CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = M : Mut = I118I

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
M	118	I118I		syn	atT	atC	38566	38506	0.998444	26874-26876
M	118	I118I		syn	atT	atA	38566	60	0.00155577	26874-26876

Details of the mutation I118I within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
M	118	I118I	atT	atC	38506	38566	All	0.007365
M	118	I118I	atT	atA	60	38566	All	0.000011
M	118	I118I	atT	atC	30117	30117	B.1.160	0.939278
M	118	I118I	atT	atC	1060	1060	B.1.160.16	0.98513
M	118	I118I	atT	atC	775	775	B.1.160.8	0.998711
M	118	I118I	atT	atC	586	586	B.1.160.17	0.996599
M	118	I118I	atT	atC	481	481	B.1.160.7	1
M	118	I118I	atT	atC	470	470	B.1.160.14	0.995763
M	118	I118I	atT	atC	412	412	B.1.160.26	0.997579
M	118	I118I	atT	atC	334	334	B.1.160.28	0.976608
M	118	I118I	atT	atC	301	304	B.1	0.002757
M	118	I118I	atT	atA	3	304	B.1	0.000027
M	118	I118I	atT	atC	237	237	B.1.160.29	1
M	118	I118I	atT	atC	224	230	B.1.1.7	0.000201
M	118	I118I	atT	atA	6	230	B.1.1.7	0.000005
M	118	I118I	atT	atC	226	226	B.1.160.24	1
M	118	I118I	atT	atC	225	225	B.1.160.33	0.995575
M	118	I118I	atT	atC	207	207	B.1.160.23	1
M	118	I118I	atT	atC	202	202	B.1.160.15	1
M	118	I118I	atT	atC	202	202	B.1.160.30	0.60119
M	118	I118I	atT	atC	189	189	B.1.160.32	0.811159
M	118	I118I	atT	atC	174	174	B.1.160.11	0.994286
M	118	I118I	atT	atC	156	156	B.1.160.12	1
M	118	I118I	atT	atC	148	148	B.1.160.22	1
M	118	I118I	atT	atC	137	137	B.1.160.9	0.985612
M	118	I118I	atT	atC	124	124	B.1.160.31	1
M	118	I118I	atT	atC	122	122	AB.1	1
M	118	I118I	atT	atC	118	118	B.1.160.10	0.951613
M	118	I118I	atT	atC	106	106	B.1.160.18	0.773723
M	118	I118I	atT	atC	90	90	B.1.160.25	1
M	118	I118I	atT	atC	79	80	B.1.177	0.00104
M	118	I118I	atT	atA	1	80	B.1.177	0.000013
M	118	I118I	atT	atC	79	79	B.1.160.20	0.705357
M	118	I118I	atT	atC	66	66	B.1.1	0.001197
M	118	I118I	atT	atC	65	65	B.1.160.27	0.984848
M	118	I118I	atT	atC	61	61	B.1.36.23	1
M	118	I118I	atT	atC	60	60	B.1.221	0.004262
M	118	I118I	atT	atC	51	51	AY.25	0.000307
M	118	I118I	atT	atC	49	49	B.1.160.21	1
M	118	I118I	atT	atC	36	36	B.1.160.13	1
M	118	I118I	atT	atC	35	35	B.1.177.31	0.402299
M	118	I118I	atT	atC	34	34	AY.26	0.000963
M	118	I118I	atT	atC	34	34	B.1.351.2	0.010287
M	118	I118I	atT	atC	32	32	B.1.177.44	0.016606
M	118	I118I	atT	atA	29	29	B.1.177.60	0.006335
M	118	I118I	atT	atC	28	28	B.1.160.19	1
M	118	I118I	atT	atC	21	27	AY.4	0.000033
M	118	I118I	atT	atA	6	27	AY.4	0.000009
M	118	I118I	atT	atC	26	26	B.1.1.445	0.962963
M	118	I118I	atT	atC	24	24	B.1.1.39	0.012232
M	118	I118I	atT	atC	20	20	B.1.258.11	0.007927
M	118	I118I	atT	atC	15	15	B.1.260	0.050167
M	118	I118I	atT	atC	10	14	B.1.2	0.000088
M	118	I118I	atT	atA	4	14	B.1.2	0.000035
M	118	I118I	atT	atC	13	13	AY.46.6	0.000939
M	118	I118I	atT	atC	13	13	B	0.001662
M	118	I118I	atT	atC	13	13	B.1.177.43	0.019202
M	118	I118I	atT	atC	11	11	B.1.177.73	0.006229
M	118	I118I	atT	atC	10	10	B.1.36.1	0.011403
M	118	I118I	atT	atC	8	8	B.1.258	0.000532
M	118	I118I	atT	atC	6	6	AY.34	0.000582
M	118	I118I	atT	atC	6	6	B.1.177.81	0.001136
M	118	I118I	atT	atC	6	6	B.1.462	0.043478
M	118	I118I	atT	atC	6	6	B.1.473	0.115385
M	118	I118I	atT	atC	6	6	B.1.509	0.005195
M	118	I118I	atT	atC	5	6	B.1.617.2	0.000019
M	118	I118I	atT	atA	1	6	B.1.617.2	0.000004
M	118	I118I	atT	atC	6	6	P.1	0.000095
M	118	I118I	atT	atC	5	5	B.1.1.70	0.001705
M	118	I118I	atT	atC	5	5	B.1.236	0.010267
M	118	I118I	atT	atC	5	5	B.1.533	0.048077
M	118	I118I	atT	atC	3	4	AY.3	0.00003
M	118	I118I	atT	atA	1	4	AY.3	0.00001
M	118	I118I	atT	atC	4	4	AY.5	0.000083
M	118	I118I	atT	atC	4	4	B.1.36	0.000584
M	118	I118I	atT	atC	4	4	B.1.465	0.015209
M	118	I118I	atT	atC	4	4	B.1.561	0.001588
M	118	I118I	atT	atC	3	3	A	0.001161
M	118	I118I	atT	atC	3	3	AY.103	0.000019
M	118	I118I	atT	atC	2	3	AY.3.1	0.000171
M	118	I118I	atT	atA	1	3	AY.3.1	0.000085
M	118	I118I	atT	atC	3	3	B.1.1.1	0.00098
M	118	I118I	atT	atC	3	3	B.1.177.23	0.009709
M	118	I118I	atT	atC	3	3	B.1.177.75	0.003122
M	118	I118I	atT	atC	3	3	B.1.222	0.005076
M	118	I118I	atT	atC	3	3	B.1.351	0.000089
M	118	I118I	atT	atC	3	3	B.1.36.29	0.001552
M	118	I118I	atT	atC	2	3	B.1.596	0.000174
M	118	I118I	atT	atA	1	3	B.1.596	0.000087
M	118	I118I	atT	atC	3	3	B.1.609	0.001438
M	118	I118I	atT	atA	1	2	AY.100	0.000046
M	118	I118I	atT	atC	1	2	AY.100	0.000046
M	118	I118I	atT	atC	2	2	AY.114	0.000462
M	118	I118I	atT	atC	1	2	AY.43	0.000004
M	118	I118I	atT	atA	1	2	AY.43	0.000004
M	118	I118I	atT	atC	2	2	AY.47	0.000062
M	118	I118I	atT	atC	2	2	AY.9	0.000135
M	118	I118I	atT	atC	2	2	B.1.1.222	0.000408
M	118	I118I	atT	atC	2	2	B.1.1.37	0.000386
M	118	I118I	atT	atC	2	2	B.1.1.398	0.006452
M	118	I118I	atT	atC	2	2	B.1.1.519	0.000079
M	118	I118I	atT	atC	2	2	B.1.177.12	0.000303
M	118	I118I	atT	atC	1	2	B.1.177.21	0.000076
M	118	I118I	atT	atA	1	2	B.1.177.21	0.000076
M	118	I118I	atT	atC	2	2	B.1.258.17	0.000208
M	118	I118I	atT	atC	2	2	B.1.36.8	0.002
M	118	I118I	atT	atC	2	2	B.1.378	0.013699
M	118	I118I	atT	atC	2	2	B.1.409	0.001563
M	118	I118I	atT	atC	2	2	B.1.416.1	0.003125
M	118	I118I	atT	atA	2	2	C.37	0.000232
M	118	I118I	atT	atC	2	2	R.1	0.00018
M	118	I118I	atT	atC	1	1	A.2	0.000662
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AF.1	0.037037
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AN.1	0.02
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AY.102	0.000027
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AY.116	0.000287
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AY.120	0.000037
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AY.23	0.00007
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AY.29	0.000016
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AY.36	0.000148
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AY.39	0.000025
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AY.45	0.000122
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AY.61	0.000105
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AY.69	0.000187
M	118	I118I	atT	atC	1	1	AY.75	0.000056
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.153	0.001095
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.161	0.003534
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.170	0.001247
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.236	0.006897
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.269	0.001353
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.277	0.000759
M	118	I118I	atT	atA	1	1	B.1.1.317	0.000412
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.343	0.020833
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.385	0.004464
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.409	0.002833
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.433	0.001425
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.47	0.005348
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.1.50	0.000679
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.124	0.007812
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.139	0.000733
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.157	0.002985
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.177.17	0.000821
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.177.45	0.000381
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.177.8	0.000752
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.177.87	0.000728
M	118	I118I	atT	atA	1	1	B.1.240	0.000216
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.268	0.010417
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.326	0.007576
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.36.35	0.002604
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.367	0.000792
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.416	0.001269
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.428	0.00102
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.438.1	0.000107
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.460	0.017857
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.468	0.005714
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.567	0.003333
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.577	0.000687
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.581	0.009434
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.590	0.004545
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.1.600	0.005848
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.23	0.002924
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.40	0.000364
M	118	I118I	atT	atC	1	1	B.55	0.00295
M	118	I118I	atT	atC	1	1	D.2	0.000075
M	118	I118I	atT	atC	1	1	P.1.15	0.000232
M	118	I118I	atT	atC	1	1	Z.1	0.00289

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.