CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = E : CodonNum = 3

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
E3S3SsyntcAtcT239970.40585826251-26253
E3S3SsyntcAtcC239920.38493726251-26253
E3S3SsyntcAtcG239500.20920526251-26253
E3S3LnonsyntCatTa140140126251-26253
E3S3PnonsynTcaCca123123126251-26253
E3S3XnonsyntCatGa26210.80769226251-26253
E3S3XnonsyntCatAa2650.19230826251-26253
E3S3deldelTCA---1111126251-26253
E3S3AnonsynTcaGca77126251-26253
E3S3TnonsynTcaAca44126251-26253
E3S3HnonsynTCACAT22126251-26253
E3S3del1delTca-ca11126251-26253

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
E3S3StcAtcT97239All0.000019
E3S3StcAtcC92239All0.000018
E3S3StcAtcG50239All0.00001
E3S3LtCatTa140140All0.000027
E3S3PTcaCca123123All0.000024
E3S3StcAtcC5162B.1.617.20.000192
E3S3StcAtcT1062B.1.617.20.000038
E3S3StcAtcG162B.1.617.20.000004
E3S3PTcaCca4848B.1.1.70.000043
E3S3PTcaCca3232AY.440.000195
E3S3XtCatGa2126All0.000004
E3S3XtCatAa526All0.000001
E3S3LtCatTa2323AY.40.000036
E3S3StcAtcT1123B.1.1.70.00001
E3S3StcAtcC623B.1.1.70.000005
E3S3StcAtcG623B.1.1.70.000005
E3S3StcAtcG1317AY.40.00002
E3S3StcAtcT317AY.40.000005
E3S3StcAtcC117AY.40.000002
E3S3LtCatTa1616B.1.1.4340.005577
E3S3StcAtcT1515B.1.1770.000198
E3S3LtCatTa1313B.1.617.10.001677
E3S3LtCatTa1212B.1.1.70.000011
E3S3delTCA---1111All0.000002
E3S3PTcaCca1111AY.40.000017
E3S3StcAtcC711AY.50.000145
E3S3StcAtcT411AY.50.000083
E3S3StcAtcT810AY.250.000048
E3S3StcAtcG210AY.250.000012
E3S3LtCatTa1010B.1.617.20.000038
E3S3StcAtcC59AY.1030.000031
E3S3StcAtcG39AY.1030.000019
E3S3StcAtcT19AY.1030.000006
E3S3XtCatGa99B.1.1.70.000008
E3S3XtCatGa99B.1.5250.001018
E3S3ATcaGca77All0.000001
E3S3StcAtcT67AY.440.000037
E3S3StcAtcG17AY.440.000006
E3S3StcAtcT47B.1.10.000073
E3S3StcAtcG27B.1.10.000036
E3S3StcAtcC17B.1.10.000018
E3S3StcAtcG47B.1.20.000035
E3S3StcAtcT37B.1.20.000026
E3S3StcAtcC77D.20.000525
E3S3StcAtcT66AH.10.857143
E3S3PTcaCca66B.1.4270.000303
E3S3LtCatTa66P.10.000095
E3S3LtCatTa55AY.4.20.000108
E3S3StcAtcT45AY.430.000018
E3S3StcAtcG15AY.430.000004
E3S3TTcaAca44All0.000001
E3S3LtCatTa44AY.200.000155
E3S3ATcaGca44AY.260.000113
E3S3LtCatTa44AY.440.000024
E3S3XtCatAa34B.10.000027
E3S3XtCatGa14B.10.000009
E3S3LtCatTa33AY.1020.00008
E3S3StcAtcC33AY.160.001139
E3S3LtCatTa33AY.250.000018
E3S3LtCatTa33AY.390.000074
E3S3StcAtcC23AY.390.000049
E3S3StcAtcT13AY.390.000025
E3S3LtCatTa33AY.430.000013
E3S3LtCatTa33B.1.177.810.000568
E3S3LtCatTa33B.1.20.000026
E3S3StcAtcC33B.1.2350.007557
E3S3TTcaAca33B.1.4270.000151
E3S3delTCA---220.111111
E3S3HTCACAT220.111111
E3S3HTCACAT22All0
E3S3PTcaCca22AY.1020.000053
E3S3StcAtcT22AY.1170.000169
E3S3StcAtcG22AY.200.000078
E3S3LtCatTa22AY.260.000057
E3S3StcAtcT22AY.270.000129
E3S3PTcaCca22AY.4.50.000215
E3S3PTcaCca22AY.60.000082
E3S3StcAtcT22AY.740.000231
E3S3LtCatTa22AY.930.000546
E3S3StcAtcT12B.10.000009
E3S3StcAtcG12B.10.000009
E3S3StcAtcG22B.1.1.280.000622
E3S3delTCA---22B.1.1.70.000002
E3S3PTcaCca22B.1.20.000018
E3S3LtCatTa22B.1.351.30.001753
E3S3StcAtcG22B.1.4270.000101
E3S3LtCatTa22B.1.5950.000522
E3S3PTcaCca22B.1.617.20.000008
E3S3StcAtcT22P.10.000032
E3S3XtCatAa11A0.000387
E3S3del1Tca-ca11All0
E3S3LtCatTa11AY.1000.000046
E3S3StcAtcC11AY.1000.000046
E3S3PTcaCca11AY.1000.000046
E3S3StcAtcT11AY.1020.000027
E3S3PTcaCca11AY.1030.000006
E3S3LtCatTa11AY.1030.000006
E3S3ATcaGca11AY.1130.000142
E3S3StcAtcT11AY.1130.000142
E3S3delTCA---11AY.1180.000063
E3S3PTcaCca11AY.1190.000035
E3S3StcAtcG11AY.1190.000035
E3S3LtCatTa11AY.1190.000035
E3S3StcAtcG11AY.1200.000037
E3S3TTcaAca11AY.1200.000037
E3S3StcAtcC11AY.1210.000135
E3S3StcAtcC11AY.140.000088
E3S3PTcaCca11AY.230.00007
E3S3PTcaCca11AY.250.000006
E3S3StcAtcC11AY.290.000016
E3S3delTCA---11AY.390.000025
E3S3StcAtcG11AY.39.10.00004
E3S3XtCatGa11AY.40.000002
E3S3delTCA---11AY.4.50.000107
E3S3PTcaCca11AY.430.000004
E3S3delTCA---11AY.430.000004
E3S3StcAtcG11AY.450.000122
E3S3PTcaCca11AY.46.60.000072
E3S3PTcaCca11AY.470.000031
E3S3LtCatTa11AY.470.000031
E3S3PTcaCca11AY.50.000021
E3S3StcAtcG11AY.590.00053
E3S3LtCatTa11AY.610.000105
E3S3StcAtcC11AY.610.000105
E3S3delTCA---11AY.680.000274
E3S3StcAtcT11AY.720.001361
E3S3LtCatTa11AY.730.000665
E3S3ATcaGca11AY.740.000116
E3S3LtCatTa11AY.750.000056
E3S3delTCA---11AY.750.000056
E3S3StcAtcT11AY.910.00073
E3S3StcAtcT11AY.920.000287
E3S3LtCatTa11AZ.60.008403
E3S3StcAtcT11B0.000128
E3S3PTcaCca11B.10.000009
E3S3LtCatTa11B.10.000009
E3S3LtCatTa11B.1.10.000018
E3S3PTcaCca11B.1.10.000018
E3S3XtCatAa11B.1.10.000018
E3S3LtCatTa11B.1.1.1530.001095
E3S3StcAtcG11B.1.1.2140.000055
E3S3LtCatTa11B.1.1.2220.000204
E3S3StcAtcG11B.1.1.2360.006897
E3S3LtCatTa11B.1.1.2910.000742
E3S3StcAtcG11B.1.1.5190.00004
E3S3LtCatTa11B.1.1.630.000386
E3S3LtCatTa11B.1.1.700.000341
E3S3StcAtcC11B.1.1110.001175
E3S3del1Tca-ca11B.1.1270.002198
E3S3LtCatTa11B.1.1770.000013
E3S3StcAtcG11B.1.177.600.000218
E3S3LtCatTa11B.1.177.70.000165
E3S3LtCatTa11B.1.177.720.00339
E3S3delTCA---11B.1.2180.005155
E3S3PTcaCca11B.1.221.10.002907
E3S3StcAtcG11B.1.2430.00007
E3S3PTcaCca11B.1.258.170.000104
E3S3PTcaCca11B.1.2790.000514
E3S3XtCatGa11B.1.3110.000275
E3S3StcAtcT11B.1.3510.00003
E3S3PTcaCca11B.1.4290.000024
E3S3LtCatTa11B.1.5960.000087
E3S3LtCatTa11B.1.6210.000089
E3S3StcAtcT11B.1.621.10.000506
E3S3ATcaGca11B.230.002924
E3S3StcAtcT11C.370.000116
E3S3PTcaCca11D.20.000075
E3S3StcAtcT11P.1.10.000318
E3S3LtCatTa11P.1.20.001156
E3S3StcAtcT11P.1.60.001946
E3S3StcAtcT11P.20.000187