CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = M : Mut = I82I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
M	82	I82I		syn	atC	atT	1657	1494	0.901629	26766-26768
M	82	I82I		syn	atC	atA	1657	163	0.0983706	26766-26768

Details of the mutation I82I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
M	82	I82I	atC	atT	1494	1657	All	0.000286
M	82	I82I	atC	atA	163	1657	All	0.000031
M	82	I82I	atC	atT	597	604	B.1.1.7	0.000534
M	82	I82I	atC	atA	7	604	B.1.1.7	0.000006
M	82	I82I	atC	atT	179	179	B.1.1.205	0.665428
M	82	I82I	atC	atA	126	138	R.1	0.011341
M	82	I82I	atC	atT	12	138	R.1	0.00108
M	82	I82I	atC	atT	71	71	AP.1	0.106607
M	82	I82I	atC	atT	58	60	B.1.1	0.001052
M	82	I82I	atC	atA	2	60	B.1.1	0.000036
M	82	I82I	atC	atT	59	59	B.1	0.00054
M	82	I82I	atC	atT	24	39	B.1.2	0.000211
M	82	I82I	atC	atA	15	39	B.1.2	0.000132
M	82	I82I	atC	atT	35	37	P.1	0.000551
M	82	I82I	atC	atA	2	37	P.1	0.000032
M	82	I82I	atC	atT	35	35	B.1.258.17	0.003639
M	82	I82I	atC	atT	35	35	Q.8	0.005772
M	82	I82I	atC	atT	33	33	B.1.177	0.000435
M	82	I82I	atC	atT	31	31	Q.3	0.004496
M	82	I82I	atC	atT	28	28	B.1.160	0.000873
M	82	I82I	atC	atT	25	25	B.1.1.519	0.000993
M	82	I82I	atC	atT	20	21	D.2	0.001501
M	82	I82I	atC	atA	1	21	D.2	0.000075
M	82	I82I	atC	atT	16	16	B.1.221	0.001137
M	82	I82I	atC	atT	15	15	B.1.36.29	0.00776
M	82	I82I	atC	atT	14	14	B.1.1.28	0.004357
M	82	I82I	atC	atT	12	14	B.1.400	0.005148
M	82	I82I	atC	atA	2	14	B.1.400	0.000858
M	82	I82I	atC	atT	11	11	B.1.469	0.039711
M	82	I82I	atC	atT	9	9	P.1.15	0.002091
M	82	I82I	atC	atT	8	8	B.1.1.63	0.003086
M	82	I82I	atC	atT	7	7	B.1.427	0.000353
M	82	I82I	atC	atT	7	7	B.1.526	0.000165
M	82	I82I	atC	atT	6	6	B.1.1.207	0.007092
M	82	I82I	atC	atT	6	6	B.1.234	0.000792
M	82	I82I	atC	atT	4	6	B.1.596	0.000349
M	82	I82I	atC	atA	2	6	B.1.596	0.000174
M	82	I82I	atC	atT	6	6	C.37	0.000696
M	82	I82I	atC	atT	5	5	B.1.243	0.000348
M	82	I82I	atC	atT	5	5	B.1.258	0.000333
M	82	I82I	atC	atT	5	5	B.1.351	0.000149
M	82	I82I	atC	atT	5	5	B.1.621	0.000443
M	82	I82I	atC	atT	4	4	A.27	0.006623
M	82	I82I	atC	atT	4	4	B.1.177.23	0.012945
M	82	I82I	atC	atT	4	4	B.1.177.44	0.002076
M	82	I82I	atC	atT	4	4	B.1.258.22	0.010667
M	82	I82I	atC	atT	4	4	B.1.429	0.000094
M	82	I82I	atC	atT	3	3	B.1.1.301	0.003538
M	82	I82I	atC	atT	3	3	B.1.1.39	0.001529
M	82	I82I	atC	atT	3	3	B.1.177.40	0.015464
M	82	I82I	atC	atT	3	3	B.1.177.60	0.000655
M	82	I82I	atC	atT	3	3	B.1.36.31	0.005254
M	82	I82I	atC	atT	3	3	B.1.617.1	0.000387
M	82	I82I	atC	atT	3	3	P.1.14	0.000143
M	82	I82I	atC	atT	2	2		0.111111
M	82	I82I	atC	atA	1	2	AE.8	0.000489
M	82	I82I	atC	atT	1	2	AE.8	0.000489
M	82	I82I	atC	atT	2	2	B.1.1.174	0.006757
M	82	I82I	atC	atT	1	2	B.1.1.192	0.002309
M	82	I82I	atC	atA	1	2	B.1.1.192	0.002309
M	82	I82I	atC	atT	2	2	B.1.1.208	0.02439
M	82	I82I	atC	atT	2	2	B.1.1.216	0.001781
M	82	I82I	atC	atT	2	2	B.1.1.265	0.006309
M	82	I82I	atC	atT	2	2	B.1.1.37	0.000386
M	82	I82I	atC	atA	2	2	B.1.177.42	0.001789
M	82	I82I	atC	atT	2	2	B.1.177.57	0.000562
M	82	I82I	atC	atT	2	2	B.1.389	0.002004
M	82	I82I	atC	atT	2	2	B.1.466.2	0.000782
M	82	I82I	atC	atT	2	2	B.1.620	0.001892
M	82	I82I	atC	atT	2	2	C.14	0.008658
M	82	I82I	atC	atT	2	2	L.2	0.022727
M	82	I82I	atC	atT	2	2	P.1.4	0.001953
M	82	I82I	atC	atT	1	1	A.23.1	0.000704
M	82	I82I	atC	atT	1	1	A.3	0.002096
M	82	I82I	atC	atT	1	1	AD.2	0.000219
M	82	I82I	atC	atA	1	1	AY.117	0.000085
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.1.1	0.000327
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.1.153	0.001095
M	82	I82I	atC	atA	1	1	B.1.1.214	0.000055
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.1.27	0.00565
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.1.302	0.002075
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.1.305	0.003861
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.1.311	0.000358
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.1.317	0.000412
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.1.319	0.017544
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.1.335	0.012987
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.1.369	0.000446
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.1.398	0.003226
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.117	0.0125
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.177.19	0.001431
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.177.46	0.000918
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.177.77	0.000726
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.177.8	0.000752
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.235	0.002519
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.240	0.000216
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.258.14	0.00098
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.258.7	0.001912
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.311	0.000275
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.336	0.002439
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.371	0.001122
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.396	0.000706
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.413	0.004255
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.416.1	0.001563
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.462	0.007246
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.465	0.003802
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.474	0.001901
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.560	0.00463
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.564.1	0.001577
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.595	0.000261
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.1.609	0.000479
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.3	0.000831
M	82	I82I	atC	atT	1	1	B.6	0.00091
M	82	I82I	atC	atT	1	1	C.35	0.000774
M	82	I82I	atC	atT	1	1	P.1.1	0.000318
M	82	I82I	atC	atT	1	1	P.1.17	0.000162
M	82	I82I	atC	atT	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.