CoV-GLUE | Mutations | Mutation
Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):
ORF | CodonNum | Mut | ORF1abMut | MutType | RefCodon | MutCodon | AACount | CodonCount | CodonProp | Genome Position |
M | 160 | D160D | syn | gaC | gaT | 6188 | 6188 | 1 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160Y | nonsyn | Gac | Tac | 298 | 298 | 1 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160del | del | GAC | --- | 140 | 140 | 1 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160G | nonsyn | gAc | gGc | 48 | 47 | 0.979167 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160G | nonsyn | gAC | gGG | 48 | 1 | 0.0208333 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160E | nonsyn | gaC | gaA | 43 | 22 | 0.511628 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160E | nonsyn | gaC | gaG | 43 | 21 | 0.488372 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160N | nonsyn | Gac | Aac | 14 | 13 | 0.928571 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160N | nonsyn | GaC | AaT | 14 | 1 | 0.0714286 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160A | nonsyn | gAc | gCc | 12 | 12 | 1 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160H | nonsyn | Gac | Cac | 7 | 6 | 0.857143 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160H | nonsyn | GaC | CaT | 7 | 1 | 0.142857 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160V | nonsyn | gAc | gTc | 6 | 6 | 1 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160F | nonsyn | GAc | TTc | 1 | 1 | 1 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160del2 | del | GAc | --c | 1 | 1 | 1 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160S | nonsyn | GAc | AGc | 1 | 1 | 1 | 27000-27002 | |
M | 160 | D160C | nonsyn | GAc | TGc | 1 | 1 | 1 | 27000-27002 |
Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):
ORF | CodonNum | Mut | RefCodon | MutCodon | CodonCount | AACount | Lineage | LineageCodonProp |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 6188 | 6188 | All | 0.001184 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 880 | 880 | B.1.1.7 | 0.000788 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 519 | 519 | B.1.1.288 | 0.994253 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 346 | 346 | AY.103 | 0.002148 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 315 | 315 | B.1.621 | 0.027884 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 298 | 298 | All | 0.000057 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 263 | 263 | AY.4 | 0.000409 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 258 | 258 | AU.1 | 0.326582 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 250 | 250 | B.1.177.20 | 0.379363 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 250 | 250 | B.1.2 | 0.002201 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 237 | 237 | B.1.617.2 | 0.000892 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 184 | 184 | B.1.1.294 | 0.232911 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 178 | 178 | AY.23 | 0.012415 |
M | 160 | D160del | GAC | --- | 140 | 140 | All | 0.000027 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 138 | 138 | AY.43 | 0.000611 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 137 | 137 | AY.25 | 0.000824 |
M | 160 | D160del | GAC | --- | 118 | 118 | B.1.177.21 | 0.009023 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 117 | 117 | B.1.1.391 | 1 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 112 | 112 | B.1.1.214 | 0.006211 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 108 | 108 | AY.9.1 | 0.009042 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 100 | 100 | B.1.177.21 | 0.007647 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 94 | 94 | B.1 | 0.000861 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 80 | 80 | AY.44 | 0.000487 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 78 | 78 | AY.114 | 0.018026 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 71 | 71 | AY.46.6 | 0.005127 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 70 | 70 | P.1 | 0.001103 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 66 | 66 | B.1.1 | 0.001197 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 59 | 59 | AY.4.2 | 0.00128 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 47 | 48 | All | 0.000009 |
M | 160 | D160G | gAC | gGG | 1 | 48 | All | 0 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 45 | 45 | AY.4 | 0.00007 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 44 | 44 | AY.39 | 0.001087 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 22 | 43 | All | 0.000004 |
M | 160 | D160E | gaC | gaG | 21 | 43 | All | 0.000004 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 43 | 43 | B.1.351 | 0.001278 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 41 | 41 | B.1.1.519 | 0.001628 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 41 | 41 | B.1.1.7 | 0.000037 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 38 | 38 | B.1.637 | 0.002777 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 37 | 37 | AY.3 | 0.000368 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 34 | 34 | B.1.617.2 | 0.000128 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 33 | 33 | B.1.221 | 0.002344 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 29 | 29 | B.1.1.450 | 1 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 26 | 26 | AY.30 | 0.010289 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 25 | 25 | AY.26 | 0.000708 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 24 | 24 | P.1.14 | 0.001147 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 23 | 23 | B.1.429 | 0.000541 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 21 | 21 | B.1.243 | 0.001461 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 18 | 18 | AY.5.4 | 0.004981 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 18 | 18 | B.1.258.3 | 0.030151 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 18 | 18 | B.1.596 | 0.001568 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 16 | 16 | AS.2 | 0.25 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 16 | 16 | B.1.160.28 | 0.046784 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 16 | 16 | B.1.240 | 0.003449 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 15 | 15 | AY.88 | 0.013263 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 15 | 15 | B.1.177.35 | 0.010366 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 15 | 15 | B.1.617.1 | 0.001934 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 13 | 14 | All | 0.000002 |
M | 160 | D160N | GaC | AaT | 1 | 14 | All | 0 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 14 | 14 | AY.102 | 0.000371 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 14 | 14 | AY.110 | 0.001578 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 14 | 14 | AY.42 | 0.000563 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 14 | 14 | AY.61 | 0.001467 |
M | 160 | D160del | GAC | --- | 14 | 14 | B.1.1.7 | 0.000013 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 14 | 14 | B.1.160 | 0.000437 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 14 | 14 | B.1.2 | 0.000123 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 13 | 13 | B.1.1.70 | 0.004434 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 13 | 13 | B.1.177 | 0.000171 |
M | 160 | D160A | gAc | gCc | 12 | 12 | All | 0.000002 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 12 | 12 | AY.119 | 0.000424 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 12 | 12 | AY.43 | 0.000053 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 11 | 12 | AY.44 | 0.000067 |
M | 160 | D160G | gAC | gGG | 1 | 12 | AY.44 | 0.000006 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 12 | 12 | AY.94 | 0.005312 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 12 | 12 | B.1.177.2 | 0.054545 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 12 | 12 | B.1.177.60 | 0.002621 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 11 | 11 | AY.100 | 0.000506 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 11 | 11 | AY.12 | 0.003477 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 11 | 11 | AY.93 | 0.003004 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 11 | 11 | B.1.577 | 0.00756 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 10 | 10 | AY.113 | 0.001424 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 10 | 10 | AY.39.1 | 0.000396 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 10 | 10 | AY.46.2 | 0.006353 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 10 | 10 | B.1.1.517 | 0.068027 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 10 | 10 | B.1.409 | 0.007812 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 9 | 9 | AY.20 | 0.00035 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 9 | 9 | B.1 | 0.000082 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 9 | 9 | B.1.1.298 | 0.007759 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 9 | 9 | P.3 | 0.014354 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 8 | 8 | AY.120 | 0.000297 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 8 | 8 | AY.121 | 0.001083 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 8 | 8 | AY.14 | 0.000704 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 8 | 8 | AY.3 | 0.00008 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 8 | 8 | B.1.1.1 | 0.002614 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 8 | 8 | B.1.1.318 | 0.002414 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 8 | 8 | B.1.1.521 | 0.042781 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 8 | 8 | B.1.36 | 0.001167 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 8 | 8 | B.1.436 | 0.00823 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 8 | 8 | B.1.526 | 0.000188 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 8 | 8 | Q.8 | 0.001319 |
M | 160 | D160H | Gac | Cac | 6 | 7 | All | 0.000001 |
M | 160 | D160H | GaC | CaT | 1 | 7 | All | 0 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 7 | 7 | AY.29 | 0.00011 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 7 | 7 | AY.6 | 0.000288 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 7 | 7 | AY.9.2 | 0.000257 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 7 | 7 | B.1.1.216 | 0.006233 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 7 | 7 | B.1.1.33 | 0.002946 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 7 | 7 | B.1.2 | 0.000062 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 7 | 7 | C.37 | 0.000812 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 7 | 7 | Q.1 | 0.000884 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 6 | 6 | A | 0.002322 |
M | 160 | D160V | gAc | gTc | 6 | 6 | All | 0.000001 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 6 | 6 | AY.3.1 | 0.000512 |
M | 160 | D160E | gaC | gaG | 6 | 6 | AY.44 | 0.000037 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 6 | 6 | AY.44 | 0.000037 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 6 | 6 | AY.45 | 0.00073 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 6 | 6 | AY.46 | 0.000624 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 6 | 6 | AY.51 | 0.005455 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 6 | 6 | AY.98.1 | 0.000291 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 6 | 6 | B.1.258 | 0.000399 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | AY.29 | 0.000079 |
M | 160 | D160E | gaC | gaG | 4 | 5 | AY.4 | 0.000006 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 1 | 5 | AY.4 | 0.000002 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | AY.4.5 | 0.000537 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | AY.47 | 0.000156 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | AY.65 | 0.002665 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | AY.84 | 0.002187 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | B.1.1.300 | 0.053763 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 5 | 5 | B.1.177 | 0.000066 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | B.1.36.38 | 0.00821 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | B.1.427 | 0.000252 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | B.1.438.1 | 0.000536 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | B.1.466.2 | 0.001956 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | C.36.3 | 0.002836 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | P.1.15 | 0.001162 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 5 | 5 | P.2 | 0.000933 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 4 | 4 | AY.103 | 0.000025 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 4 | 4 | AY.3 | 0.00004 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | AY.33 | 0.000267 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 4 | 4 | AY.4 | 0.000006 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | AY.46.5 | 0.000794 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | AY.5 | 0.000083 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 4 | 4 | AY.5 | 0.000083 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | AY.58 | 0.00363 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | AY.75.1 | 0.000721 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | B.1.1.263 | 0.006231 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | B.1.1.433 | 0.005698 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 2 | 4 | B.1.1.7 | 0.000002 |
M | 160 | D160E | gaC | gaG | 2 | 4 | B.1.1.7 | 0.000002 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | B.1.177.73 | 0.002265 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | B.1.177.77 | 0.002905 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | B.1.177.81 | 0.000757 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | B.1.234 | 0.000528 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 4 | 4 | B.1.422 | 0.003249 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 4 | 4 | B.1.76 | 0.045455 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 4 | 4 | P.1.13 | 0.003594 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | AD.2 | 0.000657 |
M | 160 | D160E | gaC | gaG | 2 | 3 | AY.102 | 0.000053 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 1 | 3 | AY.102 | 0.000027 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 3 | 3 | AY.107 | 0.001398 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | AY.107 | 0.001398 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | AY.109 | 0.002219 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 3 | 3 | AY.120 | 0.000112 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 3 | 3 | AY.20 | 0.000117 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | AY.27 | 0.000194 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | AY.32 | 0.001597 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 3 | 3 | AY.39 | 0.000074 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 3 | 3 | AY.46 | 0.000312 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | AY.54 | 0.000286 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | AY.85 | 0.001282 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | AY.91 | 0.002191 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 3 | 3 | B.1.1 | 0.000054 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | B.1.1.222 | 0.000612 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | B.1.1.306 | 0.001315 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | B.1.1.434 | 0.001046 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | B.1.177.16 | 0.001993 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | B.1.177.7 | 0.000495 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 3 | 3 | B.1.351 | 0.000089 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | B.1.36.29 | 0.001552 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | B.1.377 | 0.013699 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | B.1.400 | 0.001287 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 3 | 3 | B.1.429 | 0.000071 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | B.1.595 | 0.000783 |
M | 160 | D160E | gaC | gaG | 3 | 3 | B.1.617.2 | 0.000011 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 3 | 3 | C.4 | 0.03 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 3 | 3 | P.1 | 0.000047 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 3 | 3 | P.2 | 0.00056 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 3 | 3 | Q.1 | 0.000379 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 2 | 2 | 0.111111 | |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | A.23.1 | 0.001408 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.101 | 0.000981 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 2 | 2 | AY.102 | 0.000053 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.106 | 0.00067 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.117 | 0.000169 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.118 | 0.000125 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.13 | 0.000322 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.16 | 0.000759 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 2 | 2 | AY.23.1 | 0.000835 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 2 | 2 | AY.25 | 0.000012 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 2 | 2 | AY.26 | 0.000057 |
M | 160 | D160E | gaC | gaG | 2 | 2 | AY.27 | 0.000129 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.36 | 0.000296 |
M | 160 | D160H | Gac | Cac | 2 | 2 | AY.4 | 0.000003 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.4.2.1 | 0.000298 |
M | 160 | D160A | gAc | gCc | 2 | 2 | AY.44 | 0.000012 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 2 | 2 | AY.5.4 | 0.000553 |
M | 160 | D160A | gAc | gCc | 2 | 2 | AY.6 | 0.000082 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.62 | 0.000871 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.67 | 0.000929 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.70 | 0.000417 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.91.1 | 0.00813 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.96 | 0.004149 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | AY.99.2 | 0.000184 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 2 | 2 | B.1.1 | 0.000036 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.1.133 | 0.016949 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.1.153 | 0.002191 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.1.189 | 0.003026 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.1.203 | 0.033898 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.1.319 | 0.035088 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.1.417 | 0.005405 |
M | 160 | D160A | gAc | gCc | 2 | 2 | B.1.1.7 | 0.000002 |
M | 160 | D160H | GaC | CaT | 1 | 2 | B.1.1.7 | 0.000001 |
M | 160 | D160H | Gac | Cac | 1 | 2 | B.1.1.7 | 0.000001 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 2 | 2 | B.1.1.70 | 0.000682 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.126 | 0.002551 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 2 | 2 | B.1.160.8 | 0.002577 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.177.54 | 0.001213 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.177.57 | 0.000562 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.177.6 | 0.001953 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 2 | 2 | B.1.177.73 | 0.001133 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.223 | 0.005556 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.258.17 | 0.000208 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.320 | 0.002491 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 2 | 2 | B.1.351 | 0.000059 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.351.2 | 0.000605 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.36.1 | 0.002281 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.36.18 | 0.00084 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.445 | 0.023529 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 2 | 2 | B.1.526 | 0.000047 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.546 | 0.007407 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.564 | 0.000852 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.600 | 0.011696 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.1.609 | 0.000959 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 2 | 2 | B.1.617.1 | 0.000258 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 2 | 2 | B.1.617.2 | 0.000008 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 2 | 2 | B.1.623 | 0.001073 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | B.11 | 0.010256 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | C.35 | 0.001548 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 2 | 2 | D.2 | 0.00015 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | D.5 | 0.00995 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | P.1.16 | 0.000748 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 2 | 2 | R.1 | 0.00018 |
M | 160 | D160F | GAc | TTc | 1 | 1 | 0.055556 | |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 1 | 1 | 0.055556 | |
M | 160 | D160C | GAc | TGc | 1 | 1 | 0.055556 | |
M | 160 | D160V | gAc | gTc | 1 | 1 | 0.055556 | |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | A | 0.000387 |
M | 160 | D160C | GAc | TGc | 1 | 1 | All | 0 |
M | 160 | D160F | GAc | TTc | 1 | 1 | All | 0 |
M | 160 | D160S | GAc | AGc | 1 | 1 | All | 0 |
M | 160 | D160del2 | GAc | --c | 1 | 1 | All | 0 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.100 | 0.000046 |
M | 160 | D160A | gAc | gCc | 1 | 1 | AY.103 | 0.000006 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.104 | 0.001984 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.105 | 0.000643 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 1 | 1 | AY.107 | 0.000466 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.108 | 0.001103 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.111 | 0.000183 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.113 | 0.000142 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.117 | 0.000085 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
M | 160 | D160A | gAc | gCc | 1 | 1 | AY.119 | 0.000035 |
M | 160 | D160del | GAC | --- | 1 | 1 | AY.120 | 0.000037 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.120.2 | 0.001285 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.13 | 0.000161 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.14 | 0.000088 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.16.1 | 0.00047 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 1 | 1 | AY.23 | 0.00007 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
M | 160 | D160V | gAc | gTc | 1 | 1 | AY.25 | 0.000006 |
M | 160 | D160del | GAC | --- | 1 | 1 | AY.26 | 0.000028 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.27 | 0.000065 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 1 | 1 | AY.3 | 0.00001 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.34 | 0.000097 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.34.1 | 0.00051 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.37 | 0.000316 |
M | 160 | D160E | gaC | gaG | 1 | 1 | AY.39 | 0.000025 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.39.2 | 0.001541 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 1 | 1 | AY.4 | 0.000002 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.4.3 | 0.000842 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.4.5 | 0.000107 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.40 | 0.000964 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.41 | 0.000294 |
M | 160 | D160E | gaC | gaG | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 1 | 1 | AY.43 | 0.000004 |
M | 160 | D160S | GAc | AGc | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
M | 160 | D160N | GaC | AaT | 1 | 1 | AY.44 | 0.000006 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 1 | 1 | AY.46.4 | 0.000165 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.46.6 | 0.000072 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.54 | 0.000095 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.55 | 0.000917 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 1 | 1 | AY.57 | 0.000656 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.6 | 0.000041 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.61 | 0.000105 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.65 | 0.000533 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.67 | 0.000464 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.68 | 0.000274 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.7 | 0.000196 |
M | 160 | D160del2 | GAc | --c | 1 | 1 | AY.71 | 0.000475 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.74 | 0.000116 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.75 | 0.000056 |
M | 160 | D160V | gAc | gTc | 1 | 1 | AY.75.1 | 0.00018 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.81 | 0.001992 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.82 | 0.001357 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.9 | 0.000068 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.9.2 | 0.000037 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.90 | 0.000684 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.93 | 0.000273 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.97 | 0.001701 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.97 | 0.001701 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | AY.99 | 0.001049 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | AY.99.1 | 0.001553 |
M | 160 | D160del | GAC | --- | 1 | 1 | B | 0.000128 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B | 0.000128 |
M | 160 | D160V | gAc | gTc | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
M | 160 | D160del | GAC | --- | 1 | 1 | B.1 | 0.000009 |
M | 160 | D160V | gAc | gTc | 1 | 1 | B.1.1 | 0.000018 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.1.141 | 0.002012 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.161 | 0.003534 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.209 | 0.008929 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.210 | 0.005714 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.1.216 | 0.00089 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.219 | 0.005 |
M | 160 | D160del | GAC | --- | 1 | 1 | B.1.1.221 | 0.010101 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.236 | 0.006897 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.240 | 0.004695 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.28 | 0.000311 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.284 | 0.000107 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.299 | 0.012195 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.305 | 0.003861 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.1.306 | 0.000438 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.316 | 0.000925 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.317 | 0.000412 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.326 | 0.001761 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 1 | 1 | B.1.1.326 | 0.001761 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.348 | 0.000796 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.354 | 0.004386 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.362 | 0.005618 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.372 | 0.000689 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.1.372 | 0.000689 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.373 | 0.02381 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.383 | 0.0625 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.385 | 0.004464 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 1 | 1 | B.1.1.39 | 0.00051 |
M | 160 | D160del | GAC | --- | 1 | 1 | B.1.1.420 | 0.001006 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.432 | 0.001266 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.44 | 0.00241 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.466 | 0.008696 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.51 | 0.001718 |
M | 160 | D160H | Gac | Cac | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 1 | 1 | B.1.1.519 | 0.00004 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.523 | 0.001563 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 1 | 1 | B.1.1.7 | 0.000001 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.1.71 | 0.006061 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.110.3 | 0.000718 |
M | 160 | D160A | gAc | gCc | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
M | 160 | D160V | gAc | gTc | 1 | 1 | B.1.160 | 0.000031 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.160.17 | 0.001701 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.177.12 | 0.000152 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 1 | 1 | B.1.177.21 | 0.000076 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.177.42 | 0.000894 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.177.43 | 0.001477 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.177.44 | 0.000519 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.177.45 | 0.000381 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.177.54 | 0.000606 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.177.60 | 0.000218 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.177.65 | 0.000665 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 1 | 1 | B.1.177.7 | 0.000165 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.177.73 | 0.000566 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
M | 160 | D160H | Gac | Cac | 1 | 1 | B.1.2 | 0.000009 |
M | 160 | D160A | gAc | gCc | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.221 | 0.000071 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.23 | 0.006061 |
M | 160 | D160H | Gac | Cac | 1 | 1 | B.1.23 | 0.006061 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.239 | 0.001221 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 1 | 1 | B.1.240 | 0.000216 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.258 | 0.000067 |
M | 160 | D160del | GAC | --- | 1 | 1 | B.1.258.11 | 0.000396 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.258.22 | 0.002667 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
M | 160 | D160A | gAc | gCc | 1 | 1 | B.1.260 | 0.003344 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.284 | 0.013158 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.301 | 0.005917 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.313 | 0.006579 |
M | 160 | D160G | gAc | gGc | 1 | 1 | B.1.344 | 0.008197 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.349 | 0.000715 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.36.22 | 0.001208 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.36.29 | 0.000517 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.375 | 0.00082 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.391 | 0.001127 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.393 | 0.028571 |
M | 160 | D160E | gaC | gaA | 1 | 1 | B.1.409 | 0.000781 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.416.1 | 0.001563 |
M | 160 | D160del | GAC | --- | 1 | 1 | B.1.427 | 0.00005 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.438.1 | 0.000107 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.471 | 0.002732 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.498 | 0.020408 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.509 | 0.000866 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.523 | 0.002451 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.525 | 0.000113 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.560 | 0.00463 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.576 | 0.000907 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.582 | 0.000491 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.595 | 0.000261 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.596 | 0.000087 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.1.619.1 | 0.000641 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.620 | 0.000946 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.623 | 0.000536 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.628 | 0.000352 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.1.632 | 0.006711 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.43 | 0.014286 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | B.57 | 0.015152 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.6 | 0.00091 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | B.6.6 | 0.000889 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | C.16 | 0.00106 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | C.9 | 0.030303 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | N.5 | 0.001767 |
M | 160 | D160A | gAc | gCc | 1 | 1 | P.1 | 0.000016 |
M | 160 | D160D | gaC | gaT | 1 | 1 | P.1.12 | 0.000484 |
M | 160 | D160N | Gac | Aac | 1 | 1 | P.1.15 | 0.000232 |
M | 160 | D160Y | Gac | Tac | 1 | 1 | Q.1 | 0.000126 |
CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk
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