CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = M : CodonNum = 161

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
M	161	I161I		syn	atC	atT	30690	30607	0.997296	27003-27005
M	161	I161I		syn	atC	atA	30690	83	0.00270446	27003-27005
M	161	I161V		nonsyn	Atc	Gtc	247	247	1	27003-27005
M	161	I161del		del	ATC	---	138	138	1	27003-27005
M	161	I161L		nonsyn	Atc	Ctc	71	71	1	27003-27005
M	161	I161F		nonsyn	Atc	Ttc	30	30	1	27003-27005
M	161	I161M		nonsyn	atC	atG	27	27	1	27003-27005
M	161	I161T		nonsyn	aTc	aCc	14	14	1	27003-27005
M	161	I161del1		del	AtC	Gt-	5	2	0.4	27003-27005
M	161	I161del1		del	Atc	-tc	5	1	0.2	27003-27005
M	161	I161del1		del	aTC	aC-	5	1	0.2	27003-27005
M	161	I161del1		del	atC	at-	5	1	0.2	27003-27005
M	161	I161S		nonsyn	aTc	aGc	2	2	1	27003-27005
M	161	I161G		nonsyn	ATc	GGc	1	1	1	27003-27005

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
M	161	I161I	atC	atT	30607	30690	All	0.005854
M	161	I161I	atC	atA	83	30690	All	0.000016
M	161	I161I	atC	atT	15679	15679	AY.103	0.097352
M	161	I161I	atC	atT	6174	6175	AY.4	0.009609
M	161	I161I	atC	atA	1	6175	AY.4	0.000002
M	161	I161I	atC	atT	1432	1432	AY.65	0.763326
M	161	I161I	atC	atT	1429	1429	AY.64	0.850595
M	161	I161I	atC	atT	969	977	B.1.1.7	0.000867
M	161	I161I	atC	atA	8	977	B.1.1.7	0.000007
M	161	I161I	atC	atT	781	781	B.1.617.2	0.002941
M	161	I161I	atC	atT	548	548	B.1.1.153	0.600219
M	161	I161I	atC	atT	372	372	AY.44	0.002264
M	161	I161I	atC	atT	340	340	AY.39	0.008402
M	161	I161V	Atc	Gtc	247	247	All	0.000047
M	161	I161I	atC	atT	203	203	AY.43	0.000899
M	161	I161I	atC	atT	185	186	B.1.2	0.001629
M	161	I161I	atC	atA	1	186	B.1.2	0.000009
M	161	I161I	atC	atT	145	147	B.1	0.001328
M	161	I161I	atC	atA	2	147	B.1	0.000018
M	161	I161del	ATC	---	138	138	All	0.000026
M	161	I161I	atC	atT	126	127	AY.23	0.008788
M	161	I161I	atC	atA	1	127	AY.23	0.00007
M	161	I161I	atC	atT	123	125	P.1	0.001938
M	161	I161I	atC	atA	2	125	P.1	0.000032
M	161	I161del	ATC	---	118	118	B.1.177.21	0.009023
M	161	I161I	atC	atT	116	116	AY.87	0.096586
M	161	I161V	Atc	Gtc	110	110	B.1.1.7	0.000098
M	161	I161I	atC	atT	98	98	AY.3	0.000975
M	161	I161I	atC	atT	93	97	AY.25	0.000559
M	161	I161I	atC	atA	4	97	AY.25	0.000024
M	161	I161I	atC	atT	87	87	B.1.177	0.001146
M	161	I161I	atC	atT	82	82	AY.29	0.001293
M	161	I161L	Atc	Ctc	71	71	All	0.000014
M	161	I161I	atC	atT	66	66	AY.46	0.006869
M	161	I161L	Atc	Ctc	64	64	B.1.1.318	0.019312
M	161	I161I	atC	atT	58	58	B.1.1.519	0.002303
M	161	I161I	atC	atT	53	53	B.1.429	0.001247
M	161	I161I	atC	atT	51	51	AY.47	0.001586
M	161	I161I	atC	atT	51	51	B.1.258	0.003394
M	161	I161I	atC	atT	50	50	AY.20	0.001943
M	161	I161I	atC	atA	48	49	B.1.396	0.033874
M	161	I161I	atC	atT	1	49	B.1.396	0.000706
M	161	I161I	atC	atT	47	47	B.1.1	0.000853
M	161	I161I	atC	atT	41	41	AY.117	0.003465
M	161	I161I	atC	atT	41	41	B.1.177.77	0.029775
M	161	I161I	atC	atT	39	39	AY.61	0.004086
M	161	I161I	atC	atT	36	36	AY.102	0.000955
M	161	I161I	atC	atT	34	34	AA.5	0.548387
M	161	I161I	atC	atT	31	31	AY.45	0.003772
M	161	I161F	Atc	Ttc	30	30	All	0.000006
M	161	I161I	atC	atT	28	28	AY.13	0.004507
M	161	I161I	atC	atT	28	28	B.1.351	0.000832
M	161	I161M	atC	atG	27	27	All	0.000005
M	161	I161I	atC	atT	27	27	B.1.177.21	0.002065
M	161	I161I	atC	atT	26	26	AY.5	0.000537
M	161	I161I	atC	atT	26	26	B.1.318	1
M	161	I161V	Atc	Gtc	25	25	AY.44	0.000152
M	161	I161I	atC	atT	24	24	B.1.177.18	0.027842
M	161	I161I	atC	atT	23	23	B.1.1.67	0.105023
M	161	I161I	atC	atT	19	19	AY.33	0.001269
M	161	I161I	atC	atT	19	19	B.1.234	0.002507
M	161	I161V	Atc	Gtc	18	18	AY.7	0.003528
M	161	I161I	atC	atT	18	18	B.1.160	0.000561
M	161	I161I	atC	atT	18	18	B.1.526	0.000423
M	161	I161I	atC	atT	16	16	AY.119	0.000565
M	161	I161I	atC	atT	16	16	B.1.243	0.001113
M	161	I161I	atC	atT	16	16	C.37	0.001857
M	161	I161I	atC	atT	16	16	P.1.7	0.005109
M	161	I161I	atC	atT	15	15	AY.42	0.000603
M	161	I161I	atC	atT	15	15	P.1.14	0.000717
M	161	I161T	aTc	aCc	14	14	All	0.000003
M	161	I161V	Atc	Gtc	14	14	AY.4	0.000022
M	161	I161I	atC	atT	14	14	B.1.177.86	0.002568
M	161	I161I	atC	atT	14	14	B.1.221.1	0.040698
M	161	I161I	atC	atT	13	13	AY.120	0.000483
M	161	I161del	ATC	---	13	13	B.1.1.7	0.000012
M	161	I161I	atC	atT	13	13	B.1.36.29	0.006725
M	161	I161I	atC	atT	13	13	B.1.596	0.001133
M	161	I161I	atC	atT	12	12	AY.34	0.001164
M	161	I161I	atC	atT	12	12	AY.4.2	0.00026
M	161	I161I	atC	atT	12	12	B.1.177.50	0.056338
M	161	I161I	atC	atA	7	12	B.1.36	0.001021
M	161	I161I	atC	atT	5	12	B.1.36	0.00073
M	161	I161I	atC	atT	12	12	Q.1	0.001516
M	161	I161I	atC	atT	11	11	AY.100	0.000506
M	161	I161I	atC	atT	11	11	AY.85	0.004699
M	161	I161I	atC	atT	10	10	AY.29.1	0.002205
M	161	I161I	atC	atT	10	10	AY.75	0.00056
M	161	I161I	atC	atT	10	10	AY.84	0.004374
M	161	I161I	atC	atT	10	10	AY.9.2	0.000367
M	161	I161I	atC	atT	10	10	B	0.001278
M	161	I161I	atC	atT	10	10	B.1.382	0.089286
M	161	I161I	atC	atT	9	9	AY.7.1	0.001014
M	161	I161I	atC	atT	9	9	AY.98.1	0.000436
M	161	I161I	atC	atT	9	9	B.1.221	0.000639
M	161	I161V	Atc	Gtc	9	9	B.1.617.2	0.000034
M	161	I161I	atC	atT	9	9	B.10	0.07438
M	161	I161I	atC	atT	8	8	AY.39.1	0.000317
M	161	I161I	atC	atT	8	8	AY.46.6	0.000578
M	161	I161I	atC	atT	8	8	B.1.637	0.000585
M	161	I161I	atC	atT	8	8	P.1.15	0.001859
M	161	I161I	atC	atT	8	8	P.2	0.001493
M	161	I161I	atC	atT	7	7	AY.118	0.000439
M	161	I161I	atC	atT	7	7	AY.24	0.003017
M	161	I161I	atC	atT	7	7	AY.35	0.001631
M	161	I161V	Atc	Gtc	7	7	AY.46.4	0.001152
M	161	I161V	Atc	Gtc	7	7	AY.9.2	0.000257
M	161	I161I	atC	atT	7	7	AY.98	0.000553
M	161	I161F	Atc	Ttc	7	7	B.1.1.7	0.000006
M	161	I161I	atC	atT	7	7	B.1.160.9	0.05036
M	161	I161I	atC	atT	7	7	B.1.258.17	0.000728
M	161	I161I	atC	atT	7	7	B.1.621	0.00062
M	161	I161I	atC	atT	6	6	AY.16.1	0.00282
M	161	I161F	Atc	Ttc	6	6	AY.4	0.000009
M	161	I161V	Atc	Gtc	6	6	AY.43	0.000027
M	161	I161I	atC	atT	6	6	AY.55	0.005505
M	161	I161I	atC	atT	6	6	AY.92	0.001724
M	161	I161I	atC	atT	6	6	B.1.1.27	0.033898
M	161	I161I	atC	atT	6	6	B.1.564	0.002555
M	161	I161del1	AtC	Gt-	2	5	All	0
M	161	I161del1	Atc	-tc	1	5	All	0
M	161	I161del1	aTC	aC-	1	5	All	0
M	161	I161del1	atC	at-	1	5	All	0
M	161	I161F	Atc	Ttc	5	5	AY.103	0.000031
M	161	I161V	Atc	Gtc	5	5	AY.25	0.00003
M	161	I161I	atC	atT	5	5	AY.4.5	0.000537
M	161	I161I	atC	atT	5	5	AY.5.3	0.001687
M	161	I161I	atC	atT	5	5	AY.60	0.00469
M	161	I161I	atC	atT	5	5	AY.67	0.002321
M	161	I161I	atC	atT	5	5	B.1.1.28	0.001556
M	161	I161I	atC	atT	5	5	B.1.1.286	0.014493
M	161	I161I	atC	atT	5	5	B.1.239	0.006105
M	161	I161I	atC	atA	3	5	B.1.351.2	0.000908
M	161	I161I	atC	atT	2	5	B.1.351.2	0.000605
M	161	I161I	atC	atT	4	5	B.1.427	0.000202
M	161	I161I	atC	atA	1	5	B.1.427	0.00005
M	161	I161I	atC	atT	5	5	B.1.466.2	0.001956
M	161	I161I	atC	atT	5	5	D.2	0.000375
M	161	I161I	atC	atT	4	4	A.2.5	0.001996
M	161	I161I	atC	atT	4	4	AY.110	0.000451
M	161	I161I	atC	atT	4	4	AY.116	0.001147
M	161	I161I	atC	atT	4	4	AY.120.1	0.001284
M	161	I161I	atC	atT	4	4	AY.26	0.000113
M	161	I161I	atC	atT	4	4	AY.27	0.000259
M	161	I161V	Atc	Gtc	4	4	AY.29	0.000063
M	161	I161I	atC	atT	3	4	B.1.1.214	0.000166
M	161	I161I	atC	atA	1	4	B.1.1.214	0.000055
M	161	I161I	atC	atT	4	4	B.1.1.318	0.001207
M	161	I161I	atC	atT	4	4	B.1.349	0.002859
M	161	I161I	atC	atT	4	4	B.1.400	0.001716
M	161	I161I	atC	atT	3	3	AY.105	0.001929
M	161	I161I	atC	atT	3	3	AY.3.1	0.000256
M	161	I161V	Atc	Gtc	3	3	AY.41	0.000882
M	161	I161del1	AtC	Gt-	2	3	AY.44	0.000012
M	161	I161del1	aTC	aC-	1	3	AY.44	0.000006
M	161	I161I	atC	atT	3	3	AY.46.1	0.00308
M	161	I161I	atC	atT	3	3	AY.46.4	0.000494
M	161	I161T	aTc	aCc	3	3	AY.61	0.000314
M	161	I161I	atC	atT	3	3	AY.75.1	0.000541
M	161	I161I	atC	atT	3	3	AY.82	0.004071
M	161	I161I	atC	atT	3	3	AY.99	0.003148
M	161	I161M	atC	atG	3	3	B.1.1	0.000054
M	161	I161I	atC	atT	3	3	B.1.1.317	0.001235
M	161	I161I	atC	atT	3	3	B.1.1.389	0.018182
M	161	I161I	atC	atT	3	3	B.1.1.432	0.003797
M	161	I161I	atC	atT	3	3	B.1.1.63	0.001157
M	161	I161T	aTc	aCc	3	3	B.1.1.7	0.000003
M	161	I161V	Atc	Gtc	3	3	B.1.160	0.000094
M	161	I161I	atC	atT	3	3	B.1.177.17	0.002463
M	161	I161I	atC	atT	3	3	B.1.177.46	0.002755
M	161	I161I	atC	atT	3	3	B.1.177.57	0.000843
M	161	I161I	atC	atT	3	3	B.1.177.60	0.000655
M	161	I161I	atC	atT	3	3	B.1.206	0.002447
M	161	I161I	atC	atT	3	3	B.1.389	0.003006
M	161	I161I	atC	atT	3	3	C.32	0.069767
M	161	I161L	Atc	Ctc	3	3	P.1	0.000047
M	161	I161I	atC	atT	3	3	Q.7	0.003333
M	161	I161S	aTc	aGc	2	2	All	0
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.10	0.00106
M	161	I161M	atC	atG	2	2	AY.103	0.000012
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.108	0.002205
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.111	0.000366
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.121	0.000271
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.16	0.000759
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.19	0.002281
M	161	I161F	Atc	Ttc	2	2	AY.26	0.000057
M	161	I161V	Atc	Gtc	2	2	AY.27	0.000129
M	161	I161V	Atc	Gtc	2	2	AY.30	0.000791
M	161	I161M	atC	atG	2	2	AY.4	0.000003
M	161	I161T	aTc	aCc	2	2	AY.4	0.000003
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.4.4	0.000818
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.41	0.000588
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.46.5	0.000397
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.48	0.00093
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.54	0.000191
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.58	0.001815
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.68	0.000547
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.7	0.000392
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.73	0.001331
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.78	0.003082
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.9	0.000135
M	161	I161I	atC	atT	2	2	AY.93	0.000546
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.1.231	0.006192
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.1.241	0.004141
M	161	I161M	atC	atG	2	2	B.1.1.318	0.000604
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.1.354	0.008772
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.1.448	0.004065
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.110.3	0.001437
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.147	0.001512
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.177.12	0.000303
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.177.43	0.002954
M	161	I161V	Atc	Gtc	2	2	B.1.2	0.000018
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.210	0.004264
M	161	I161V	Atc	Gtc	2	2	B.1.240	0.000431
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.258.11	0.000793
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.332	0.006993
M	161	I161M	atC	atG	2	2	B.1.351	0.000059
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.36.8	0.002
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.362	0.003082
M	161	I161V	Atc	Gtc	2	2	B.1.409	0.001563
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.426	0.002018
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.460	0.035714
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.474	0.003802
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.525	0.000226
M	161	I161V	Atc	Gtc	2	2	B.1.526	0.000047
M	161	I161M	atC	atG	2	2	B.1.580	0.00813
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.595	0.000522
M	161	I161I	atC	atT	2	2	B.1.609	0.000959
M	161	I161M	atC	atG	2	2	B.1.631	0.006734
M	161	I161I	atC	atT	2	2	C.36	0.001821
M	161	I161M	atC	atG	2	2	P.1	0.000032
M	161	I161F	Atc	Ttc	2	2	P.2	0.000373
M	161	I161I	atC	atT	2	2	Q.8	0.00033
M	161	I161L	Atc	Ctc	1	1		0.055556
M	161	I161F	Atc	Ttc	1	1		0.055556
M	161	I161L	Atc	Ctc	1	1	A.2	0.000662
M	161	I161I	atC	atT	1	1	A.2	0.000662
M	161	I161I	atC	atT	1	1	A.23.1	0.000704
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AD.2	0.000219
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AE.5	0.018519
M	161	I161G	ATc	GGc	1	1	All	0
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.1	0.000396
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.100	0.000046
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.104	0.001984
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.106	0.000335
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.107	0.000466
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.107	0.000466
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.113	0.000142
M	161	I161del1	Atc	-tc	1	1	AY.120	0.000037
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.13	0.000161
M	161	I161F	Atc	Ttc	1	1	AY.25	0.000006
M	161	I161T	aTc	aCc	1	1	AY.25	0.000006
M	161	I161del	ATC	---	1	1	AY.26	0.000028
M	161	I161F	Atc	Ttc	1	1	AY.3	0.00001
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.3	0.00001
M	161	I161M	atC	atG	1	1	AY.3	0.00001
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.30	0.000396
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.37	0.000316
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.39	0.000025
M	161	I161M	atC	atG	1	1	AY.4.2	0.000022
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.4.2.1	0.000149
M	161	I161S	aTc	aGc	1	1	AY.44	0.000006
M	161	I161F	Atc	Ttc	1	1	AY.44	0.000006
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.46.2	0.000635
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.46.3	0.000934
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.46.6	0.000072
M	161	I161M	atC	atG	1	1	AY.5	0.000021
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.5	0.000021
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.5.4	0.000277
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.5.4	0.000277
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.51	0.000909
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.56	0.001605
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.57	0.000656
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.6	0.000041
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.6	0.000041
M	161	I161M	atC	atG	1	1	AY.65	0.000533
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.7.2	0.000559
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.70	0.000209
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.71	0.000475
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.74	0.000116
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.8	0.000606
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.88	0.000884
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.9.1	0.000084
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.9.1	0.000084
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AY.96	0.002075
M	161	I161L	Atc	Ctc	1	1	AY.98.1	0.000048
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	AY.99.2	0.000092
M	161	I161I	atC	atT	1	1	AZ.5	0.003509
M	161	I161T	aTc	aCc	1	1	B	0.000128
M	161	I161del	ATC	---	1	1	B	0.000128
M	161	I161del	ATC	---	1	1	B.1	0.000009
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	B.1	0.000009
M	161	I161T	aTc	aCc	1	1	B.1.1	0.000018
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	B.1.1	0.000018
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.139	0.022727
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.161	0.003534
M	161	I161I	atC	atA	1	1	B.1.1.163	0.007634
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.176	0.000439
M	161	I161M	atC	atG	1	1	B.1.1.189	0.001513
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.216	0.00089
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.221	0.010101
M	161	I161del	ATC	---	1	1	B.1.1.221	0.010101
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.277	0.000759
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.279	0.001121
M	161	I161M	atC	atG	1	1	B.1.1.284	0.000107
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.296	0.018182
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.306	0.000438
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.312	0.001912
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.34	0.013158
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.369	0.000446
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.371	0.010417
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.372	0.000689
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.39	0.00051
M	161	I161del	ATC	---	1	1	B.1.1.420	0.001006
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.44	0.00241
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.464	0.001473
M	161	I161T	aTc	aCc	1	1	B.1.1.467	0.019231
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.47	0.005348
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.1.50	0.000679
M	161	I161S	aTc	aGc	1	1	B.1.1.7	0.000001
M	161	I161L	Atc	Ctc	1	1	B.1.1.70	0.000341
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.111	0.001175
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.149	0.003425
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.151	0.011111
M	161	I161M	atC	atG	1	1	B.1.177	0.000013
M	161	I161del1	atC	at-	1	1	B.1.177.21	0.000076
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.177.35	0.000691
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.177.37	0.027027
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.177.44	0.000519
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	B.1.177.54	0.000606
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.177.65	0.000665
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.177.74	0.015152
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.177.79	0.002342
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.177.82	0.000477
M	161	I161F	Atc	Ttc	1	1	B.1.2	0.000009
M	161	I161M	atC	atG	1	1	B.1.2	0.000009
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.214	0.003663
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.214.2	0.0006
M	161	I161M	atC	atG	1	1	B.1.221	0.000071
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.221.4	0.004167
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.229	0.009709
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.240	0.000216
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.243.1	0.022222
M	161	I161del	ATC	---	1	1	B.1.258.11	0.000396
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.258.22	0.002667
M	161	I161F	Atc	Ttc	1	1	B.1.258.3	0.001675
M	161	I161M	atC	atG	1	1	B.1.308	0.034483
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.344	0.008197
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	B.1.351	0.00003
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.36.1	0.00114
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.36.31	0.001751
M	161	I161I	atC	atA	1	1	B.1.36.35	0.002604
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	B.1.362	0.001541
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	B.1.362.2	0.004717
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.371	0.001122
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.380	0.006623
M	161	I161del	ATC	---	1	1	B.1.427	0.00005
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	B.1.429	0.000024
M	161	I161F	Atc	Ttc	1	1	B.1.429	0.000024
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	B.1.517	0.000427
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.523	0.002451
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.546	0.003704
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.558	0.004566
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.561	0.000397
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.565	0.00081
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.575	0.000303
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.592	0.04
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	B.1.595	0.000261
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.600	0.005848
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.617.1	0.000129
M	161	I161G	ATc	GGc	1	1	B.1.617.2	0.000004
M	161	I161I	atC	atA	1	1	B.1.620	0.000946
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.632	0.006711
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	B.1.637	0.000073
M	161	I161I	atC	atA	1	1	B.1.78	0.008547
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.9	0.006173
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.1.94	0.027027
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.28	0.003279
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.39	0.002331
M	161	I161I	atC	atT	1	1	B.43	0.014286
M	161	I161I	atC	atT	1	1	C.1.2	0.004255
M	161	I161I	atC	atT	1	1	C.16	0.00106
M	161	I161I	atC	atT	1	1	C.35	0.000774
M	161	I161I	atC	atT	1	1	C.36.3	0.000567
M	161	I161I	atC	atT	1	1	C.36.3.1	0.002717
M	161	I161F	Atc	Ttc	1	1	C.37	0.000116
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	D.2	0.000075
M	161	I161T	aTc	aCc	1	1	D.2	0.000075
M	161	I161I	atC	atT	1	1	N.9	0.005952
M	161	I161I	atC	atT	1	1	P.1.12	0.000484
M	161	I161V	Atc	Gtc	1	1	P.1.14	0.000048
M	161	I161I	atC	atT	1	1	P.1.8	0.004785
M	161	I161I	atC	atT	1	1	P.7	0.004367
M	161	I161I	atC	atT	1	1	Q.3	0.000145
M	161	I161I	atC	atT	1	1	Q.4	0.000455
M	161	I161T	aTc	aCc	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.