CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = E : CodonNum = 74

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
E	74	L74L		syn	Ctg	Ttg	21122	20188	0.955781	26464-26466
E	74	L74L		syn	ctG	ctT	21122	483	0.0228672	26464-26466
E	74	L74L		syn	ctG	ctA	21122	233	0.0110312	26464-26466
E	74	L74L		syn	ctG	ctC	21122	217	0.0102736	26464-26466
E	74	L74L		syn	CtG	TtA	21122	1	0.000047344	26464-26466
E	74	L74P		nonsyn	cTg	cCg	165	162	0.981818	26464-26466
E	74	L74P		nonsyn	cTG	cCT	165	2	0.0121212	26464-26466
E	74	L74P		nonsyn	cTG	cCC	165	1	0.00606061	26464-26466
E	74	L74M		nonsyn	Ctg	Atg	164	164	1	26464-26466
E	74	L74V		nonsyn	Ctg	Gtg	81	48	0.592593	26464-26466
E	74	L74V		nonsyn	CtG	GtT	81	28	0.345679	26464-26466
E	74	L74V		nonsyn	CtG	GtA	81	4	0.0493827	26464-26466
E	74	L74V		nonsyn	CtG	GtC	81	1	0.0123457	26464-26466
E	74	L74del		del	CTG	---	40	40	1	26464-26466
E	74	L74Q		nonsyn	cTg	cAg	35	34	0.971429	26464-26466
E	74	L74Q		nonsyn	cTG	cAA	35	1	0.0285714	26464-26466
E	74	L74del1		del	ctG	ct-	15	7	0.466667	26464-26466
E	74	L74del1		del	Ctg	-tg	15	4	0.266667	26464-26466
E	74	L74del1		del	CtG	Tt-	15	2	0.133333	26464-26466
E	74	L74del1		del	cTg	c-g	15	1	0.0666667	26464-26466
E	74	L74del1		del	CtG	-tN	15	1	0.0666667	26464-26466
E	74	L74F		nonsyn	CtG	TtC	11	7	0.636364	26464-26466
E	74	L74F		nonsyn	CtG	TtT	11	4	0.363636	26464-26466
E	74	L74I		nonsyn	CtG	AtT	8	8	1	26464-26466
E	74	L74R		nonsyn	cTg	cGg	4	4	1	26464-26466
E	74	L74S		nonsyn	CTg	TCg	4	2	0.5	26464-26466
E	74	L74S		nonsyn	CTG	TCC	4	1	0.25	26464-26466
E	74	L74S		nonsyn	CTG	TCT	4	1	0.25	26464-26466
E	74	L74E		nonsyn	CTg	GAg	2	1	0.5	26464-26466
E	74	L74E		nonsyn	CTG	GAA	2	1	0.5	26464-26466
E	74	L74T		nonsyn	CTg	ACg	2	1	0.5	26464-26466
E	74	L74T		nonsyn	CTG	ACT	2	1	0.5	26464-26466
E	74	L74H		nonsyn	cTG	cAC	1	1	1	26464-26466
E	74	L74del2		del	CTg	--g	1	1	1	26464-26466

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
E	74	L74L	Ctg	Ttg	20188	21122	All	0.003861
E	74	L74L	ctG	ctT	483	21122	All	0.000092
E	74	L74L	ctG	ctA	233	21122	All	0.000045
E	74	L74L	ctG	ctC	217	21122	All	0.000042
E	74	L74L	CtG	TtA	1	21122	All	0
E	74	L74L	Ctg	Ttg	13053	13206	B.1.1.7	0.011685
E	74	L74L	ctG	ctT	107	13206	B.1.1.7	0.000096
E	74	L74L	ctG	ctC	32	13206	B.1.1.7	0.000029
E	74	L74L	ctG	ctA	14	13206	B.1.1.7	0.000013
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1359	1369	B.1.1	0.024654
E	74	L74L	ctG	ctT	6	1369	B.1.1	0.000109
E	74	L74L	ctG	ctA	3	1369	B.1.1	0.000054
E	74	L74L	ctG	ctC	1	1369	B.1.1	0.000018
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1197	1234	AY.103	0.007432
E	74	L74L	ctG	ctA	16	1234	AY.103	0.000099
E	74	L74L	ctG	ctT	12	1234	AY.103	0.000075
E	74	L74L	ctG	ctC	9	1234	AY.103	0.000056
E	74	L74L	Ctg	Ttg	920	1007	AY.4	0.001432
E	74	L74L	ctG	ctC	46	1007	AY.4	0.000072
E	74	L74L	ctG	ctA	23	1007	AY.4	0.000036
E	74	L74L	ctG	ctT	18	1007	AY.4	0.000028
E	74	L74L	Ctg	Ttg	288	306	B.1.617.2	0.001084
E	74	L74L	ctG	ctA	10	306	B.1.617.2	0.000038
E	74	L74L	ctG	ctT	6	306	B.1.617.2	0.000023
E	74	L74L	ctG	ctC	2	306	B.1.617.2	0.000008
E	74	L74L	Ctg	Ttg	236	239	B.1.1.519	0.009372
E	74	L74L	ctG	ctT	2	239	B.1.1.519	0.000079
E	74	L74L	ctG	ctC	1	239	B.1.1.519	0.00004
E	74	L74L	Ctg	Ttg	230	230	B.1.1.227	1
E	74	L74L	Ctg	Ttg	153	186	AY.44	0.000931
E	74	L74L	ctG	ctT	13	186	AY.44	0.000079
E	74	L74L	ctG	ctC	12	186	AY.44	0.000073
E	74	L74L	ctG	ctA	8	186	AY.44	0.000049
E	74	L74P	cTg	cCg	162	165	All	0.000031
E	74	L74P	cTG	cCT	2	165	All	0
E	74	L74P	cTG	cCC	1	165	All	0
E	74	L74M	Ctg	Atg	164	164	All	0.000031
E	74	L74L	Ctg	Ttg	144	164	B.1.2	0.001268
E	74	L74L	ctG	ctC	11	164	B.1.2	0.000097
E	74	L74L	ctG	ctT	7	164	B.1.2	0.000062
E	74	L74L	ctG	ctA	2	164	B.1.2	0.000018
E	74	L74L	Ctg	Ttg	97	154	B.1	0.000888
E	74	L74L	ctG	ctT	47	154	B.1	0.00043
E	74	L74L	ctG	ctA	6	154	B.1	0.000055
E	74	L74L	ctG	ctC	4	154	B.1	0.000037
E	74	L74L	Ctg	Ttg	124	153	AY.43	0.000549
E	74	L74L	ctG	ctT	22	153	AY.43	0.000097
E	74	L74L	ctG	ctC	5	153	AY.43	0.000022
E	74	L74L	ctG	ctA	2	153	AY.43	0.000009
E	74	L74L	Ctg	Ttg	141	148	B.1.258	0.009383
E	74	L74L	ctG	ctC	7	148	B.1.258	0.000466
E	74	L74L	ctG	ctT	129	131	B.1.609	0.061841
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	131	B.1.609	0.000479
E	74	L74L	ctG	ctC	1	131	B.1.609	0.000479
E	74	L74L	Ctg	Ttg	104	126	AY.25	0.000626
E	74	L74L	ctG	ctC	12	126	AY.25	0.000072
E	74	L74L	ctG	ctA	8	126	AY.25	0.000048
E	74	L74L	ctG	ctT	2	126	AY.25	0.000012
E	74	L74L	Ctg	Ttg	117	118	B.1.243	0.008141
E	74	L74L	ctG	ctC	1	118	B.1.243	0.00007
E	74	L74L	Ctg	Ttg	85	94	AY.3	0.000845
E	74	L74L	ctG	ctA	4	94	AY.3	0.00004
E	74	L74L	ctG	ctC	4	94	AY.3	0.00004
E	74	L74L	ctG	ctT	1	94	AY.3	0.00001
E	74	L74L	Ctg	Ttg	89	93	P.1	0.001402
E	74	L74L	ctG	ctA	2	93	P.1	0.000032
E	74	L74L	ctG	ctC	1	93	P.1	0.000016
E	74	L74L	ctG	ctT	1	93	P.1	0.000016
E	74	L74V	Ctg	Gtg	48	81	All	0.000009
E	74	L74V	CtG	GtT	28	81	All	0.000005
E	74	L74V	CtG	GtA	4	81	All	0.000001
E	74	L74V	CtG	GtC	1	81	All	0
E	74	L74L	Ctg	Ttg	80	81	B.1.177	0.001053
E	74	L74L	ctG	ctT	1	81	B.1.177	0.000013
E	74	L74L	ctG	ctA	60	75	AY.26	0.001699
E	74	L74L	Ctg	Ttg	8	75	AY.26	0.000226
E	74	L74L	ctG	ctT	5	75	AY.26	0.000142
E	74	L74L	ctG	ctC	2	75	AY.26	0.000057
E	74	L74L	Ctg	Ttg	71	71	AY.113	0.01011
E	74	L74L	Ctg	Ttg	70	71	AY.13	0.011269
E	74	L74L	ctG	ctT	1	71	AY.13	0.000161
E	74	L74L	Ctg	Ttg	67	69	AY.119	0.002366
E	74	L74L	ctG	ctA	2	69	AY.119	0.000071
E	74	L74L	Ctg	Ttg	62	64	P.1.15	0.014405
E	74	L74L	ctG	ctT	2	64	P.1.15	0.000465
E	74	L74L	Ctg	Ttg	62	62	AY.33	0.00414
E	74	L74L	Ctg	Ttg	58	58	B.1.1.338	1
E	74	L74L	Ctg	Ttg	54	54	B.1.1.522	0.931034
E	74	L74L	Ctg	Ttg	53	53	B.1.1.336	0.883333
E	74	L74L	Ctg	Ttg	43	47	AY.29	0.000678
E	74	L74L	ctG	ctC	2	47	AY.29	0.000032
E	74	L74L	ctG	ctA	2	47	AY.29	0.000032
E	74	L74L	Ctg	Ttg	47	47	AY.39.1	0.001862
E	74	L74L	Ctg	Ttg	43	44	AY.32	0.022897
E	74	L74L	ctG	ctA	1	44	AY.32	0.000532
E	74	L74P	cTg	cCg	43	43	B.1.1.7	0.000038
E	74	L74del	CTG	---	40	40	All	0.000008
E	74	L74L	Ctg	Ttg	37	39	AY.39	0.000914
E	74	L74L	ctG	ctT	1	39	AY.39	0.000025
E	74	L74L	ctG	ctA	1	39	AY.39	0.000025
E	74	L74L	Ctg	Ttg	37	37	B.1.623	0.01985
E	74	L74L	Ctg	Ttg	27	36	AY.102	0.000716
E	74	L74L	ctG	ctT	5	36	AY.102	0.000133
E	74	L74L	ctG	ctA	2	36	AY.102	0.000053
E	74	L74L	CtG	TtA	1	36	AY.102	0.000027
E	74	L74L	ctG	ctC	1	36	AY.102	0.000027
E	74	L74Q	cTg	cAg	34	35	All	0.000007
E	74	L74Q	cTG	cAA	1	35	All	0
E	74	L74M	Ctg	Atg	35	35	B.1.2	0.000308
E	74	L74M	Ctg	Atg	34	34	D.2	0.002551
E	74	L74L	Ctg	Ttg	32	32	AY.46.6	0.002311
E	74	L74L	Ctg	Ttg	31	32	AY.5	0.00064
E	74	L74L	ctG	ctC	1	32	AY.5	0.000021
E	74	L74L	ctG	ctA	29	30	AY.27	0.001877
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	30	AY.27	0.000065
E	74	L74L	Ctg	Ttg	30	30	B.1.1.269	0.040595
E	74	L74L	Ctg	Ttg	29	29	Q.1	0.003663
E	74	L74L	Ctg	Ttg	15	27	C.37	0.001741
E	74	L74L	ctG	ctT	12	27	C.37	0.001393
E	74	L74L	Ctg	Ttg	25	26	B.1.221	0.001776
E	74	L74L	ctG	ctC	1	26	B.1.221	0.000071
E	74	L74L	ctG	ctT	23	24	AY.9.1	0.001926
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	24	AY.9.1	0.000084
E	74	L74L	Ctg	Ttg	24	24	B.1.214.2	0.014388
E	74	L74L	Ctg	Ttg	22	22	B.1.1.228	0.067073
E	74	L74L	Ctg	Ttg	18	22	B.1.160	0.000561
E	74	L74L	ctG	ctC	2	22	B.1.160	0.000062
E	74	L74L	ctG	ctT	2	22	B.1.160	0.000062
E	74	L74P	cTg	cCg	21	21	B.1.351	0.000624
E	74	L74L	Ctg	Ttg	17	20	AY.100	0.000782
E	74	L74L	ctG	ctT	2	20	AY.100	0.000092
E	74	L74L	ctG	ctC	1	20	AY.100	0.000046
E	74	L74L	Ctg	Ttg	18	18	B.1.1.1	0.00588
E	74	L74V	Ctg	Gtg	12	18	B.1.1.7	0.000011
E	74	L74V	CtG	GtT	4	18	B.1.1.7	0.000004
E	74	L74V	CtG	GtA	2	18	B.1.1.7	0.000002
E	74	L74L	Ctg	Ttg	17	18	B.1.258.17	0.001768
E	74	L74L	ctG	ctA	1	18	B.1.258.17	0.000104
E	74	L74L	Ctg	Ttg	17	17	B.1.1.319	0.298246
E	74	L74L	Ctg	Ttg	16	17	B.1.526	0.000376
E	74	L74L	ctG	ctA	1	17	B.1.526	0.000024
E	74	L74L	Ctg	Ttg	12	16	AY.23	0.000837
E	74	L74L	ctG	ctT	4	16	AY.23	0.000279
E	74	L74L	Ctg	Ttg	16	16	AY.91	0.011687
E	74	L74L	Ctg	Ttg	15	16	AY.99.2	0.001382
E	74	L74L	ctG	ctT	1	16	AY.99.2	0.000092
E	74	L74M	Ctg	Atg	16	16	B.1.1.7	0.000014
E	74	L74del1	ctG	ct-	7	15	All	0.000001
E	74	L74del1	Ctg	-tg	4	15	All	0.000001
E	74	L74del1	CtG	Tt-	2	15	All	0
E	74	L74del1	CtG	-tN	1	15	All	0
E	74	L74del1	cTg	c-g	1	15	All	0
E	74	L74L	Ctg	Ttg	15	15	AY.116.1	0.004671
E	74	L74L	Ctg	Ttg	11	15	AY.4.2	0.000239
E	74	L74L	ctG	ctT	2	15	AY.4.2	0.000043
E	74	L74L	ctG	ctA	2	15	AY.4.2	0.000043
E	74	L74L	Ctg	Ttg	12	15	P.1.14	0.000574
E	74	L74L	ctG	ctT	1	15	P.1.14	0.000048
E	74	L74L	ctG	ctC	1	15	P.1.14	0.000048
E	74	L74L	ctG	ctA	1	15	P.1.14	0.000048
E	74	L74L	Ctg	Ttg	12	14	AY.20	0.000466
E	74	L74L	ctG	ctC	1	14	AY.20	0.000039
E	74	L74L	ctG	ctT	1	14	AY.20	0.000039
E	74	L74L	Ctg	Ttg	10	14	AY.47	0.000311
E	74	L74L	ctG	ctT	3	14	AY.47	0.000093
E	74	L74L	ctG	ctA	1	14	AY.47	0.000031
E	74	L74L	Ctg	Ttg	14	14	B.1.400	0.006006
E	74	L74L	Ctg	Ttg	14	14	R.1	0.00126
E	74	L74L	Ctg	Ttg	11	13	AY.9	0.000744
E	74	L74L	ctG	ctT	1	13	AY.9	0.000068
E	74	L74L	ctG	ctC	1	13	AY.9	0.000068
E	74	L74L	Ctg	Ttg	13	13	P.1.1	0.00413
E	74	L74P	cTg	cCg	12	12	AY.4	0.000019
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E	74	L74V	Ctg	Gtg	1	2	B.1	0.000009
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E	74	L74S	CTG	TCT	1	2	B.1	0.000009
E	74	L74P	cTg	cCg	1	2	B.1	0.000009
E	74	L74P	cTG	cCT	1	2	B.1	0.000009
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E	74	L74del	CTG	---	1	1	B.1.36	0.000146
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E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.36.31	0.001751
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.360	0.012658
E	74	L74L	ctG	ctC	1	1	B.1.366	0.004878
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.380	0.006623
E	74	L74L	ctG	ctT	1	1	B.1.382	0.008929
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.391	0.001127
E	74	L74M	Ctg	Atg	1	1	B.1.396	0.000706
E	74	L74L	ctG	ctA	1	1	B.1.396	0.000706
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.409	0.000781
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.415.1	0.007576
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.416	0.001269
E	74	L74V	Ctg	Gtg	1	1	B.1.416	0.001269
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.497	0.000315
E	74	L74P	cTg	cCg	1	1	B.1.497	0.000315
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.499	0.00105
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.524	0.001406
E	74	L74del1	ctG	ct-	1	1	B.1.525	0.000113
E	74	L74del	CTG	---	1	1	B.1.526	0.000024
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.538	0.008065
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.546	0.003704
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.561	0.000397
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.581	0.009434
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.582	0.000491
E	74	L74del1	ctG	ct-	1	1	B.1.590	0.004545
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.600	0.005848
E	74	L74V	CtG	GtT	1	1	B.1.609	0.000479
E	74	L74V	Ctg	Gtg	1	1	B.1.617.1	0.000129
E	74	L74del	CTG	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
E	74	L74Q	cTg	cAg	1	1	B.1.617.2	0.000004
E	74	L74F	CtG	TtT	1	1	B.1.617.2	0.000004
E	74	L74del1	ctG	ct-	1	1	B.1.617.2	0.000004
E	74	L74V	Ctg	Gtg	1	1	B.1.619	0.000871
E	74	L74L	ctG	ctT	1	1	B.1.619	0.000871
E	74	L74V	Ctg	Gtg	1	1	B.1.621	0.000089
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.621.1	0.000506
E	74	L74del	CTG	---	1	1	B.1.627	0.00202
E	74	L74del	CTG	---	1	1	B.1.638	0.052632
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.1.9.4	0.006135
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.23	0.002924
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.35	0.007812
E	74	L74L	ctG	ctC	1	1	B.39	0.002331
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.40	0.000364
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.58	0.010204
E	74	L74M	Ctg	Atg	1	1	B.6	0.00091
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	B.6	0.00091
E	74	L74del1	CtG	Tt-	1	1	C.35	0.000774
E	74	L74V	Ctg	Gtg	1	1	D.2	0.000075
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	K.2	0.04
E	74	L74M	Ctg	Atg	1	1	P.1	0.000016
E	74	L74F	CtG	TtC	1	1	P.1.1	0.000318
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	P.1.10.1	0.00813
E	74	L74P	cTg	cCg	1	1	P.1.12	0.000484
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	P.1.13	0.000898
E	74	L74del	CTG	---	1	1	P.1.13	0.000898
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	P.1.4	0.000977
E	74	L74del	CTG	---	1	1	P.1.7	0.000319
E	74	L74V	Ctg	Gtg	1	1	P.2	0.000187
E	74	L74M	Ctg	Atg	1	1	P.2	0.000187
E	74	L74L	Ctg	Ttg	1	1	P.3	0.001595
E	74	L74P	cTg	cCg	1	1	Q.1	0.000126

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.