000124
N	103	D103Y	Gat	Tat	6	6	AY.61	0.000629
N	103	D103A	gAt	gCt	6	6	B.1	0.000055
N	103	D103Y	Gat	Tat	6	6	B.1.1.1	0.00196
N	103	D103N	Gat	Aat	6	6	B.1.1.222	0.001224
N	103	D103D	gaT	gaC	6	6	B.1.1.284	0.000644
N	103	D103E	gaT	gaA	4	6	B.1.1.7	0.000004
N	103	D103E	gaT	gaG	2	6	B.1.1.7	0.000002
N	103	D103V	gAt	gTt	6	6	B.1.177	0.000079
N	103	D103Y	Gat	Tat	6	6	B.1.526	0.000141
N	103	D103N	Gat	Aat	3	5		0.166667
N	103	D103N	GaT	AaC	2	5		0.111111
N	103	D103D	gaT	gaC	5	5	A.1	0.001409
N	103	D103Y	Gat	Tat	5	5	A.5	0.009615
N	103	D103D	gaT	gaC	5	5	AY.119	0.000177
N	103	D103Y	Gat	Tat	5	5	AY.29	0.000079
N	103	D103N	Gat	Aat	5	5	AY.39	0.000124
N	103	D103H	Gat	Cat	5	5	AY.39.1	0.000198
N	103	D103G	gAt	gGt	5	5	AY.43	0.000022
N	103	D103D	gaT	gaC	5	5	AY.43	0.000022
N	103	D103Y	Gat	Tat	5	5	AY.65	0.002665
N	103	D103Y	Gat	Tat	5	5	AY.98.1	0.000242
N	103	D103N	Gat	Aat	5	5	AZ.2	0.004105
N	103	D103Y	Gat	Tat	5	5	B.1.1.284	0.000537
N	103	D103D	gaT	gaC	5	5	B.1.177	0.000066
N	103	D103N	Gat	Aat	5	5	B.1.499	0.005252
N	103	D103Y	Gat	Tat	5	5	B.1.623	0.002682
N	103	D103H	Gat	Cat	5	5	C.37	0.00058
N	103	D103Q	GaT	CaG	2	4		0.111111
N	103	D103Q	GaT	CaA	2	4		0.111111
N	103	D103Q	GaT	CaG	2	4	All	0
N	103	D103Q	GaT	CaA	2	4	All	0
N	103	D103E	gaT	gaA	4	4	AY.102	0.000106
N	103	D103N	Gat	Aat	4	4	AY.103	0.000025
N	103	D103N	Gat	Aat	4	4	AY.20	0.000155
N	103	D103Y	Gat	Tat	4	4	AY.20	0.000155
N	103	D103G	gAt	gGt	4	4	AY.25	0.000024
N	103	D103A	gAt	gCt	4	4	AY.29	0.000063
N	103	D103D	gaT	gaC	4	4	AY.3.1	0.000341
N	103	D103Y	Gat	Tat	4	4	AY.39.1	0.000158
N	103	D103H	Gat	Cat	4	4	AY.4	0.000006
N	103	D103N	Gat	Aat	4	4	AY.44	0.000024
N	103	D103E	gaT	gaG	2	4	AY.44	0.000012
N	103	D103E	gaT	gaA	2	4	AY.44	0.000012
N	103	D103H	Gat	Cat	4	4	AY.5	0.000083
N	103	D103N	Gat	Aat	4	4	AY.54	0.000381
N	103	D103H	Gat	Cat	4	4	AY.84	0.00175
N	103	D103D	gaT	gaC	4	4	B.1	0.000037
N	103	D103S	GAt	TCt	4	4	B.1	0.000037
N	103	D103Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.216	0.003562
N	103	D103N	Gat	Aat	4	4	B.1.1.25	0.002274
N	103	D103D	gaT	gaC	4	4	B.1.1.519	0.000159
N	103	D103D	gaT	gaC	4	4	B.1.177.86	0.000734
N	103	D103N	Gat	Aat	4	4	B.1.177.86	0.000734
N	103	D103N	Gat	Aat	4	4	B.1.367	0.00317
N	103	D103Y	Gat	Tat	4	4	B.1.398	0.011905
N	103	D103A	gAt	gCt	4	4	B.1.404	0.005208
N	103	D103D	gaT	gaC	4	4	B.1.438.1	0.000429
N	103	D103N	Gat	Aat	4	4	B.1.466.2	0.001565
N	103	D103D	gaT	gaC	4	4	B.1.526	0.000094
N	103	D103G	gAt	gGt	4	4	B.1.561	0.001588
N	103	D103E	gaT	gaA	3	4	B.1.617.2	0.000011
N	103	D103E	gaT	gaG	1	4	B.1.617.2	0.000004
N	103	D103Y	Gat	Tat	4	4	B.1.621	0.000354
N	103	D103Y	Gat	Tat	4	4	D.2	0.0003
N	103	D103D	gaT	gaC	4	4	P.1	0.000063
N	103	D103D	gaT	gaC	4	4	P.1.10	0.001078
N	103	D103Y	Gat	Tat	3	3	AY.100	0.000138
N	103	D103Y	Gat	Tat	3	3	AY.102	0.00008
N	103	D103G	gAt	gGt	3	3	AY.102	0.00008
N	103	D103G	gAt	gGt	3	3	AY.108	0.003308
N	103	D103Y	Gat	Tat	3	3	AY.117	0.000254
N	103	D103D	gaT	gaC	3	3	AY.23	0.000209
N	103	D103N	Gat	Aat	3	3	AY.25	0.000018
N	103	D103D	gaT	gaC	3	3	AY.28	0.005671
N	103	D103E	gaT	gaG	3	3	AY.3	0.00003
N	103	D103D	gaT	gaC	3	3	AY.36	0.000445
N	103	D103Y	Gat	Tat	3	3	AY.4.2	0.000065
N	103	D103H	Gat	Cat	3	3	AY.44	0.000018
N	103	D103N	Gat	Aat	3	3	AY.45	0.000365
N	103	D103G	gAt	gGt	3	3	AY.85	0.001282
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N	103	D103Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.58	0.005376
N	103	D103Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.61	0.008772
N	103	D103A	gAt	gCt	1	1	B.1.1.7	0.000001
N	103	D103G	gAt	gGt	1	1	B.1.105	0.009615
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N	103	D103H	Gat	Cat	1	1	B.1.177.21	0.000076
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.