CoV-GLUEGenomeCountriesLineagesMutationsInsertionsDeletionsUpdated:

CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = M : Mut = L35L

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
M35L35LsynCtaTta645363900.99023726625-26627
M35L35LsynctActG6453450.006973526625-26627
M35L35LsynctActT6453180.002789426625-26627

Details of the mutation L35L within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
M35L35LCtaTta63906453All0.001222
M35L35LctActG456453All0.000009
M35L35LctActT186453All0.000003
M35L35LCtaTta11241133B.1.1.70.001006
M35L35LctActG81133B.1.1.70.000007
M35L35LctActT11133B.1.1.70.000001
M35L35LCtaTta10591065AY.40.001648
M35L35LctActG61065AY.40.000009
M35L35LCtaTta734734AY.1200.027289
M35L35LCtaTta308314B.1.617.20.00116
M35L35LctActG6314B.1.617.20.000023
M35L35LCtaTta231231B.1.4130.982979
M35L35LCtaTta160160AY.430.000709
M35L35LCtaTta146151AY.440.000889
M35L35LctActG5151AY.440.00003
M35L35LCtaTta134134B.1.5950.034969
M35L35LCtaTta131132B.1.4290.003082
M35L35LctActT1132B.1.4290.000024
M35L35LCtaTta116116B.1.10.002104
M35L35LCtaTta111112B.10.001017
M35L35LctActG1112B.10.000009
M35L35LCtaTta104104B.1.20.000916
M35L35LCtaTta8989B.1.258.170.009253
M35L35LCtaTta8585AY.590.045021
M35L35LCtaTta7979B.1.36.260.225714
M35L35LCtaTta7273B.1.1.5190.002859
M35L35LctActG173B.1.1.5190.00004
M35L35LCtaTta7171B.1.5260.001669
M35L35LCtaTta6869AY.1030.000422
M35L35LctActG169AY.1030.000006
M35L35LCtaTta6666AY.150.146667
M35L35LCtaTta6363AY.99.20.005806
M35L35LCtaTta6060B.1.1770.00079
M35L35LCtaTta5656AY.250.000337
M35L35LCtaTta5050AY.30.000497
M35L35LCtaTta4242B.1.1.700.014325
M35L35LCtaTta4242C.370.004875
M35L35LCtaTta4141B.1.4970.012905
M35L35LCtaTta4040B.1.1.3060.017536
M35L35LCtaTta4040B.1.2430.002783
M35L35LCtaTta4040P.10.00063
M35L35LCtaTta3535AY.1000.00161
M35L35LCtaTta3434B.1.2580.002263
M35L35LCtaTta3132AY.1020.000822
M35L35LctActG132AY.1020.000027
M35L35LCtaTta3232AY.46.60.002311
M35L35LCtaTta3131AY.50.00064
M35L35LCtaTta2828AY.4.20.000607
M35L35LCtaTta2121B.1.1.2530.052632
M35L35LCtaTta2121B.1.1.5230.032813
M35L35LCtaTta2020B.1.3510.000595
M35L35LCtaTta1818AY.470.00056
M35L35LCtaTta1717B.1.177.570.004777
M35L35LCtaTta1717B.1.4270.000858
M35L35LCtaTta1717B.1.466.20.006651
M35L35LCtaTta1616B.1.4260.016145
M35L35LCtaTta1515AY.260.000425
M35L35LctActT1515AY.90.001014
M35L35LCtaTta1515B.1.1.250.008528
M35L35LCtaTta1414AY.230.000976
M35L35LCtaTta1414AY.390.000346
M35L35LCtaTta1414AY.420.000563
M35L35LCtaTta1414B.1.360.002043
M35L35LCtaTta1414B.1.6370.001023
M35L35LCtaTta1314Q.80.002144
M35L35LctActT114Q.80.000165
M35L35LCtaTta1313AY.200.000505
M35L35LCtaTta1313B.1.6210.001151
M35L35LCtaTta1013P.1.150.002323
M35L35LctActG313P.1.150.000697
M35L35LCtaTta1212AY.750.000672
M35L35LCtaTta1112B.1.1600.000343
M35L35LctActG112B.1.1600.000031
M35L35LCtaTta1011AY.290.000158
M35L35LctActG111AY.290.000016
M35L35LctActG611AY.60.000247
M35L35LCtaTta511AY.60.000206
M35L35LCtaTta1111B.1.2320.005911
M35L35LCtaTta1111B.1.5040.34375
M35L35LCtaTta1010AY.1170.000845
M35L35LCtaTta1010AY.850.004272
M35L35LCtaTta1010AY.910.007305
M35L35LCtaTta99AY.46.20.005718
M35L35LCtaTta99B.1.2210.000639
M35L35LCtaTta99P.1.140.00043
M35L35LCtaTta88AY.39.10.000317
M35L35LCtaTta88B.1.1.3330.008611
M35L35LCtaTta88B.1.177.30.061069
M35L35LCtaTta78P.20.001306
M35L35LctActG18P.20.000187
M35L35LCtaTta77AU.30.014768
M35L35LCtaTta77AY.120.20.008997
M35L35LCtaTta77AY.980.000553
M35L35LCtaTta77B.1.1.3160.006475
M35L35LCtaTta66AY.3.10.000512
M35L35LCtaTta66AY.4.2.10.000894
M35L35LCtaTta66AY.840.002625
M35L35LCtaTta66AY.98.10.000291
M35L35LCtaTta66B.1.1.2220.001224
M35L35LCtaTta66B.1.177.860.001101
M35L35LCtaTta66B.1.2400.001293
M35L35LCtaTta66B.1.36.180.002521
M35L35LCtaTta66B.1.5250.000679
M35L35LCtaTta66B.1.910.012448
M35L35LCtaTta55A.2.50.002495
M35L35LCtaTta55AY.1180.000313
M35L35LCtaTta55AY.4.50.000537
M35L35LCtaTta55AY.550.004587
M35L35LCtaTta55AY.610.000524
M35L35LCtaTta55AY.920.001436
M35L35LCtaTta55B.1.1.2160.004452
M35L35LCtaTta55B.1.2100.010661
M35L35LCtaTta55B.1.2340.00066
M35L35LCtaTta55P.1.120.00242
M35L35LCtaTta44AY.1060.00134
M35L35LCtaTta44AY.1110.000733
M35L35LCtaTta44AY.1190.000141
M35L35LCtaTta44AY.140.000352
M35L35LCtaTta44AY.29.10.000882
M35L35LCtaTta44AY.300.001583
M35L35LCtaTta44AY.9.20.000147
M35L35LCtaTta44B.1.1.10.001307
M35L35LCtaTta44B.1.1.2140.000222
M35L35LCtaTta44B.1.1310.035088
M35L35LCtaTta44B.1.177.120.000607
M35L35LCtaTta34B.1.177.210.000229
M35L35LctActG14B.1.177.210.000076
M35L35LCtaTta44B.1.177.70.000659
M35L35LCtaTta44B.1.416.10.00625
M35L35LCtaTta44B.1.5380.032258
M35L35LCtaTta44B.1.5750.001214
M35L35LCtaTta33AD.20.000657
M35L35LCtaTta33AY.10.001187
M35L35LCtaTta33AY.380.001498
M35L35LCtaTta33AY.460.000312
M35L35LCtaTta33AY.46.40.000494
M35L35LCtaTta33AY.480.001395
M35L35LCtaTta33AY.640.001786
M35L35LCtaTta33AY.650.001599
M35L35LCtaTta33B.1.1.2770.002276
M35L35LCtaTta33B.1.36.170.001482
M35L35LCtaTta33B.1.36.290.001552
M35L35LCtaTta33B.1.3620.004622
M35L35LCtaTta33B.1.5710.029126
M35L35LCtaTta33B.1.617.10.000387
M35L35LCtaTta33D.20.000225
M35L35LCtaTta33P.1.100.000808
M35L35LCtaTta33P.60.009434
M35L35LCtaTta22A.210.00554
M35L35LCtaTta22AY.1100.000225
M35L35LCtaTta22AY.1130.000285
M35L35LCtaTta22AY.130.000322
M35L35LCtaTta22AY.450.000243
M35L35LCtaTta22AY.46.30.001867
M35L35LCtaTta22AY.5.40.000553
M35L35LCtaTta22AY.540.000191
M35L35LCtaTta22AY.680.000547
M35L35LCtaTta22AY.740.000231
M35L35LCtaTta22AY.830.003448
M35L35LCtaTta22AY.860.00166
M35L35LCtaTta22AY.880.001768
M35L35LCtaTta22AY.9.10.000167
M35L35LCtaTta22AZ.20.001642
M35L35LCtaTta22B0.000256
M35L35LCtaTta22B.1.1.3170.000823
M35L35LCtaTta22B.1.1.330.000842
M35L35LCtaTta22B.1.1.390.001019
M35L35LCtaTta22B.1.1.4200.002012
M35L35LCtaTta22B.1.1.440.004819
M35L35LCtaTta22B.1.1470.001512
M35L35LCtaTta22B.1.177.320.002699
M35L35LCtaTta22B.1.177.40.000422
M35L35LCtaTta22B.1.177.520.003515
M35L35LCtaTta22B.1.2390.002442
M35L35LCtaTta22B.1.4040.002604
M35L35LCtaTta22B.1.438.30.153846
M35L35LCtaTta22B.1.4670.08
M35L35LCtaTta22B.1.5610.000794
M35L35LCtaTta22B.1.5960.000174
M35L35LCtaTta22B.1.6090.000959
M35L35LCtaTta22B.400.000729
M35L35LCtaTta22B.6.60.001778
M35L35LCtaTta22R.10.00018
M35L35LCtaTta110.055556
M35L35LCtaTta11A.180.05
M35L35LCtaTta11AA.10.007246
M35L35LCtaTta11AE.80.000489
M35L35LCtaTta11AU.10.001266
M35L35LCtaTta11AY.1010.00049
M35L35LCtaTta11AY.1080.001103
M35L35LCtaTta11AY.120.10.000321
M35L35LCtaTta11AY.120.2.10.000498
M35L35LctActG11AY.1210.000135
M35L35LCtaTta11AY.160.00038
M35L35LCtaTta11AY.16.10.00047
M35L35LCtaTta11AY.240.000431
M35L35LCtaTta11AY.330.000067
M35L35LCtaTta11AY.340.000097
M35L35LCtaTta11AY.34.10.00051
M35L35LCtaTta11AY.350.000233
M35L35LCtaTta11AY.4.40.000409
M35L35LCtaTta11AY.46.10.001027
M35L35LCtaTta11AY.5.30.000337
M35L35LCtaTta11AY.500.000799
M35L35LCtaTta11AY.510.000909
M35L35LCtaTta11AY.530.000288
M35L35LCtaTta11AY.560.001605
M35L35LCtaTta11AY.620.000436
M35L35LCtaTta11AY.690.000187
M35L35LCtaTta11AY.730.000665
M35L35LCtaTta11AY.950.000761
M35L35LCtaTta11B.1.1.1180.010204
M35L35LCtaTta11B.1.1.1320.014925
M35L35LCtaTta11B.1.1.1380.006061
M35L35LCtaTta11B.1.1.1530.001095
M35L35LCtaTta11B.1.1.1610.003534
M35L35LCtaTta11B.1.1.1980.001468
M35L35LCtaTta11B.1.1.2200.001859
M35L35LctActG11B.1.1.2940.001266
M35L35LCtaTta11B.1.1.3010.001179
M35L35LCtaTta11B.1.1.3540.004386
M35L35LCtaTta11B.1.1.3740.002375
M35L35LCtaTta11B.1.1.4090.002833
M35L35LCtaTta11B.1.1.460.004367
M35L35LCtaTta11B.1.1.500.000679
M35L35LCtaTta11B.1.1.5260.003546
M35L35LCtaTta11B.1.1.590.006494
M35L35LCtaTta11B.1.177.150.000631
M35L35LCtaTta11B.1.177.200.001517
M35L35LCtaTta11B.1.177.530.002392
M35L35LCtaTta11B.1.177.750.001041
M35L35LCtaTta11B.1.177.820.000477
M35L35LctActG11B.1.177.830.001481
M35L35LCtaTta11B.1.177.850.005435
M35L35LCtaTta11B.1.258.110.000396
M35L35LCtaTta11B.1.3110.000275
M35L35LCtaTta11B.1.351.50.0006
M35L35LCtaTta11B.1.3610.001289
M35L35LCtaTta11B.1.3690.000285
M35L35LCtaTta11B.1.3960.000706
M35L35LCtaTta11B.1.4480.002625
M35L35LCtaTta11B.1.4530.003236
M35L35LCtaTta11B.1.4560.003268
M35L35LCtaTta11B.1.4740.001901
M35L35LCtaTta11B.1.5170.000427
M35L35LCtaTta11B.1.5650.00081
M35L35LCtaTta11B.1.5770.000687
M35L35LCtaTta11B.1.5800.004065
M35L35LCtaTta11B.1.617.30.002985
M35L35LCtaTta11B.1.6250.002353
M35L35LCtaTta11B.1.6280.000352
M35L35LCtaTta11B.1.6340.003425
M35L35LCtaTta11B.1.6360.006711
M35L35LCtaTta11B.280.003279
M35L35LCtaTta11C.37.10.002618
M35L35LCtaTta11P.1.40.000977
M35L35LCtaTta11Q.30.000145

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.