CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = N : CodonNum = 1

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
N	1	M1V		nonsyn	AtG	GtC	1507	1495	0.992037	28274-28276
N	1	M1V		nonsyn	Atg	Gtg	1507	11	0.00729927	28274-28276
N	1	M1V		nonsyn	AtG	GtA	1507	1	0.00066357	28274-28276
N	1	M1L		nonsyn	Atg	Ttg	593	392	0.661046	28274-28276
N	1	M1L		nonsyn	Atg	Ctg	593	113	0.190556	28274-28276
N	1	M1L		nonsyn	AtG	TtA	593	88	0.148398	28274-28276
N	1	M1W		nonsyn	ATg	TGg	503	503	1	28274-28276
N	1	M1X		nonsyn	ATG	TAA	270	171	0.633333	28274-28276
N	1	M1X		nonsyn	ATg	TAg	270	99	0.366667	28274-28276
N	1	M1K		nonsyn	aTG	aAA	266	159	0.597744	28274-28276
N	1	M1K		nonsyn	aTg	aAg	266	107	0.402256	28274-28276
N	1	M1I		nonsyn	atG	atA	137	112	0.817518	28274-28276
N	1	M1I		nonsyn	atG	atT	137	24	0.175182	28274-28276
N	1	M1I		nonsyn	atG	atC	137	1	0.00729927	28274-28276
N	1	M1C		nonsyn	ATG	TGT	78	78	1	28274-28276
N	1	M1Q		nonsyn	ATG	CAA	56	56	1	28274-28276
N	1	M1R		nonsyn	aTg	aGg	35	32	0.914286	28274-28276
N	1	M1R		nonsyn	aTG	aGA	35	2	0.0571429	28274-28276
N	1	M1R		nonsyn	ATG	CGC	35	1	0.0285714	28274-28276
N	1	M1N		nonsyn	aTG	aAC	19	10	0.526316	28274-28276
N	1	M1N		nonsyn	aTG	aAT	19	9	0.473684	28274-28276
N	1	M1F		nonsyn	AtG	TtT	18	18	1	28274-28276
N	1	M1T		nonsyn	aTG	aCA	18	9	0.5	28274-28276
N	1	M1T		nonsyn	aTG	aCC	18	8	0.444444	28274-28276
N	1	M1T		nonsyn	aTG	aCT	18	1	0.0555556	28274-28276
N	1	M1S		nonsyn	aTG	aGT	16	16	1	28274-28276
N	1	M1del		del	ATG	---	12	12	1	28274-28276
N	1	M1H		nonsyn	ATG	CAC	12	11	0.916667	28274-28276
N	1	M1H		nonsyn	ATG	CAT	12	1	0.0833333	28274-28276
N	1	M1del1		del	Atg	-tg	8	8	1	28274-28276
N	1	M1P		nonsyn	ATG	CCA	3	2	0.666667	28274-28276
N	1	M1P		nonsyn	ATG	CCC	3	1	0.333333	28274-28276
N	1	M1del2		del	ATG	--T	2	2	1	28274-28276
N	1	M1E		nonsyn	ATG	GAA	1	1	1	28274-28276

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
N	1	M1V	AtG	GtC	1495	1507	All	0.000286
N	1	M1V	Atg	Gtg	11	1507	All	0.000002
N	1	M1V	AtG	GtA	1	1507	All	0
N	1	M1V	AtG	GtC	1255	1262	B.1.214.2	0.752398
N	1	M1V	Atg	Gtg	7	1262	B.1.214.2	0.004197
N	1	M1L	Atg	Ttg	392	593	All	0.000075
N	1	M1L	Atg	Ctg	113	593	All	0.000022
N	1	M1L	AtG	TtA	88	593	All	0.000017
N	1	M1W	ATg	TGg	503	503	All	0.000096
N	1	M1W	ATg	TGg	460	460	B.1.1.7	0.000412
N	1	M1X	ATG	TAA	171	270	All	0.000033
N	1	M1X	ATg	TAg	99	270	All	0.000019
N	1	M1K	aTG	aAA	159	266	All	0.00003
N	1	M1K	aTg	aAg	107	266	All	0.00002
N	1	M1L	Atg	Ttg	239	239	B.1.1.7	0.000214
N	1	M1K	aTG	aAA	134	223	P.1	0.002111
N	1	M1K	aTg	aAg	89	223	P.1	0.001402
N	1	M1X	ATG	TAA	118	204	P.1	0.001859
N	1	M1X	ATg	TAg	86	204	P.1	0.001355
N	1	M1L	Atg	Ttg	87	163	P.1	0.001371
N	1	M1L	AtG	TtA	76	163	P.1	0.001197
N	1	M1I	atG	atA	112	137	All	0.000021
N	1	M1I	atG	atT	24	137	All	0.000005
N	1	M1I	atG	atC	1	137	All	0
N	1	M1V	AtG	GtC	105	105	B.1.214.4	0.954545
N	1	M1I	atG	atA	88	88	P.1	0.001386
N	1	M1V	AtG	GtC	80	81	B.1.214.3	0.571429
N	1	M1V	Atg	Gtg	1	81	B.1.214.3	0.007143
N	1	M1C	ATG	TGT	78	78	All	0.000015
N	1	M1C	ATG	TGT	72	72	B.1.1.7	0.000064
N	1	M1Q	ATG	CAA	56	56	All	0.000011
N	1	M1Q	ATG	CAA	39	39	P.1	0.000614
N	1	M1R	aTg	aGg	32	35	All	0.000006
N	1	M1R	aTG	aGA	2	35	All	0
N	1	M1R	ATG	CGC	1	35	All	0
N	1	M1L	Atg	Ctg	30	30	AY.25	0.00018
N	1	M1R	aTg	aGg	27	27	B.1.1.7	0.000024
N	1	M1L	Atg	Ctg	21	21	AY.103	0.00013
N	1	M1V	AtG	GtC	19	20	B.1	0.000174
N	1	M1V	Atg	Gtg	1	20	B.1	0.000009
N	1	M1X	ATG	TAA	19	20	P.1.12	0.009197
N	1	M1X	ATg	TAg	1	20	P.1.12	0.000484
N	1	M1N	aTG	aAC	10	19	All	0.000002
N	1	M1N	aTG	aAT	9	19	All	0.000002
N	1	M1W	ATg	TGg	19	19	Q.4	0.00864
N	1	M1F	AtG	TtT	18	18	All	0.000003
N	1	M1T	aTG	aCA	9	18	All	0.000002
N	1	M1T	aTG	aCC	8	18	All	0.000002
N	1	M1T	aTG	aCT	1	18	All	0
N	1	M1X	ATG	TAA	17	17	P.1.17	0.00275
N	1	M1S	aTG	aGT	16	16	All	0.000003
N	1	M1L	Atg	Ctg	16	16	AY.44	0.000097
N	1	M1L	Atg	Ttg	16	16	AY.99.2	0.001475
N	1	M1I	atG	atT	15	15	B.1.1.7	0.000013
N	1	M1W	ATg	TGg	14	14	B.1.1	0.000254
N	1	M1V	AtG	GtC	14	14	B.1.210	0.029851
N	1	M1F	AtG	TtT	13	13	B.1.1.7	0.000012
N	1	M1S	aTG	aGT	13	13	B.1.1.7	0.000012
N	1	M1T	aTG	aCA	7	13	P.1	0.00011
N	1	M1T	aTG	aCC	5	13	P.1	0.000079
N	1	M1T	aTG	aCT	1	13	P.1	0.000016
N	1	M1del	ATG	---	12	12	All	0.000002
N	1	M1H	ATG	CAC	11	12	All	0.000002
N	1	M1H	ATG	CAT	1	12	All	0
N	1	M1V	AtG	GtC	11	12	B.1.1.7	0.00001
N	1	M1V	Atg	Gtg	1	12	B.1.1.7	0.000001
N	1	M1X	ATg	TAg	6	12	P.1.4	0.005859
N	1	M1L	AtG	TtA	6	12	P.1.4	0.005859
N	1	M1K	aTg	aAg	6	12	P.1.4	0.005859
N	1	M1K	aTG	aAA	6	12	P.1.4	0.005859
N	1	M1X	ATG	TAA	6	12	P.1.4	0.005859
N	1	M1L	Atg	Ttg	6	12	P.1.4	0.005859
N	1	M1L	Atg	Ctg	9	9	AY.3	0.00009
N	1	M1N	aTG	aAT	6	9	P.1	0.000095
N	1	M1N	aTG	aAC	3	9	P.1	0.000047
N	1	M1K	aTG	aAA	8	9	P.1.12	0.003872
N	1	M1K	aTg	aAg	1	9	P.1.12	0.000484
N	1	M1del1	Atg	-tg	8	8	All	0.000002
N	1	M1del1	Atg	-tg	8	8	B.1.1.7	0.000007
N	1	M1L	Atg	Ctg	7	7	AY.47	0.000218
N	1	M1L	Atg	Ttg	7	7	B.1.1.515	0.14
N	1	M1Q	ATG	CAA	7	7	P.1.17	0.001132
N	1	M1L	Atg	Ctg	6	6	AY.119	0.000212
N	1	M1V	AtG	GtC	6	6	B.1.214	0.021978
N	1	M1H	ATG	CAC	6	6	P.1	0.000095
N	1	M1Q	ATG	CAA	6	6	P.1.12	0.002904
N	1	M1K	aTg	aAg	3	6	P.1.2	0.003468
N	1	M1X	ATg	TAg	3	6	P.1.2	0.003468
N	1	M1L	Atg	Ttg	3	6	P.1.2	0.003468
N	1	M1X	ATG	TAA	3	6	P.1.2	0.003468
N	1	M1K	aTG	aAA	3	6	P.1.2	0.003468
N	1	M1L	AtG	TtA	3	6	P.1.2	0.003468
N	1	M1I	atG	atA	6	6	P.1.4	0.005859
N	1	M1L	Atg	Ttg	5	5	B.1.1	0.000091
N	1	M1X	ATG	TAA	4	5	P.1.10	0.001078
N	1	M1X	ATg	TAg	1	5	P.1.10	0.000269
N	1	M1N	aTG	aAC	4	5	P.1.12	0.001936
N	1	M1H	ATG	CAC	4	5	P.1.12	0.001936
N	1	M1H	ATG	CAT	1	5	P.1.12	0.000484
N	1	M1N	aTG	aAT	1	5	P.1.12	0.000484
N	1	M1K	aTG	aAA	3	5	P.1.15	0.000697
N	1	M1K	aTg	aAg	2	5	P.1.15	0.000465
N	1	M1L	Atg	Ctg	4	4	AY.100	0.000184
N	1	M1L	Atg	Ttg	4	4	B.1	0.000037
N	1	M1del	ATG	---	4	4	B.1.1.7	0.000004
N	1	M1I	atG	atA	4	4	P.1.15	0.000929
N	1	M1X	ATG	TAA	2	4	P.1.15	0.000465
N	1	M1L	Atg	Ttg	2	4	P.1.15	0.000465
N	1	M1L	AtG	TtA	2	4	P.1.15	0.000465
N	1	M1X	ATg	TAg	2	4	P.1.15	0.000465
N	1	M1T	aTG	aCC	2	4	P.1.17	0.000324
N	1	M1T	aTG	aCA	2	4	P.1.17	0.000324
N	1	M1P	ATG	CCA	2	3	All	0
N	1	M1P	ATG	CCC	1	3	All	0
N	1	M1L	Atg	Ctg	3	3	AY.39	0.000074
N	1	M1L	Atg	Ttg	2	3	B.1.617.1	0.000258
N	1	M1L	Atg	Ctg	1	3	B.1.617.1	0.000129
N	1	M1L	Atg	Ttg	3	3	B.1.617.2	0.000011
N	1	M1L	Atg	Ttg	3	3	B.1.617.3	0.008955
N	1	M1R	aTG	aGA	2	3	P.1	0.000032
N	1	M1R	ATG	CGC	1	3	P.1	0.000016
N	1	M1Q	ATG	CAA	3	3	P.1.10	0.000808
N	1	M1K	aTG	aAA	3	3	P.1.17	0.000485
N	1	M1I	atG	atA	3	3	P.1.2	0.003468
N	1	M1I	atG	atT	2	2		0.111111
N	1	M1K	aTg	aAg	2	2		0.111111
N	1	M1N	aTG	aAT	2	2		0.111111
N	1	M1del2	ATG	--T	2	2	All	0
N	1	M1L	Atg	Ctg	2	2	AY.113	0.000285
N	1	M1L	Atg	Ctg	2	2	AY.3.1	0.000171
N	1	M1L	Atg	Ctg	1	2	AY.43	0.000004
N	1	M1L	Atg	Ttg	1	2	AY.43	0.000004
N	1	M1L	Atg	Ctg	2	2	AY.75	0.000112
N	1	M1L	Atg	Ttg	2	2	AY.99.1	0.003106
N	1	M1C	ATG	TGT	2	2	B.1.1	0.000036
N	1	M1V	AtG	GtC	2	2	B.1.214.1	0.04
N	1	M1L	Atg	Ttg	2	2	B.1.526	0.000047
N	1	M1W	ATg	TGg	2	2	B.1.526	0.000047
N	1	M1R	aTg	aGg	2	2	B.1.526	0.000047
N	1	M1del	ATG	---	2	2	B.1.617.2	0.000008
N	1	M1P	ATG	CCA	2	2	P.1	0.000032
N	1	M1I	atG	atA	2	2	P.1.12	0.000968
N	1	M1L	AtG	TtA	1	2	P.1.12	0.000484
N	1	M1L	Atg	Ttg	1	2	P.1.12	0.000484
N	1	M1I	atG	atA	2	2	P.1.13	0.001797
N	1	M1K	aTG	aAA	2	2	P.1.14	0.000096
N	1	M1W	ATg	TGg	2	2	Q.1	0.000253
N	1	M1V	AtG	GtC	1	1	AE.8	0.000489
N	1	M1E	ATG	GAA	1	1	All	0
N	1	M1L	Atg	Ttg	1	1	AY.101	0.00049
N	1	M1L	Atg	Ctg	1	1	AY.105	0.000643
N	1	M1L	Atg	Ctg	1	1	AY.117	0.000085
N	1	M1del2	ATG	--T	1	1	AY.16	0.00038
N	1	M1L	Atg	Ctg	1	1	AY.20	0.000039
N	1	M1L	Atg	Ctg	1	1	AY.23	0.00007
N	1	M1I	atG	atA	1	1	AY.25	0.000006
N	1	M1L	Atg	Ctg	1	1	AY.26	0.000028
N	1	M1C	ATG	TGT	1	1	AY.32	0.000532
N	1	M1V	Atg	Gtg	1	1	AY.41	0.000294
N	1	M1del	ATG	---	1	1	AY.44	0.000006
N	1	M1L	Atg	Ctg	1	1	AY.46	0.000104
N	1	M1del	ATG	---	1	1	AY.5	0.000021
N	1	M1C	ATG	TGT	1	1	AY.6	0.000041
N	1	M1L	Atg	Ctg	1	1	AY.84	0.000437
N	1	M1W	ATg	TGg	1	1	AY.9	0.000068
N	1	M1L	Atg	Ctg	1	1	AY.92	0.000287
N	1	M1W	ATg	TGg	1	1	B	0.000128
N	1	M1I	atG	atA	1	1	B.1	0.000009
N	1	M1W	ATg	TGg	1	1	B.1	0.000009
N	1	M1del	ATG	---	1	1	B.1	0.000009
N	1	M1R	aTg	aGg	1	1	B.1.1	0.000018
N	1	M1del	ATG	---	1	1	B.1.1	0.000018
N	1	M1F	AtG	TtT	1	1	B.1.1	0.000018
N	1	M1S	aTG	aGT	1	1	B.1.1	0.000018
N	1	M1I	atG	atT	1	1	B.1.1	0.000018
N	1	M1I	atG	atA	1	1	B.1.1.1	0.000327
N	1	M1I	atG	atA	1	1	B.1.1.28	0.000311
N	1	M1K	aTg	aAg	1	1	B.1.1.348	0.000796
N	1	M1V	AtG	GtC	1	1	B.1.1.528	0.004808
N	1	M1L	Atg	Ttg	1	1	B.1.160	0.000031
N	1	M1F	AtG	TtT	1	1	B.1.177.63	0.002703
N	1	M1L	Atg	Ttg	1	1	B.1.177.73	0.000566
N	1	M1I	atG	atT	1	1	B.1.2	0.000009
N	1	M1I	atG	atC	1	1	B.1.214.3	0.007143
N	1	M1del2	ATG	--T	1	1	B.1.247	0.014925
N	1	M1K	aTg	aAg	1	1	B.1.260	0.003344
N	1	M1L	Atg	Ttg	1	1	B.1.351	0.00003
N	1	M1L	Atg	Ttg	1	1	B.1.417	0.028571
N	1	M1I	atG	atT	1	1	B.1.429	0.000024
N	1	M1V	AtG	GtC	1	1	B.1.459	0.004082
N	1	M1del	ATG	---	1	1	B.1.525	0.000113
N	1	M1I	atG	atT	1	1	B.1.526	0.000024
N	1	M1F	AtG	TtT	1	1	B.1.526	0.000024
N	1	M1S	aTG	aGT	1	1	B.1.526	0.000024
N	1	M1C	ATG	TGT	1	1	B.1.526	0.000024
N	1	M1S	aTG	aGT	1	1	B.1.575	0.000303
N	1	M1R	aTg	aGg	1	1	B.1.575	0.000303
N	1	M1W	ATg	TGg	1	1	B.1.575	0.000303
N	1	M1C	ATG	TGT	1	1	B.1.575	0.000303
N	1	M1L	Atg	Ttg	1	1	B.1.575	0.000303
N	1	M1F	AtG	TtT	1	1	B.1.575	0.000303
N	1	M1I	atG	atT	1	1	B.1.575	0.000303
N	1	M1L	Atg	Ctg	1	1	B.1.595	0.000261
N	1	M1I	atG	atA	1	1	B.1.596	0.000087
N	1	M1V	AtG	GtA	1	1	B.1.617.2	0.000004
N	1	M1K	aTg	aAg	1	1	B.1.617.2	0.000004
N	1	M1I	atG	atT	1	1	B.1.617.2	0.000004
N	1	M1I	atG	atT	1	1	C.35	0.000774
N	1	M1R	aTg	aGg	1	1	D.2	0.000075
N	1	M1F	AtG	TtT	1	1	P.1	0.000016
N	1	M1E	ATG	GAA	1	1	P.1	0.000016
N	1	M1del	ATG	---	1	1	P.1	0.000016
N	1	M1L	Atg	Ttg	1	1	P.1.1	0.000318
N	1	M1K	aTg	aAg	1	1	P.1.10	0.000269
N	1	M1L	Atg	Ttg	1	1	P.1.10	0.000269
N	1	M1N	aTG	aAC	1	1	P.1.10	0.000269
N	1	M1T	aTG	aCC	1	1	P.1.12	0.000484
N	1	M1W	ATg	TGg	1	1	P.1.12	0.000484
N	1	M1P	ATG	CCC	1	1	P.1.12	0.000484
N	1	M1X	ATG	TAA	1	1	P.1.13	0.000898
N	1	M1X	ATG	TAA	1	1	P.1.14	0.000048
N	1	M1N	aTG	aAC	1	1	P.1.15	0.000232
N	1	M1Q	ATG	CAA	1	1	P.1.15	0.000232
N	1	M1H	ATG	CAC	1	1	P.1.15	0.000232
N	1	M1I	atG	atA	1	1	P.1.17	0.000162
N	1	M1N	aTG	aAC	1	1	P.1.17	0.000162
N	1	M1I	atG	atA	1	1	P.1.7	0.000319
N	1	M1L	Atg	Ttg	1	1	Q.4	0.000455
N	1	M1W	ATg	TGg	1	1	Q.8	0.000165

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.