CoV-GLUE Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = E : CodonNum = 58

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORF	CodonNum	Mut	ORF1abMut	MutType	RefCodon	MutCodon	AACount	CodonCount	CodonProp	Genome Position
E	58	V58F		nonsyn	Gtt	Ttt	8030	8030	1	26416-26418
E	58	V58I		nonsyn	Gtt	Att	571	570	0.998249	26416-26418
E	58	V58I		nonsyn	GtT	AtC	571	1	0.00175131	26416-26418
E	58	V58L		nonsyn	Gtt	Ctt	346	345	0.99711	26416-26418
E	58	V58L		nonsyn	GtT	TtG	346	1	0.00289017	26416-26418
E	58	V58V		syn	gtT	gtC	170	136	0.8	26416-26418
E	58	V58V		syn	gtT	gtG	170	24	0.141176	26416-26418
E	58	V58V		syn	gtT	gtA	170	10	0.0588235	26416-26418
E	58	V58del		del	GTT	---	70	70	1	26416-26418
E	58	V58A		nonsyn	gTt	gCt	13	13	1	26416-26418
E	58	V58del1		del	gTt	g-t	8	4	0.5	26416-26418
E	58	V58del1		del	Gtt	-tt	8	3	0.375	26416-26418
E	58	V58del1		del	GtT	-tY	8	1	0.125	26416-26418
E	58	V58G		nonsyn	gTt	gGt	3	2	0.666667	26416-26418
E	58	V58G		nonsyn	gTT	gGC	3	1	0.333333	26416-26418
E	58	V58S		nonsyn	GTt	AGt	3	1	0.333333	26416-26418
E	58	V58S		nonsyn	GTT	AGC	3	1	0.333333	26416-26418
E	58	V58S		nonsyn	GTt	TCt	3	1	0.333333	26416-26418
E	58	V58Y		nonsyn	GTt	TAt	1	1	1	26416-26418
E	58	V58D		nonsyn	gTt	gAt	1	1	1	26416-26418
E	58	V58N		nonsyn	GTt	AAt	1	1	1	26416-26418
E	58	V58T		nonsyn	GTT	ACA	1	1	1	26416-26418

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORF	CodonNum	Mut	RefCodon	MutCodon	CodonCount	AACount	Lineage	LineageCodonProp
E	58	V58F	Gtt	Ttt	8030	8030	All	0.001536
E	58	V58F	Gtt	Ttt	4067	4067	AY.4	0.00633
E	58	V58F	Gtt	Ttt	1815	1815	B.1.1.7	0.001625
E	58	V58I	Gtt	Att	570	571	All	0.000109
E	58	V58I	GtT	AtC	1	571	All	0
E	58	V58L	Gtt	Ctt	345	346	All	0.000066
E	58	V58L	GtT	TtG	1	346	All	0
E	58	V58F	Gtt	Ttt	281	281	AY.43	0.001245
E	58	V58I	Gtt	Att	211	211	B.1.234	0.02784
E	58	V58F	Gtt	Ttt	172	172	N.3	1
E	58	V58V	gtT	gtC	136	170	All	0.000026
E	58	V58V	gtT	gtG	24	170	All	0.000005
E	58	V58V	gtT	gtA	10	170	All	0.000002
E	58	V58F	Gtt	Ttt	161	161	B.1.617.2	0.000606
E	58	V58F	Gtt	Ttt	128	128	AY.44	0.000779
E	58	V58F	Gtt	Ttt	125	125	P.1.14	0.005975
E	58	V58F	Gtt	Ttt	104	104	AY.103	0.000646
E	58	V58del	GTT	---	70	70	All	0.000013
E	58	V58F	Gtt	Ttt	65	65	P.1	0.001024
E	58	V58I	Gtt	Att	59	59	AY.4	0.000092
E	58	V58F	Gtt	Ttt	56	56	AY.9.2	0.002057
E	58	V58I	Gtt	Att	49	49	B.1.1.7	0.000044
E	58	V58F	Gtt	Ttt	49	49	B.1.429	0.001153
E	58	V58L	Gtt	Ctt	43	43	AY.4	0.000067
E	58	V58L	Gtt	Ctt	38	38	AY.46.4	0.006251
E	58	V58F	Gtt	Ttt	38	38	B.1.160	0.001185
E	58	V58F	Gtt	Ttt	36	36	C.37	0.004178
E	58	V58F	Gtt	Ttt	33	33	AY.102	0.000875
E	58	V58I	Gtt	Att	33	33	B.1.351	0.000981
E	58	V58F	Gtt	Ttt	31	31	AY.3	0.000308
E	58	V58F	Gtt	Ttt	31	31	AY.42	0.001247
E	58	V58F	Gtt	Ttt	31	31	B.1.160.18	0.226277
E	58	V58L	Gtt	Ctt	30	30	AY.4.2	0.000651
E	58	V58F	Gtt	Ttt	29	29	B.1.526	0.000682
E	58	V58L	Gtt	Ctt	28	28	AY.44	0.00017
E	58	V58F	Gtt	Ttt	27	27	AY.4.2	0.000586
E	58	V58F	Gtt	Ttt	26	26	AY.39	0.000642
E	58	V58L	Gtt	Ctt	24	25	B.1	0.00022
E	58	V58L	GtT	TtG	1	25	B.1	0.000009
E	58	V58F	Gtt	Ttt	25	25	B.1.2	0.00022
E	58	V58F	Gtt	Ttt	25	25	B.1.427	0.001262
E	58	V58F	Gtt	Ttt	25	25	B.1.637	0.001827
E	58	V58I	Gtt	Att	24	24	B.1	0.00022
E	58	V58V	gtT	gtC	24	24	B.1.526	0.000564
E	58	V58F	Gtt	Ttt	22	22	AY.25	0.000132
E	58	V58F	Gtt	Ttt	22	22	AY.29	0.000347
E	58	V58V	gtT	gtC	20	21	B.1	0.000183
E	58	V58V	gtT	gtG	1	21	B.1	0.000009
E	58	V58L	Gtt	Ctt	20	20	AY.5	0.000413
E	58	V58F	Gtt	Ttt	20	20	B.1.1	0.000363
E	58	V58F	Gtt	Ttt	19	19	B.1	0.000174
E	58	V58F	Gtt	Ttt	17	17	AY.119	0.0006
E	58	V58I	Gtt	Att	17	17	AY.8	0.010303
E	58	V58F	Gtt	Ttt	16	16	AY.118	0.001002
E	58	V58V	gtT	gtC	13	16	B.1.1.7	0.000012
E	58	V58V	gtT	gtG	2	16	B.1.1.7	0.000002
E	58	V58V	gtT	gtA	1	16	B.1.1.7	0.000001
E	58	V58F	Gtt	Ttt	15	15	AY.5	0.00031
E	58	V58L	Gtt	Ctt	15	15	B.1.1.7	0.000013
E	58	V58F	Gtt	Ttt	14	14	AY.110	0.001578
E	58	V58F	Gtt	Ttt	14	14	AY.5.4	0.003874
E	58	V58F	Gtt	Ttt	14	14	AY.98	0.001106
E	58	V58F	Gtt	Ttt	14	14	B.1.1.33	0.005892
E	58	V58L	Gtt	Ctt	14	14	B.1.617.2	0.000053
E	58	V58V	gtT	gtG	6	14	B.1.617.2	0.000023
E	58	V58V	gtT	gtC	4	14	B.1.617.2	0.000015
E	58	V58V	gtT	gtA	4	14	B.1.617.2	0.000015
E	58	V58A	gTt	gCt	13	13	All	0.000002
E	58	V58I	Gtt	Att	13	13	AY.39	0.000321
E	58	V58F	Gtt	Ttt	13	13	AY.6	0.000535
E	58	V58F	Gtt	Ttt	13	13	AY.7.2	0.007271
E	58	V58I	Gtt	Att	12	12	AY.103	0.000075
E	58	V58F	Gtt	Ttt	12	12	AY.20	0.000466
E	58	V58F	Gtt	Ttt	12	12	AY.41	0.003527
E	58	V58F	Gtt	Ttt	12	12	B.1.620	0.011353
E	58	V58L	Gtt	Ctt	11	11	AY.25	0.000066
E	58	V58F	Gtt	Ttt	11	11	AY.34	0.001067
E	58	V58F	Gtt	Ttt	11	11	AY.75	0.000616
E	58	V58I	Gtt	Att	11	11	B.1.617.2	0.000041
E	58	V58V	gtT	gtC	10	10	AY.120	0.000372
E	58	V58V	gtT	gtC	10	10	AY.25	0.00006
E	58	V58F	Gtt	Ttt	10	10	AY.4.5	0.001075
E	58	V58I	Gtt	Att	10	10	AY.44	0.000061
E	58	V58F	Gtt	Ttt	10	10	AY.87	0.008326
E	58	V58del	GTT	---	10	10	P.1	0.000158
E	58	V58L	Gtt	Ctt	9	9	AY.102	0.000239
E	58	V58V	gtT	gtC	9	9	AY.93	0.002458
E	58	V58del	GTT	---	9	9	B.1	0.000082
E	58	V58I	Gtt	Att	9	9	B.1.1.1	0.00294
E	58	V58I	Gtt	Att	9	9	B.1.177.60	0.001966
E	58	V58F	Gtt	Ttt	9	9	Q.1	0.001137
E	58	V58del1	gTt	g-t	4	8	All	0.000001
E	58	V58del1	Gtt	-tt	3	8	All	0.000001
E	58	V58del1	GtT	-tY	1	8	All	0
E	58	V58L	Gtt	Ctt	8	8	AY.103	0.00005
E	58	V58F	Gtt	Ttt	8	8	AY.113	0.001139
E	58	V58V	gtT	gtC	8	8	AY.16	0.003037
E	58	V58F	Gtt	Ttt	8	8	AY.47	0.000249
E	58	V58F	Gtt	Ttt	8	8	B.1.617.1	0.001032
E	58	V58I	Gtt	Att	7	7	AY.25	0.000042
E	58	V58F	Gtt	Ttt	7	7	AY.46.6	0.000505
E	58	V58F	Gtt	Ttt	7	7	AY.63	0.002708
E	58	V58I	Gtt	Att	7	7	B.1.1	0.000127
E	58	V58I	Gtt	Att	7	7	B.1.2	0.000062
E	58	V58I	Gtt	Att	7	7	B.1.429	0.000165
E	58	V58F	Gtt	Ttt	7	7	C.40	0.194444
E	58	V58del	GTT	---	7	7	P.1.15	0.001626
E	58	V58F	Gtt	Ttt	7	7	P.1.17	0.001132
E	58	V58F	Gtt	Ttt	6	6	AY.26	0.00017
E	58	V58F	Gtt	Ttt	6	6	AY.27	0.000388
E	58	V58F	Gtt	Ttt	6	6	AY.39.1	0.000238
E	58	V58V	gtT	gtG	5	6	AY.4	0.000008
E	58	V58V	gtT	gtC	1	6	AY.4	0.000002
E	58	V58F	Gtt	Ttt	6	6	AY.4.4	0.002455
E	58	V58F	Gtt	Ttt	6	6	AY.46	0.000624
E	58	V58L	Gtt	Ctt	6	6	AZ.2	0.004926
E	58	V58F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.177	0.000079
E	58	V58F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.36	0.000875
E	58	V58F	Gtt	Ttt	6	6	B.1.621	0.000531
E	58	V58L	Gtt	Ctt	6	6	P.1	0.000095
E	58	V58F	Gtt	Ttt	5	5	AY.100	0.00023
E	58	V58V	gtT	gtC	5	5	AY.103	0.000031
E	58	V58V	gtT	gtC	5	5	AY.20	0.000194
E	58	V58I	Gtt	Att	5	5	AY.3	0.00005
E	58	V58V	gtT	gtG	5	5	AY.43	0.000022
E	58	V58F	Gtt	Ttt	5	5	AY.45	0.000608
E	58	V58F	Gtt	Ttt	5	5	AY.93	0.001365
E	58	V58F	Gtt	Ttt	5	5	AY.98.1	0.000242
E	58	V58L	Gtt	Ctt	5	5	B	0.000639
E	58	V58del	GTT	---	5	5	B.1.1.7	0.000004
E	58	V58L	Gtt	Ctt	5	5	B.1.177	0.000066
E	58	V58I	Gtt	Att	5	5	B.1.177	0.000066
E	58	V58F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.351	0.000149
E	58	V58F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.525	0.000566
E	58	V58F	Gtt	Ttt	5	5	B.1.596	0.000436
E	58	V58V	gtT	gtC	4	4	AY.100	0.000184
E	58	V58I	Gtt	Att	4	4	AY.33	0.000267
E	58	V58V	gtT	gtC	4	4	AY.39	0.000099
E	58	V58F	Gtt	Ttt	4	4	AY.39.1.1	0.002899
E	58	V58L	Gtt	Ctt	4	4	AY.43	0.000018
E	58	V58I	Gtt	Att	4	4	AY.5	0.000083
E	58	V58F	Gtt	Ttt	4	4	AY.54	0.000381
E	58	V58I	Gtt	Att	4	4	AY.61	0.000419
E	58	V58F	Gtt	Ttt	4	4	AY.99.2	0.000369
E	58	V58A	gTt	gCt	4	4	B.1.1.7	0.000004
E	58	V58F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.221	0.000284
E	58	V58I	Gtt	Att	4	4	B.1.258.11	0.001585
E	58	V58F	Gtt	Ttt	4	4	B.1.258.11	0.001585
E	58	V58L	Gtt	Ctt	4	4	B.1.369	0.001141
E	58	V58F	Gtt	Ttt	4	4	D.2	0.0003
E	58	V58F	Gtt	Ttt	4	4	P.1.15	0.000929
E	58	V58F	Gtt	Ttt	4	4	P.2	0.000747
E	58	V58F	Gtt	Ttt	4	4	P.3	0.00638
E	58	V58V	gtT	gtG	2	3		0.111111
E	58	V58V	gtT	gtC	1	3		0.055556
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	A.28	0.007937
E	58	V58G	gTt	gGt	2	3	All	0
E	58	V58S	GTT	AGC	1	3	All	0
E	58	V58S	GTt	TCt	1	3	All	0
E	58	V58G	gTT	gGC	1	3	All	0
E	58	V58S	GTt	AGt	1	3	All	0
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	AY.106	0.001005
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	AY.117	0.000254
E	58	V58L	Gtt	Ctt	3	3	AY.119	0.000106
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	AY.120	0.000112
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	AY.120.2.1	0.001495
E	58	V58L	Gtt	Ctt	3	3	AY.16	0.001139
E	58	V58L	Gtt	Ctt	3	3	AY.20	0.000117
E	58	V58del	GTT	---	3	3	AY.25	0.000018
E	58	V58L	Gtt	Ctt	3	3	AY.26	0.000085
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	AY.4.2.1	0.000447
E	58	V58L	Gtt	Ctt	3	3	AY.42	0.000121
E	58	V58del	GTT	---	3	3	AY.43	0.000013
E	58	V58I	Gtt	Att	3	3	AY.43	0.000013
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	AY.46.2	0.001906
E	58	V58L	Gtt	Ctt	3	3	AY.50	0.002398
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	AY.59	0.001589
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	AY.61	0.000314
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	AY.9.1	0.000251
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.1.189	0.004539
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.1.214	0.000166
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.1.318	0.000905
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.1.434	0.001046
E	58	V58del1	gTt	g-t	2	3	B.1.1.7	0.000002
E	58	V58del1	Gtt	-tt	1	3	B.1.1.7	0.000001
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.177.57	0.000843
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.234	0.000396
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.243	0.000209
E	58	V58L	Gtt	Ctt	3	3	B.1.243	0.000209
E	58	V58I	Gtt	Att	3	3	B.1.596	0.000261
E	58	V58del	GTT	---	3	3	B.1.621	0.000266
E	58	V58F	Gtt	Ttt	3	3	B.1.631	0.010101
E	58	V58del	GTT	---	3	3	C.37	0.000348
E	58	V58I	Gtt	Att	3	3	P.1	0.000047
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E	58	V58L	Gtt	Ctt	1	1	R.1	0.00009

CoV-GLUE is still in development. CoV-GLUE was originally developed as part of COG-UK by Josh Singer using the GLUE framework at the MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research (CVR). In 2021 it was redeveloped by Richard Orton to scale to the millions of genome sequences available. We acknowledge support from the MRC (MC_UU_12014/12), WT (220977/Z/20/Z) and UKRI G2P (MR/W005611/1). Please contact Richard Orton with any queries: Richard.Orton@glasgow.ac.uk

CoV-GLUE uses sequence data from GISAID. GISAID data provided via this web application is subject to GISAID's Terms and Conditions.