CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = M : CodonNum = 31

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
M31W31CnonsyntgGtgT3113010.96784626613-26615
M31W31CnonsyntgGtgC311100.032154326613-26615
M31W31LnonsyntGgtTg109109126613-26615
M31W31deldelTGG---3131126613-26615
M31W31XnonsyntgGtgA850.62526613-26615
M31W31GnonsynTggGgg850.62526613-26615
M31W31XnonsyntGgtAg830.37526613-26615
M31W31GnonsynTgGGgT820.2526613-26615
M31W31GnonsynTgGGgA810.12526613-26615
M31W31RnonsynTggCgg760.85714326613-26615
M31W31RnonsynTggAgg710.14285726613-26615
M31W31SnonsyntGgtCg430.7526613-26615
M31W31SnonsyntGGtCA410.2526613-26615
M31W31del1delTgg-gg320.66666726613-26615
M31W31del1deltGgt-g310.33333326613-26615
M31W31FnonsyntGGtTT22126613-26615
M31W31YnonsyntGGtAC11126613-26615
M31W31AnonsynTGGGCA11126613-26615
M31W31QnonsynTGGCAA11126613-26615
M31W31VnonsynTGGGTT11126613-26615

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
M31W31CtgGtgT301311All0.000058
M31W31CtgGtgC10311All0.000002
M31W31LtGgtTg109109All0.000021
M31W31CtgGtgT6767B.1.1.431
M31W31CtgGtgT6162B.1.1.70.000055
M31W31CtgGtgC162B.1.1.70.000001
M31W31delTGG---3131All0.000006
M31W31CtgGtgT2929AY.40.000045
M31W31LtGgtTg1919B.1.617.20.000072
M31W31LtGgtTg1111B.1.1.5190.000437
M31W31LtGgtTg1010AY.230.000697
M31W31CtgGtgT99AY.1000.000414
M31W31CtgGtgT99B.10.000082
M31W31LtGgtTg99B.1.1.70.000008
M31W31CtgGtgT99B.1.1600.000281
M31W31LtGgtTg99B.1.6370.000658
M31W31XtgGtgA58All0.000001
M31W31GTggGgg58All0.000001
M31W31XtGgtAg38All0.000001
M31W31GTgGGgT28All0
M31W31GTgGGgA18All0
M31W31CtgGtgT88AY.1030.00005
M31W31delTGG---88B.1.177.210.000612
M31W31CtgGtgT88B.1.2400.001725
M31W31CtgGtgT88B.1.617.20.00003
M31W31RTggCgg67All0.000001
M31W31RTggAgg17All0
M31W31CtgGtgT77AY.250.000042
M31W31delTGG---77B.1.1.70.000006
M31W31CtgGtgT77B.1.258.170.000728
M31W31CtgGtgT55AY.200.000194
M31W31CtgGtgT55B.1.10.000091
M31W31CtgGtgT55P.10.000079
M31W31delTGG---440.222222
M31W31StGgtCg34All0.000001
M31W31StGGtCA14All0
M31W31CtgGtgT34AY.1020.00008
M31W31CtgGtgC14AY.1020.000027
M31W31LtGgtTg44AY.1030.000025
M31W31CtgGtgT34AY.430.000013
M31W31CtgGtgC14AY.430.000004
M31W31LtGgtTg44AY.50.000083
M31W31CtgGtgT44B.1.110.30.002874
M31W31CtgGtgT44B.1.20.000035
M31W31del1Tgg-gg23All0
M31W31del1tGgt-g13All0
M31W31CtgGtgT33AY.1190.000106
M31W31LtGgtTg33AY.250.000018
M31W31CtgGtgT33AY.440.000018
M31W31CtgGtgC33AY.930.000819
M31W31LtGgtTg33B.10.000027
M31W31XtgGtgA23B.10.000018
M31W31XtGgtAg13B.10.000009
M31W31LtGgtTg33B.1.10.000054
M31W31CtgGtgT33B.1.1770.00004
M31W31LtGgtTg33B.1.177.860.00055
M31W31LtGgtTg33P.10.000047
M31W31CtgGtgT33P.1.140.000143
M31W31GTgGGgT220.111111
M31W31FtGGtTT22All0
M31W31LtGgtTg22AY.1180.000125
M31W31LtGgtTg22AY.340.000194
M31W31CtgGtgT22AY.390.000049
M31W31LtGgtTg22AY.430.000009
M31W31CtgGtgT22AY.470.000062
M31W31CtgGtgT22AY.5.20.004926
M31W31delTGG---22B.10.000018
M31W31CtgGtgT22B.1.1.2140.000111
M31W31CtgGtgT22B.1.1.990.047619
M31W31LtGgtTg22B.1.1600.000062
M31W31LtGgtTg22B.1.20.000018
M31W31CtgGtgT22B.1.5260.000047
M31W31CtgGtgT22B.1.6190.001742
M31W31del1Tgg-gg22B.1.6270.00404
M31W31delTGG---22P.10.000032
M31W31CtgGtgT110.055556
M31W31LtGgtTg110.055556
M31W31FtGGtTT110.055556
M31W31ATGGGCA11All0
M31W31YtGGtAC11All0
M31W31VTGGGTT11All0
M31W31QTGGCAA11All0
M31W31ATGGGCA11AY.1170.000085
M31W31delTGG---11AY.1200.000037
M31W31LtGgtTg11AY.1200.000037
M31W31FtGGtTT11AY.260.000028
M31W31CtgGtgT11AY.29.10.000221
M31W31StGgtCg11AY.30.00001
M31W31CtgGtgT11AY.30.00001
M31W31CtgGtgT11AY.34.10.00051
M31W31CtgGtgC11AY.39.10.00004
M31W31delTGG---11AY.40.000002
M31W31LtGgtTg11AY.40.000002
M31W31GTggGgg11AY.40.000002
M31W31CtgGtgT11AY.4.20.000022
M31W31delTGG---11AY.4.50.000107
M31W31LtGgtTg11AY.4.50.000107
M31W31RTggCgg11AY.430.000004
M31W31LtGgtTg11AY.440.000006
M31W31del1tGgt-g11AY.440.000006
M31W31CtgGtgT11AY.46.60.000072
M31W31LtGgtTg11AY.46.60.000072
M31W31LtGgtTg11AY.60.000041
M31W31delTGG---11AY.680.000274
M31W31CtgGtgT11AY.740.000116
M31W31CtgGtgT11AY.9.20.000037
M31W31CtgGtgT11B0.000128
M31W31StGgtCg11B.10.000009
M31W31GTggGgg11B.10.000009
M31W31GTgGGgA11B.1.10.000018
M31W31RTggCgg11B.1.10.000018
M31W31XtgGtgA11B.1.10.000018
M31W31StGGtCA11B.1.1.1530.001095
M31W31LtGgtTg11B.1.1.2840.000107
M31W31CtgGtgT11B.1.1.3180.000302
M31W31QTGGCAA11B.1.1.3720.000689
M31W31CtgGtgC11B.1.1.3980.003226
M31W31CtgGtgT11B.1.1.4200.001006
M31W31YtGGtAC11B.1.1.70.000001
M31W31GTggGgg11B.1.1.70.000001
M31W31LtGgtTg11B.1.1570.002985
M31W31StGgtCg11B.1.160.120.00641
M31W31delTGG---11B.1.1610.017241
M31W31CtgGtgT11B.1.177.50.001242
M31W31CtgGtgT11B.1.177.560.000668
M31W31CtgGtgT11B.1.177.730.000566
M31W31GTggGgg11B.1.177.80.000752
M31W31CtgGtgC11B.1.177.90.001332
M31W31CtgGtgT11B.1.2150.009615
M31W31CtgGtgT11B.1.2340.000132
M31W31CtgGtgT11B.1.2430.00007
M31W31CtgGtgC11B.1.2580.000067
M31W31RTggAgg11B.1.3510.00003
M31W31CtgGtgT11B.1.360.000146
M31W31XtgGtgA11B.1.36.70.004
M31W31XtgGtgA11B.1.3960.000706
M31W31LtGgtTg11B.1.4000.000429
M31W31GTggGgg11B.1.4220.000812
M31W31RTggCgg11B.1.4270.00005
M31W31CtgGtgT11B.1.4270.00005
M31W31CtgGtgT11B.1.4290.000024
M31W31LtGgtTg11B.1.4290.000024
M31W31LtGgtTg11B.1.438.10.000107
M31W31CtgGtgT11B.1.4560.003268
M31W31XtGgtAg11B.1.466.20.000391
M31W31LtGgtTg11B.1.517.10.005263
M31W31XtGgtAg11B.1.5540.004405
M31W31delTGG---11B.1.5770.000687
M31W31LtGgtTg11B.1.5950.000261
M31W31RTggCgg11B.1.5960.000087
M31W31LtGgtTg11B.1.6090.000479
M31W31LtGgtTg11B.1.617.10.000129
M31W31RTggCgg11B.1.617.20.000004
M31W31CtgGtgT11B.1.6210.000089
M31W31delTGG---11B.1.6270.00202
M31W31VTGGGTT11B.1.6300.005236
M31W31LtGgtTg11B.290.003509
M31W31CtgGtgT11D.20.000075
M31W31RTggCgg11P.10.000016
M31W31delTGG---11P.1.150.000232
M31W31CtgGtgT11P.1.150.000232
M31W31LtGgtTg11W.20.004831