CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = E : CodonNum = 72

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
E	72	D72Y		nonsyn	Gat	Tat	3467	3466	0.999712	26458-26460
E	72	D72Y		nonsyn	GaT	TaC	3467	1	0.000288434	26458-26460
E	72	D72G		nonsyn	gAt	gGt	1204	1203	0.999169	26458-26460
E	72	D72G		nonsyn	gAT	gGA	1204	1	0.000830565	26458-26460
E	72	D72D		syn	gaT	gaC	188	188	1	26458-26460
E	72	D72N		nonsyn	Gat	Aat	156	155	0.99359	26458-26460
E	72	D72N		nonsyn	GaT	AaC	156	1	0.00641026	26458-26460
E	72	D72A		nonsyn	gAt	gCt	124	123	0.991935	26458-26460
E	72	D72A		nonsyn	gAT	gCG	124	1	0.00806452	26458-26460
E	72	D72V		nonsyn	gAt	gTt	87	83	0.954023	26458-26460
E	72	D72V		nonsyn	gAT	gTA	87	3	0.0344828	26458-26460
E	72	D72V		nonsyn	gAT	gTC	87	1	0.0114943	26458-26460
E	72	D72del1		del	gAt	g-t	81	77	0.950617	26458-26460
E	72	D72del1		del	GAt	-Gt	81	3	0.037037	26458-26460
E	72	D72del1		del	Gat	-at	81	1	0.0123457	26458-26460
E	72	D72del		del	GAT	---	61	61	1	26458-26460
E	72	D72E		nonsyn	gaT	gaG	33	29	0.878788	26458-26460
E	72	D72E		nonsyn	gaT	gaA	33	4	0.121212	26458-26460
E	72	D72H		nonsyn	Gat	Cat	31	31	1	26458-26460
E	72	D72F		nonsyn	GAt	TTt	5	4	0.8	26458-26460
E	72	D72F		nonsyn	GAT	TTC	5	1	0.2	26458-26460
E	72	D72X		nonsyn	GaT	TaA	3	2	0.666667	26458-26460
E	72	D72X		nonsyn	GAT	TGA	3	1	0.333333	26458-26460
E	72	D72C		nonsyn	GAt	TGt	2	2	1	26458-26460
E	72	D72del2		del	GAT	--N	2	2	1	26458-26460
E	72	D72I		nonsyn	GAt	ATt	2	1	0.5	26458-26460
E	72	D72I		nonsyn	GAT	ATC	2	1	0.5	26458-26460
E	72	D72L		nonsyn	GAT	TTA	1	1	1	26458-26460
E	72	D72S		nonsyn	GAt	TCt	1	1	1	26458-26460

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
E	72	D72Y	Gat	Tat	3466	3467	All	0.000663
E	72	D72Y	GaT	TaC	1	3467	All	0
E	72	D72G	gAt	gGt	1203	1204	All	0.00023
E	72	D72G	gAT	gGA	1	1204	All	0
E	72	D72Y	Gat	Tat	767	767	AY.43	0.003398
E	72	D72G	gAt	gGt	763	763	B.1.2	0.006719
E	72	D72Y	Gat	Tat	429	429	B.1.1	0.007782
E	72	D72Y	Gat	Tat	199	199	B.1.1.7	0.000178
E	72	D72D	gaT	gaC	188	188	All	0.000036
E	72	D72Y	Gat	Tat	185	185	AY.4	0.000288
E	72	D72N	Gat	Aat	155	156	All	0.00003
E	72	D72N	GaT	AaC	1	156	All	0
E	72	D72Y	Gat	Tat	137	137	AY.4.5	0.014726
E	72	D72A	gAt	gCt	123	124	All	0.000024
E	72	D72A	gAT	gCG	1	124	All	0
E	72	D72Y	Gat	Tat	124	124	AY.42	0.004989
E	72	D72Y	Gat	Tat	108	108	AY.7.2	0.060403
E	72	D72D	gaT	gaC	99	99	B.1.543	0.99
E	72	D72Y	Gat	Tat	98	98	AY.88	0.086649
E	72	D72V	gAt	gTt	83	87	All	0.000016
E	72	D72V	gAT	gTA	3	87	All	0.000001
E	72	D72V	gAT	gTC	1	87	All	0
E	72	D72Y	Gat	Tat	85	85	AY.46	0.008847
E	72	D72Y	Gat	Tat	85	85	AY.46.1	0.087269
E	72	D72Y	Gat	Tat	84	84	AY.61	0.008801
E	72	D72del1	gAt	g-t	77	81	All	0.000015
E	72	D72del1	GAt	-Gt	3	81	All	0.000001
E	72	D72del1	Gat	-at	1	81	All	0
E	72	D72Y	Gat	Tat	81	81	AY.98.1	0.003923
E	72	D72Y	Gat	Tat	73	73	AY.5.4	0.020199
E	72	D72del1	gAt	g-t	66	66	B.1.1.7	0.000059
E	72	D72del	GAT	---	61	61	All	0.000012
E	72	D72Y	Gat	Tat	59	59	B.1.595.1	0.345029
E	72	D72Y	Gat	Tat	57	57	AY.34	0.005527
E	72	D72Y	Gat	Tat	57	57	AY.39	0.001409
E	72	D72G	gAt	gGt	47	47	B.1	0.00043
E	72	D72Y	Gat	Tat	47	47	B.1.526	0.001105
E	72	D72N	Gat	Aat	46	46	B.1.2	0.000405
E	72	D72G	gAt	gGt	44	44	B.1.497	0.01385
E	72	D72Y	Gat	Tat	42	42	AY.71	0.019952
E	72	D72Y	Gat	Tat	41	41	B.1.617.2	0.000154
E	72	D72V	gAt	gTt	36	36	B.1.1.7	0.000032
E	72	D72G	gAt	gGt	35	35	B.1.1.7	0.000031
E	72	D72Y	Gat	Tat	34	34	AY.33	0.00227
E	72	D72Y	Gat	Tat	34	34	AY.46.6	0.002455
E	72	D72A	gAt	gCt	34	34	B.1.311	0.009336
E	72	D72E	gaT	gaG	29	33	All	0.000006
E	72	D72E	gaT	gaA	4	33	All	0.000001
E	72	D72H	Gat	Cat	31	31	All	0.000006
E	72	D72Y	Gat	Tat	31	31	B.1	0.000284
E	72	D72Y	Gat	Tat	29	29	AY.23	0.002023
E	72	D72Y	Gat	Tat	28	28	AY.75.1	0.005049
E	72	D72Y	Gat	Tat	28	28	AY.9.2	0.001028
E	72	D72D	gaT	gaC	24	24	AY.3	0.000239
E	72	D72G	gAt	gGt	23	23	AY.44	0.00014
E	72	D72Y	Gat	Tat	23	23	P.1	0.000362
E	72	D72G	gAt	gGt	22	22	AY.30	0.008706
E	72	D72H	Gat	Cat	22	22	B.1.250	0.318841
E	72	D72G	gAt	gGt	21	21	AY.4	0.000033
E	72	D72Y	Gat	Tat	21	21	B.1.2	0.000185
E	72	D72N	Gat	Aat	19	19	AE.8	0.009291
E	72	D72G	gAt	gGt	17	17	B.1.595	0.004436
E	72	D72N	Gat	Aat	17	17	B.1.617.2	0.000064
E	72	D72Y	Gat	Tat	17	17	P.1.1	0.0054
E	72	D72N	Gat	Aat	16	16	AY.4	0.000025
E	72	D72G	gAt	gGt	16	16	P.1	0.000252
E	72	D72Y	Gat	Tat	15	15	AY.9.1	0.001256
E	72	D72G	gAt	gGt	15	15	B.1.239	0.018315
E	72	D72G	gAt	gGt	15	15	B.1.596	0.001307
E	72	D72A	gAt	gCt	14	14	AY.4	0.000022
E	72	D72Y	Gat	Tat	14	14	AY.53	0.004025
E	72	D72G	gAt	gGt	14	14	B.1.1.294	0.017722
E	72	D72D	gaT	gaC	14	14	B.1.1.7	0.000013
E	72	D72G	gAt	gGt	14	14	B.1.470	0.019663
E	72	D72Y	Gat	Tat	14	14	C.36.3	0.007941
E	72	D72Y	Gat	Tat	13	13	AY.25	0.000078
E	72	D72Y	Gat	Tat	13	13	B.1.177.73	0.007361
E	72	D72Y	Gat	Tat	12	12	AY.120	0.000446
E	72	D72Y	Gat	Tat	12	12	AY.70	0.002502
E	72	D72Y	Gat	Tat	12	12	B.1.177.21	0.000918
E	72	D72Y	Gat	Tat	12	12	B.1.427	0.000606
E	72	D72V	gAt	gTt	11	11	AY.26	0.000311
E	72	D72Y	Gat	Tat	11	11	AY.68	0.003011
E	72	D72del	GAT	---	11	11	B.1	0.000101
E	72	D72A	gAt	gCt	11	11	B.1.1.7	0.00001
E	72	D72G	gAt	gGt	11	11	B.1.617.2	0.000041
E	72	D72Y	Gat	Tat	10	10	AY.103	0.000062
E	72	D72Y	Gat	Tat	10	10	AY.45	0.001217
E	72	D72Y	Gat	Tat	10	10	AY.62	0.004357
E	72	D72Y	Gat	Tat	10	10	B.1.177	0.000132
E	72	D72N	Gat	Aat	9	9	AY.100	0.000414
E	72	D72Y	Gat	Tat	9	9	AY.106	0.003014
E	72	D72Y	Gat	Tat	9	9	AY.44	0.000055
E	72	D72G	gAt	gGt	9	9	AY.5	0.000186
E	72	D72G	gAt	gGt	9	9	B.1.1.519	0.000357
E	72	D72A	gAt	gCt	8	8	AY.108	0.00882
E	72	D72G	gAt	gGt	8	8	AY.26	0.000226
E	72	D72Y	Gat	Tat	8	8	AY.36	0.001186
E	72	D72Y	Gat	Tat	8	8	AY.98	0.000632
E	72	D72Y	Gat	Tat	7	7	AY.111	0.001282
E	72	D72N	Gat	Aat	7	7	AY.39	0.000173
E	72	D72V	gAt	gTt	7	7	AY.4	0.000011
E	72	D72Y	Gat	Tat	7	7	AY.41	0.002058
E	72	D72Y	Gat	Tat	7	7	AY.92	0.002011
E	72	D72del	GAT	---	7	7	P.1	0.00011
E	72	D72Y	Gat	Tat	6	6	AY.102	0.000159
E	72	D72Y	Gat	Tat	6	6	AY.14	0.000528
E	72	D72N	Gat	Aat	6	6	AY.25	0.000036
E	72	D72V	gAt	gTt	6	6	AY.43	0.000027
E	72	D72Y	Gat	Tat	6	6	AY.58	0.005445
E	72	D72Y	Gat	Tat	6	6	B.1.1.161	0.021201
E	72	D72Y	Gat	Tat	6	6	B.1.1.519	0.000238
E	72	D72G	gAt	gGt	6	6	B.1.324	0.009631
E	72	D72Y	Gat	Tat	6	6	B.1.429	0.000141
E	72	D72D	gaT	gaC	6	6	B.1.596	0.000523
E	72	D72A	gAt	gCt	6	6	B.1.617.2	0.000023
E	72	D72Y	Gat	Tat	6	6	C.36	0.005464
E	72	D72V	gAt	gTt	2	5		0.111111
E	72	D72V	gAT	gTA	2	5		0.111111
E	72	D72V	gAT	gTC	1	5		0.055556
E	72	D72F	GAt	TTt	4	5	All	0.000001
E	72	D72F	GAT	TTC	1	5	All	0
E	72	D72G	gAt	gGt	5	5	AY.103	0.000031
E	72	D72G	gAt	gGt	5	5	AY.116.1	0.001557
E	72	D72Y	Gat	Tat	5	5	AY.20	0.000194
E	72	D72G	gAt	gGt	5	5	AY.43	0.000022
E	72	D72Y	Gat	Tat	5	5	AY.84	0.002187
E	72	D72G	gAt	gGt	5	5	B.1.1	0.000091
E	72	D72del	GAT	---	5	5	B.1.1.7	0.000004
E	72	D72Y	Gat	Tat	5	5	B.1.36.29	0.002587
E	72	D72G	gAt	gGt	5	5	B.1.416	0.006345
E	72	D72Y	Gat	Tat	5	5	B.1.525	0.000566
E	72	D72D	gaT	gaC	5	5	P.1	0.000079
E	72	D72E	gaT	gaG	5	5	P.1	0.000079
E	72	D72del	GAT	---	4	4		0.222222
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	4		0.166667
E	72	D72Y	GaT	TaC	1	4		0.055556
E	72	D72N	Gat	Aat	4	4	AY.102	0.000106
E	72	D72A	gAt	gCt	4	4	AY.25	0.000024
E	72	D72N	Gat	Aat	4	4	AY.43	0.000018
E	72	D72D	gaT	gaC	4	4	AY.46.2	0.002541
E	72	D72Y	Gat	Tat	4	4	AY.5	0.000083
E	72	D72Y	Gat	Tat	4	4	AY.65	0.002132
E	72	D72Y	Gat	Tat	4	4	B	0.000511
E	72	D72E	gaT	gaG	4	4	B.1	0.000037
E	72	D72N	Gat	Aat	4	4	B.1	0.000037
E	72	D72D	gaT	gaC	4	4	B.1.1.214	0.000222
E	72	D72Y	Gat	Tat	4	4	B.1.1.409	0.011331
E	72	D72Y	Gat	Tat	4	4	B.1.221	0.000284
E	72	D72Y	Gat	Tat	4	4	B.1.258	0.000266
E	72	D72Y	Gat	Tat	4	4	B.1.346	0.005242
E	72	D72Y	Gat	Tat	4	4	B.1.36	0.000584
E	72	D72del	GAT	---	4	4	P.1.15	0.000929
E	72	D72F	GAt	TTt	2	3		0.111111
E	72	D72F	GAT	TTC	1	3		0.055556
E	72	D72X	GaT	TaA	2	3	All	0
E	72	D72X	GAT	TGA	1	3	All	0
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	AY.10	0.00159
E	72	D72A	gAt	gCt	3	3	AY.103	0.000019
E	72	D72V	gAt	gTt	3	3	AY.103	0.000019
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	AY.118	0.000188
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	AY.29	0.000047
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	AY.3	0.00003
E	72	D72A	gAt	gCt	3	3	AY.3.1	0.000256
E	72	D72G	gAt	gGt	3	3	AY.3.1	0.000256
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	AY.38	0.001498
E	72	D72E	gaT	gaG	3	3	AY.4	0.000005
E	72	D72D	gaT	gaC	3	3	AY.4	0.000005
E	72	D72D	gaT	gaC	3	3	AY.43	0.000013
E	72	D72A	gAt	gCt	3	3	AY.43	0.000013
E	72	D72A	gAt	gCt	3	3	AY.44	0.000018
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	AY.51	0.002727
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	AY.54	0.000286
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	AY.73	0.001996
E	72	D72G	gAt	gGt	3	3	AY.85	0.001282
E	72	D72G	gAt	gGt	3	3	AY.98.1	0.000145
E	72	D72D	gaT	gaC	3	3	B.1	0.000027
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	B.1.1.267	0.030303
E	72	D72E	gaT	gaG	3	3	B.1.1.7	0.000003
E	72	D72D	gaT	gaC	3	3	B.1.177	0.00004
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	B.1.177.35	0.002073
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	B.1.177.75	0.003122
E	72	D72del1	gAt	g-t	3	3	B.1.177.82	0.001432
E	72	D72D	gaT	gaC	3	3	B.1.2	0.000026
E	72	D72X	GaT	TaA	2	3	B.1.221	0.000142
E	72	D72X	GAT	TGA	1	3	B.1.221	0.000071
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	B.1.311	0.000824
E	72	D72del1	GAt	-Gt	3	3	B.1.351	0.000089
E	72	D72G	gAt	gGt	3	3	B.1.36.29	0.001552
E	72	D72G	gAt	gGt	3	3	B.1.429	0.000071
E	72	D72A	gAt	gCt	3	3	B.1.525	0.000339
E	72	D72G	gAt	gGt	3	3	B.1.526	0.000071
E	72	D72Y	Gat	Tat	3	3	R.1	0.00027
E	72	D72I	GAT	ATC	1	2		0.055556
E	72	D72N	GaT	AaC	1	2		0.055556
E	72	D72N	Gat	Aat	1	2		0.055556
E	72	D72I	GAt	ATt	1	2		0.055556
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	A.27	0.003311
E	72	D72del2	GAT	--N	2	2	All	0
E	72	D72C	GAt	TGt	2	2	All	0
E	72	D72I	GAT	ATC	1	2	All	0
E	72	D72I	GAt	ATt	1	2	All	0
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	AY.100	0.000092
E	72	D72H	Gat	Cat	2	2	AY.102	0.000053
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	AY.108	0.002205
E	72	D72A	gAt	gCt	2	2	AY.117	0.000169
E	72	D72A	gAt	gCt	2	2	AY.20	0.000078
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	AY.23	0.000139
E	72	D72del	GAT	---	2	2	AY.25	0.000012
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	AY.25	0.000012
E	72	D72H	Gat	Cat	2	2	AY.25	0.000012
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	AY.26	0.000057
E	72	D72A	gAt	gCt	2	2	AY.3	0.00002
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	AY.37	0.000632
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	AY.39	0.000049
E	72	D72del	GAT	---	2	2	AY.4	0.000003
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	AY.4.2	0.000043
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	AY.42	0.00008
E	72	D72A	gAt	gCt	2	2	AY.42	0.00008
E	72	D72del	GAT	---	2	2	AY.43	0.000009
E	72	D72N	Gat	Aat	2	2	AY.44	0.000012
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	AY.47	0.000062
E	72	D72del1	gAt	g-t	2	2	AY.52	0.001629
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	AY.67	0.000929
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	AY.7	0.000392
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	AY.75	0.000112
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	AY.75	0.000112
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	AY.9	0.000135
E	72	D72A	gAt	gCt	2	2	AY.9	0.000135
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	AY.95	0.001522
E	72	D72V	gAt	gTt	2	2	B.1	0.000018
E	72	D72D	gaT	gaC	2	2	B.1.1	0.000036
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	B.1.1.222	0.000408
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.277	0.001517
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	B.1.1.284	0.000215
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.311	0.000716
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.370	0.025316
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	B.1.1.448	0.004065
E	72	D72A	gAt	gCt	2	2	B.1.1.519	0.000079
E	72	D72N	Gat	Aat	2	2	B.1.1.7	0.000002
E	72	D72del1	gAt	g-t	2	2	B.1.160	0.000062
E	72	D72N	Gat	Aat	2	2	B.1.177	0.000026
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	B.1.177	0.000026
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	B.1.177.52	0.003515
E	72	D72A	gAt	gCt	2	2	B.1.2	0.000018
E	72	D72E	gaT	gaG	2	2	B.1.2	0.000018
E	72	D72E	gaT	gaA	2	2	B.1.221	0.000142
E	72	D72V	gAT	gTA	1	2	B.1.221	0.000071
E	72	D72G	gAT	gGA	1	2	B.1.221	0.000071
E	72	D72V	gAt	gTt	1	2	B.1.221	0.000071
E	72	D72G	gAt	gGt	1	2	B.1.221	0.000071
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	B.1.236	0.004107
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	B.1.243	0.000139
E	72	D72V	gAt	gTt	2	2	B.1.36	0.000292
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	B.1.36.10	0.009569
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	B.1.497	0.00063
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	B.1.551	0.002581
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	B.1.577	0.001375
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	B.1.595	0.000522
E	72	D72A	gAt	gCt	2	2	B.1.619	0.001742
E	72	D72del	GAT	---	2	2	B.1.621	0.000177
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	B.1.637	0.000146
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	B.1.78	0.017094
E	72	D72G	gAt	gGt	2	2	C.37	0.000232
E	72	D72del	GAT	---	2	2	C.37	0.000232
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	C.37.1	0.005236
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	P.1.10	0.000539
E	72	D72Y	Gat	Tat	2	2	P.2	0.000373
E	72	D72C	GAt	TGt	1	1		0.055556
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1		0.055556
E	72	D72S	GAt	TCt	1	1		0.055556
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1		0.055556
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1		0.055556
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	A	0.000387
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	A.2.4	0.003367
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	A.23.1	0.000704
E	72	D72L	GAT	TTA	1	1	All	0
E	72	D72S	GAt	TCt	1	1	All	0
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	AY.1	0.000396
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.101	0.00049
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	AY.103	0.000006
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.104	0.001984
E	72	D72del	GAT	---	1	1	AY.108	0.001103
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.109	0.00074
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	AY.110	0.000113
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	AY.111	0.000183
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.114	0.000231
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.116	0.000287
E	72	D72del	GAT	---	1	1	AY.118	0.000063
E	72	D72del	GAT	---	1	1	AY.120	0.000037
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.120.2.1	0.000498
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.121	0.000135
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	AY.121	0.000135
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.13	0.000161
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.16.1	0.00047
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	AY.2	0.000356
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	AY.20	0.000039
E	72	D72del	GAT	---	1	1	AY.26	0.000028
E	72	D72H	Gat	Cat	1	1	AY.27	0.000065
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	AY.28	0.00189
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.28	0.00189
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.29	0.000016
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	AY.29	0.000016
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	AY.3	0.00001
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.3	0.00001
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	AY.3.1	0.000085
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	AY.34.1	0.00051
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	AY.35	0.000233
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.36	0.000148
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	AY.38	0.000499
E	72	D72del	GAT	---	1	1	AY.39	0.000025
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	AY.39	0.000025
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.39.1	0.00004
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.39.1	0.00004
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.4.2	0.000022
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	AY.43	0.000004
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	AY.44	0.000006
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	AY.46	0.000104
E	72	D72del	GAT	---	1	1	AY.46.6	0.000072
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	AY.47	0.000031
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.48	0.000465
E	72	D72H	Gat	Cat	1	1	AY.5	0.000021
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	AY.5	0.000021
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	AY.50	0.000799
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	AY.51	0.000909
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.52	0.000814
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	AY.54	0.000095
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	AY.54	0.000095
E	72	D72del	GAT	---	1	1	AY.54	0.000095
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.6	0.000041
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.61	0.000105
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	AY.61	0.000105
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.68	0.000274
E	72	D72del	GAT	---	1	1	AY.68	0.000274
E	72	D72del	GAT	---	1	1	AY.7.1	0.000113
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.74	0.000116
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.83	0.001724
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.87	0.000833
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	AY.89	0.004902
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	AY.9	0.000068
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	AY.9.2	0.000037
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.91	0.00073
E	72	D72del	GAT	---	1	1	AY.95	0.000761
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.97	0.001701
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	AY.98	0.000079
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	AY.98.1	0.000048
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	AY.99.2	0.000092
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	AY.99.2	0.000092
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	AY.99.2	0.000092
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	B	0.000128
E	72	D72del	GAT	---	1	1	B	0.000128
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	B	0.000128
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	B.1	0.000009
E	72	D72del1	Gat	-at	1	1	B.1	0.000009
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	B.1.1	0.000018
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	B.1.1	0.000018
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	B.1.1	0.000018
E	72	D72F	GAt	TTt	1	1	B.1.1	0.000018
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	B.1.1	0.000018
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.1	0.000327
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.10	0.001115
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	B.1.1.101	0.01
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.160	0.02381
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.169	0.018182
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.171	0.003676
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.189	0.001513
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.214	0.000055
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.241	0.00207
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.251	0.007937
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.28	0.000311
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	B.1.1.28	0.000311
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	B.1.1.28	0.000311
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.297	0.002237
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.306	0.000438
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.306	0.000438
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.317	0.000412
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	B.1.1.318	0.000302
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	B.1.1.326	0.001761
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.366	0.015873
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.37	0.000193
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.377	0.001381
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.389	0.006061
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.398	0.003226
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	B.1.1.398	0.003226
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	B.1.1.51	0.001718
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.524	0.020833
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.1.526	0.003546
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.528	0.004808
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.67	0.004566
E	72	D72H	Gat	Cat	1	1	B.1.1.7	0.000001
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.1.70	0.000341
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.157	0.002985
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	B.1.160.28	0.002924
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	B.1.170	0.00431
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	B.1.177	0.000013
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.12	0.000152
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.177.15	0.000631
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.44	0.000519
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.51	0.004566
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.57	0.000281
E	72	D72del1	gAt	g-t	1	1	B.1.177.6	0.000977
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.177.62	0.001192
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	B.1.177.65	0.000665
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.177.81	0.000189
E	72	D72del1	gAt	g-t	1	1	B.1.2	0.000009
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	B.1.2	0.000009
E	72	D72del	GAT	---	1	1	B.1.218	0.005155
E	72	D72C	GAt	TGt	1	1	B.1.221	0.000071
E	72	D72F	GAt	TTt	1	1	B.1.221	0.000071
E	72	D72L	GAT	TTA	1	1	B.1.221	0.000071
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	B.1.221	0.000071
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	B.1.232	0.000537
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	B.1.243	0.00007
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.243	0.00007
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.258.17	0.000104
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.292	0.058824
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	B.1.294	0.032258
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.301	0.005917
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.351	0.00003
E	72	D72del	GAT	---	1	1	B.1.36	0.000146
E	72	D72del1	gAt	g-t	1	1	B.1.36.1	0.00114
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.36.24	0.006173
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.361	0.001289
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.367	0.000792
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.369	0.000285
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.380	0.006623
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	B.1.397	0.004854
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	B.1.397	0.004854
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	B.1.427	0.00005
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.427	0.00005
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	B.1.429	0.000024
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.438.1	0.000107
E	72	D72H	Gat	Cat	1	1	B.1.466	0.023256
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.466.2	0.000391
E	72	D72D	gaT	gaC	1	1	B.1.516	0.001957
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	B.1.524	0.001406
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	B.1.526	0.000024
E	72	D72del	GAT	---	1	1	B.1.526	0.000024
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.566	0.019231
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.580	0.004065
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.582	0.000491
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.582	0.000491
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.596	0.000087
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.599	0.00365
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.617.1	0.000129
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	B.1.617.1	0.000129
E	72	D72del	GAT	---	1	1	B.1.617.1	0.000129
E	72	D72H	Gat	Cat	1	1	B.1.617.2	0.000004
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	B.1.617.2	0.000004
E	72	D72E	gaT	gaG	1	1	B.1.617.2	0.000004
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.623	0.000536
E	72	D72del	GAT	---	1	1	B.1.627	0.00202
E	72	D72E	gaT	gaA	1	1	B.1.637	0.000073
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.1.637	0.000073
E	72	D72del	GAT	---	1	1	B.1.638	0.052632
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	B.1.9	0.006173
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.37	0.028571
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	B.6	0.00091
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	C.35	0.000774
E	72	D72E	gaT	gaA	1	1	C.37	0.000116
E	72	D72del2	GAT	--N	1	1	C.37	0.000116
E	72	D72del	GAT	---	1	1	C.37.1	0.002618
E	72	D72del2	GAT	--N	1	1	P.1	0.000016
E	72	D72N	Gat	Aat	1	1	P.1	0.000016
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	P.1	0.000016
E	72	D72A	gAt	gCt	1	1	P.1.1	0.000318
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	P.1.1	0.000318
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	P.1.10	0.000269
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	P.1.12	0.000484
E	72	D72del	GAT	---	1	1	P.1.13	0.000898
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	P.1.13	0.000898
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	P.1.2	0.001156
E	72	D72del	GAT	---	1	1	P.1.7	0.000319
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	P.2	0.000187
E	72	D72V	gAt	gTt	1	1	Q.3	0.000145
E	72	D72Y	Gat	Tat	1	1	Q.4	0.000455
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	Q.4	0.000455
E	72	D72A	gAT	gCG	1	1	Q.8	0.000165
E	72	D72G	gAt	gGt	1	1	Q.8	0.000165
E	72	D72del1	gAt	g-t	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.