CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = M : CodonNum = 190

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
M	190	D190D		syn	gaC	gaT	3997	3997	1	27090-27092
M	190	D190E		nonsyn	gaC	gaA	205	200	0.97561	27090-27092
M	190	D190E		nonsyn	gaC	gaG	205	5	0.0243902	27090-27092
M	190	D190del		del	GAC	---	167	167	1	27090-27092
M	190	D190del1		del	gAc	g-c	81	79	0.975309	27090-27092
M	190	D190del1		del	Gac	-ac	81	1	0.0123457	27090-27092
M	190	D190del1		del	gaC	ga-	81	1	0.0123457	27090-27092
M	190	D190N		nonsyn	Gac	Aac	31	28	0.903226	27090-27092
M	190	D190N		nonsyn	GaC	AaT	31	3	0.0967742	27090-27092
M	190	D190Y		nonsyn	Gac	Tac	27	27	1	27090-27092
M	190	D190A		nonsyn	gAc	gCc	10	9	0.9	27090-27092
M	190	D190A		nonsyn	gAC	gCT	10	1	0.1	27090-27092
M	190	D190G		nonsyn	gAc	gGc	6	5	0.833333	27090-27092
M	190	D190G		nonsyn	gAC	gGT	6	1	0.166667	27090-27092
M	190	D190H		nonsyn	Gac	Cac	3	3	1	27090-27092
M	190	D190V		nonsyn	gAc	gTc	3	3	1	27090-27092
M	190	D190Q		nonsyn	GaC	CaA	1	1	1	27090-27092

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
M	190	D190D	gaC	gaT	3997	3997	All	0.000764
M	190	D190D	gaC	gaT	765	765	B.1.1.7	0.000685
M	190	D190D	gaC	gaT	463	463	B.1.36.21	1
M	190	D190D	gaC	gaT	294	294	AY.4	0.000458
M	190	D190D	gaC	gaT	225	225	B.1.617.2	0.000847
M	190	D190E	gaC	gaA	200	205	All	0.000038
M	190	D190E	gaC	gaG	5	205	All	0.000001
M	190	D190del	GAC	---	167	167	All	0.000032
M	190	D190D	gaC	gaT	152	152	AY.43	0.000673
M	190	D190del	GAC	---	141	141	B.1.177.21	0.010782
M	190	D190D	gaC	gaT	120	120	AY.25	0.000722
M	190	D190D	gaC	gaT	117	117	B.1	0.001072
M	190	D190D	gaC	gaT	117	117	B.1.396	0.082569
M	190	D190D	gaC	gaT	106	106	AY.44	0.000645
M	190	D190D	gaC	gaT	104	104	B.1.177	0.001369
M	190	D190D	gaC	gaT	101	101	B.1.2	0.000889
M	190	D190E	gaC	gaA	88	88	AY.47	0.002737
M	190	D190D	gaC	gaT	84	84	AY.9.2	0.003085
M	190	D190del1	gAc	g-c	79	81	All	0.000015
M	190	D190del1	Gac	-ac	1	81	All	0
M	190	D190del1	gaC	ga-	1	81	All	0
M	190	D190D	gaC	gaT	78	78	AY.47	0.002426
M	190	D190D	gaC	gaT	74	74	AY.100	0.003404
M	190	D190del1	gAc	g-c	66	67	B.1.1.7	0.000059
M	190	D190del1	gaC	ga-	1	67	B.1.1.7	0.000001
M	190	D190D	gaC	gaT	54	54	P.1	0.000851
M	190	D190E	gaC	gaA	41	41	AY.4	0.000064
M	190	D190D	gaC	gaT	40	40	AY.103	0.000248
M	190	D190D	gaC	gaT	40	40	AY.110	0.004508
M	190	D190D	gaC	gaT	40	40	Q.1	0.005053
M	190	D190D	gaC	gaT	39	39	AY.20	0.001516
M	190	D190D	gaC	gaT	38	38	AY.45	0.004624
M	190	D190D	gaC	gaT	34	34	AY.3.1	0.002899
M	190	D190D	gaC	gaT	33	33	AY.5	0.000681
M	190	D190N	Gac	Aac	28	31	All	0.000005
M	190	D190N	GaC	AaT	3	31	All	0.000001
M	190	D190D	gaC	gaT	31	31	AY.3	0.000308
M	190	D190D	gaC	gaT	31	31	B.1.1.189	0.046899
M	190	D190D	gaC	gaT	29	29	AY.4.2	0.000629
M	190	D190D	gaC	gaT	28	28	B.1.429	0.000659
M	190	D190Y	Gac	Tac	27	27	All	0.000005
M	190	D190D	gaC	gaT	27	27	B.1.160	0.000842
M	190	D190D	gaC	gaT	24	24	B.1.1	0.000435
M	190	D190D	gaC	gaT	19	19	AY.98	0.001501
M	190	D190del	GAC	---	18	18	B.1.1.7	0.000016
M	190	D190E	gaC	gaA	18	18	B.1.1.7	0.000016
M	190	D190D	gaC	gaT	18	18	B.1.234	0.002375
M	190	D190D	gaC	gaT	18	18	B.1.36.39	0.039911
M	190	D190D	gaC	gaT	18	18	B.1.575	0.005461
M	190	D190D	gaC	gaT	17	17	AY.29	0.000268
M	190	D190D	gaC	gaT	17	17	AY.39	0.00042
M	190	D190D	gaC	gaT	17	17	B.1.36.17	0.008399
M	190	D190D	gaC	gaT	16	16	AY.30	0.006332
M	190	D190D	gaC	gaT	16	16	B.1.1.33	0.006734
M	190	D190D	gaC	gaT	15	15	B.1.526	0.000353
M	190	D190D	gaC	gaT	14	14	AY.102	0.000371
M	190	D190D	gaC	gaT	14	14	AY.36	0.002075
M	190	D190D	gaC	gaT	14	14	B.1.265	0.017789
M	190	D190D	gaC	gaT	14	14	B.1.596	0.00122
M	190	D190D	gaC	gaT	13	13	AY.33	0.000868
M	190	D190D	gaC	gaT	13	13	B.1.427	0.000656
M	190	D190D	gaC	gaT	12	12	AY.118	0.000752
M	190	D190D	gaC	gaT	12	12	AY.46.2	0.007624
M	190	D190D	gaC	gaT	12	12	B.1.258	0.000799
M	190	D190D	gaC	gaT	12	12	B.1.525	0.001358
M	190	D190D	gaC	gaT	11	11	AY.119	0.000388
M	190	D190D	gaC	gaT	10	10	A.2.5.2	0.015723
M	190	D190A	gAc	gCc	9	10	All	0.000002
M	190	D190A	gAC	gCT	1	10	All	0
M	190	D190D	gaC	gaT	10	10	B.1.351	0.000297
M	190	D190E	gaC	gaA	8	10	B.1.617.2	0.00003
M	190	D190E	gaC	gaG	2	10	B.1.617.2	0.000008
M	190	D190D	gaC	gaT	9	9	AY.46	0.000937
M	190	D190D	gaC	gaT	9	9	B.1.1.270	0.092784
M	190	D190D	gaC	gaT	8	8	AY.75	0.000448
M	190	D190D	gaC	gaT	8	8	B.1.1.117	0.07767
M	190	D190D	gaC	gaT	8	8	B.1.621	0.000708
M	190	D190D	gaC	gaT	7	7	AY.117	0.000592
M	190	D190D	gaC	gaT	7	7	AY.120	0.00026
M	190	D190D	gaC	gaT	7	7	AY.26	0.000198
M	190	D190D	gaC	gaT	7	7	AY.42	0.000282
M	190	D190D	gaC	gaT	7	7	AY.6	0.000288
M	190	D190D	gaC	gaT	7	7	AY.9.1	0.000586
M	190	D190D	gaC	gaT	7	7	AY.98.1	0.000339
M	190	D190D	gaC	gaT	7	7	B.1.214.2	0.004197
M	190	D190G	gAc	gGc	5	6	All	0.000001
M	190	D190G	gAC	gGT	1	6	All	0
M	190	D190Y	Gac	Tac	6	6	B.1	0.000055
M	190	D190D	gaC	gaT	6	6	B.1.1.413	0.041379
M	190	D190D	gaC	gaT	6	6	B.1.311	0.001647
M	190	D190D	gaC	gaT	5	5	AY.13	0.000805
M	190	D190E	gaC	gaA	5	5	AY.42	0.000201
M	190	D190D	gaC	gaT	5	5	AY.54	0.000477
M	190	D190D	gaC	gaT	5	5	B	0.000639
M	190	D190D	gaC	gaT	5	5	B.1.1.342	0.3125
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	AY.37	0.001264
M	190	D190E	gaC	gaA	4	4	AY.44	0.000024
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	AY.61	0.000419
M	190	D190E	gaC	gaA	4	4	AY.61	0.000419
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	AY.69	0.000747
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	AY.77	0.00451
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	B.1.1.216	0.003562
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	B.1.1.348	0.003185
M	190	D190N	Gac	Aac	4	4	B.1.1.7	0.000004
M	190	D190N	GaC	AaT	3	4	B.1.177.21	0.000229
M	190	D190N	Gac	Aac	1	4	B.1.177.21	0.000076
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	B.1.237	0.0199
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	B.1.36.29	0.002069
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	B.1.556	0.030075
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	B.1.595	0.001044
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	B.1.617.1	0.000516
M	190	D190D	gaC	gaT	4	4	C.37	0.000464
M	190	D190H	Gac	Cac	3	3	All	0.000001
M	190	D190V	gAc	gTc	3	3	All	0.000001
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	AY.27	0.000194
M	190	D190N	Gac	Aac	3	3	AY.29	0.000047
M	190	D190N	Gac	Aac	3	3	AY.4	0.000005
M	190	D190Y	Gac	Tac	3	3	AY.43	0.000013
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	AY.53	0.000863
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	AY.55	0.002752
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	AY.70	0.000626
M	190	D190del	GAC	---	3	3	B.1	0.000027
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	B.1.1.519	0.000119
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	B.1.1.63	0.001157
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	B.1.164	0.044776
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	B.1.177.6	0.00293
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	B.1.177.79	0.007026
M	190	D190del1	gAc	g-c	3	3	B.1.177.82	0.001432
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	B.1.243	0.000209
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	B.1.320	0.003736
M	190	D190del1	gAc	g-c	3	3	B.1.351	0.000089
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	B.1.36	0.000438
M	190	D190E	gaC	gaA	3	3	P.1	0.000047
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	P.1.1	0.000953
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	P.1.14	0.000143
M	190	D190D	gaC	gaT	3	3	P.1.15	0.000697
M	190	D190G	gAc	gGc	2	2		0.111111
M	190	D190A	gAc	gCc	1	2		0.055556
M	190	D190A	gAC	gCT	1	2		0.055556
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	AE.8	0.000978
M	190	D190E	gaC	gaA	2	2	AY.102	0.000053
M	190	D190N	Gac	Aac	2	2	AY.103	0.000012
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	AY.106	0.00067
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	AY.113	0.000285
M	190	D190E	gaC	gaA	2	2	AY.119	0.000071
M	190	D190E	gaC	gaA	2	2	AY.120	0.000074
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	AY.121	0.000271
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	AY.24	0.000862
M	190	D190E	gaC	gaA	2	2	AY.25	0.000012
M	190	D190N	Gac	Aac	2	2	AY.25	0.000012
M	190	D190A	gAc	gCc	2	2	AY.25	0.000012
M	190	D190E	gaC	gaA	2	2	AY.4.2.1	0.000298
M	190	D190N	Gac	Aac	2	2	AY.43	0.000009
M	190	D190E	gaC	gaA	2	2	AY.45	0.000243
M	190	D190del1	gAc	g-c	2	2	AY.52	0.001629
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	AY.62	0.000871
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	AY.78	0.003082
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	AY.85	0.000854
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	AY.92	0.000575
M	190	D190Y	Gac	Tac	2	2	B	0.000256
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.1.133	0.016949
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.1.153	0.002191
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.1.214	0.000111
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.1.288	0.003831
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.1.306	0.000877
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.1.316	0.00185
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.1.453	0.016949
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.1.462	0.017241
M	190	D190Y	Gac	Tac	2	2	B.1.1.7	0.000002
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.1.70	0.000682
M	190	D190del1	gAc	g-c	2	2	B.1.160	0.000062
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.177.4	0.000422
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.177.44	0.001038
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.177.53	0.004785
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.177.81	0.000379
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.177.86	0.000367
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.239	0.002442
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.240	0.000431
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.260	0.006689
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.349	0.00143
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.351.2	0.000605
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.36.16	0.002849
M	190	D190E	gaC	gaG	2	2	B.1.36.18	0.00084
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.36.19	0.018519
M	190	D190D	gaC	gaT	2	2	B.1.375	0.001639
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CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.