CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = E : CodonNum = 27

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
E27L27LsynttGttA177416790.94644926323-26325
E27L27LsynTtgCtg1774930.052423926323-26325
E27L27LsynTtGCtC177410.00056369826323-26325
E27L27LsynTtGCtA177410.00056369826323-26325
E27L27FnonsynttGttT1281180.92187526323-26325
E27L27FnonsynttGttC128100.07812526323-26325
E27L27deldelTTG---9494126323-26325
E27L27SnonsyntTgtCg47450.95744726323-26325
E27L27SnonsyntTGtCA4720.042553226323-26325
E27L27VnonsynTtgGtg88126323-26325
E27L27RnonsynTTGCGT630.526323-26325
E27L27del1delTtg-tg630.526323-26325
E27L27del1delttGtt-620.33333326323-26325
E27L27RnonsynTTgCGg610.16666726323-26325
E27L27RnonsynTTgAGg610.16666726323-26325
E27L27del1delTTG-NN610.16666726323-26325
E27L27RnonsynTTGCGC610.16666726323-26325
E27L27TnonsynTTGACC33126323-26325
E27L27XnonsyntTgtAg33126323-26325
E27L27MnonsynTtgAtg33126323-26325
E27L27PnonsynTTgCCg210.526323-26325
E27L27PnonsynTTGCCA210.526323-26325
E27L27GnonsynTTGGGA210.526323-26325
E27L27GnonsynTTGGGT210.526323-26325
E27L27QnonsynTTGCAA11126323-26325

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
E27L27LttGttA16791774All0.000321
E27L27LTtgCtg931774All0.000018
E27L27LTtGCtA11774All0
E27L27LTtGCtC11774All0
E27L27LttGttA14941494B.1.2320.802794
E27L27FttGttT118128All0.000023
E27L27FttGttC10128All0.000002
E27L27delTTG---9494All0.000018
E27L27StTgtCg4547All0.000009
E27L27StTGtCA247All0
E27L27LttGttA3942B.10.000357
E27L27LTtgCtg342B.10.000027
E27L27FttGttT3131B.1.1.70.000028
E27L27LTtgCtg3030B.1.1770.000395
E27L27LttGttA2929AY.1190.001024
E27L27LttGttA2629B.1.1.70.000023
E27L27LTtgCtg329B.1.1.70.000003
E27L27LTtgCtg2020AY.4.2.10.00298
E27L27FttGttT1515AY.250.00009
E27L27LttGttA1414AY.440.000085
E27L27delTTG---1414P.10.000221
E27L27LttGttA713AY.40.000011
E27L27LTtgCtg613AY.40.000009
E27L27StTgtCg1313B.1.1.70.000012
E27L27delTTG---99P.1.150.002091
E27L27VTtgGtg88All0.000002
E27L27LttGttA88AY.116.10.002491
E27L27FttGttT58AY.40.000008
E27L27FttGttC38AY.40.000005
E27L27delTTG---88B.1.1.70.000007
E27L27LttGttA78B.1.617.20.000026
E27L27LTtgCtg18B.1.617.20.000004
E27L27delTTG---88B.1.6210.000708
E27L27delTTG---77B.10.000064
E27L27LTtgCtg77B.1.36.180.002941
E27L27del1Ttg-tg36All0.000001
E27L27RTTGCGT36All0.000001
E27L27del1ttGtt-26All0
E27L27RTTgCGg16All0
E27L27del1TTG-NN16All0
E27L27RTTgAGg16All0
E27L27RTTGCGC16All0
E27L27FttGttT66AY.30.00006
E27L27FttGttT66AY.440.000037
E27L27LTtgCtg66B.1.20.000053
E27L27delTTG---66C.370.000696
E27L27LttGttA35AY.430.000013
E27L27LTtgCtg25AY.430.000009
E27L27FttGttT55B.1.1.2840.000537
E27L27FttGttT55B.1.20.000044
E27L27LttGttA44AY.1110.000733
E27L27LttGttA44AY.250.000024
E27L27LttGttA44AY.470.000124
E27L27delTTG---44AY.850.001709
E27L27FttGttT34B.10.000027
E27L27FttGttC14B.10.000009
E27L27StTgtCg44B.1.10.000073
E27L27LttGttA44B.1.177.210.000306
E27L27FttGttT44B.1.177.460.003673
E27L27LTtgCtg130.055556
E27L27LttGttA130.055556
E27L27LTtGCtA130.055556
E27L27MTtgAtg33All0.000001
E27L27TTTGACC33All0.000001
E27L27XtTgtAg33All0.000001
E27L27LttGttA33AY.1030.000019
E27L27FttGttT33AY.1130.000427
E27L27delTTG---33AY.250.000018
E27L27LttGttA23AY.420.00008
E27L27LTtgCtg13AY.420.00004
E27L27delTTG---33AY.430.000013
E27L27FttGttT33AY.430.000013
E27L27VTtgGtg33AY.850.001282
E27L27RTTGCGT13AY.850.000427
E27L27RTTGCGC13AY.850.000427
E27L27RTTgCGg13AY.850.000427
E27L27FttGttT23B.1.1770.000026
E27L27FttGttC13B.1.1770.000013
E27L27LttGttA33B.1.177.70.000495
E27L27FttGttT33P.10.000047
E27L27delTTG---220.111111
E27L27PTTgCCg120.055556
E27L27StTgtCg120.055556
E27L27PTTGCCA120.055556
E27L27StTGtCA120.055556
E27L27GTTGGGA12All0
E27L27GTTGGGT12All0
E27L27PTTGCCA12All0
E27L27PTTgCCg12All0
E27L27RTTGCGT22AY.1060.00067
E27L27StTgtCg22AY.130.000322
E27L27delTTG---22AY.390.000049
E27L27delTTG---22AY.40.000003
E27L27LTtgCtg12AY.750.000056
E27L27LttGttA12AY.750.000056
E27L27FttGttT22AY.770.002255
E27L27StTgtCg22AY.850.000854
E27L27GTTGGGA12AY.850.000427
E27L27GTTGGGT12AY.850.000427
E27L27FttGttT22B0.000256
E27L27FttGttT22B.1.10.000036
E27L27del1Ttg-tg22B.1.1.70.000002
E27L27StTGtCA12B.1.20.000009
E27L27StTgtCg12B.1.20.000009
E27L27LttGttA22B.1.214.20.001199
E27L27StTgtCg22B.1.2210.000142
E27L27LttGttA22B.1.2340.000264
E27L27StTgtCg22B.1.2580.000133
E27L27delTTG---22B.1.5250.000226
E27L27LTtgCtg12B.1.5260.000024
E27L27LttGttA12B.1.5260.000024
E27L27StTgtCg22B.1.5550.044444
E27L27LttGttA22B.6.60.001778
E27L27delTTG---22C.37.10.005236
E27L27LttGttA12D.20.000075
E27L27LTtgCtg12D.20.000075
E27L27FttGttC11AD.20.000219
E27L27QTTGCAA11All0
E27L27delTTG---11AY.100.00053
E27L27QTTGCAA11AY.1020.000027
E27L27StTgtCg11AY.1020.000027
E27L27StTgtCg11AY.1030.000006
E27L27XtTgtAg11AY.1030.000006
E27L27FttGttT11AY.1060.000335
E27L27delTTG---11AY.1180.000063
E27L27FttGttT11AY.1190.000035
E27L27FttGttT11AY.1200.000037
E27L27LttGttA11AY.120.10.000321
E27L27FttGttT11AY.140.000088
E27L27LTtgCtg11AY.16.10.00047
E27L27FttGttT11AY.200.000039
E27L27MTtgAtg11AY.250.000006
E27L27del1TTG-NN11AY.260.000028
E27L27delTTG---11AY.260.000028
E27L27FttGttT11AY.260.000028
E27L27LttGttA11AY.260.000028
E27L27LTtgCtg11AY.290.000016
E27L27delTTG---11AY.290.000016
E27L27LTtgCtg11AY.330.000067
E27L27delTTG---11AY.34.10.00051
E27L27FttGttT11AY.350.000233
E27L27LTtgCtg11AY.360.000148
E27L27LTtgCtg11AY.390.000025
E27L27StTgtCg11AY.40.000002
E27L27LttGttA11AY.4.50.000107
E27L27RTTgAGg11AY.420.00004
E27L27FttGttC11AY.46.60.000072
E27L27FttGttT11AY.50.000021
E27L27delTTG---11AY.540.000095
E27L27delTTG---11AY.680.000274
E27L27FttGttT11AY.700.000209
E27L27delTTG---11AY.750.000056
E27L27LTtgCtg11AY.75.10.00018
E27L27MTtgAtg11AY.850.000427
E27L27LTtGCtC11AY.850.000427
E27L27FttGttT11AY.9.10.000084
E27L27FttGttC11AY.900.000684
E27L27FttGttT11AY.920.000287
E27L27delTTG---11AY.950.000761
E27L27LttGttA11B0.000128
E27L27MTtgAtg11B.10.000009
E27L27TTTGACC11B.10.000009
E27L27StTgtCg11B.10.000009
E27L27TTTGACC11B.1.10.000018
E27L27delTTG---11B.1.10.000018
E27L27VTtgGtg11B.1.10.000018
E27L27del1Ttg-tg11B.1.10.000018
E27L27StTgtCg11B.1.1.1940.00495
E27L27StTgtCg11B.1.1.2140.000055
E27L27FttGttT11B.1.1.2160.00089
E27L27StTgtCg11B.1.1.2180.007692
E27L27delTTG---11B.1.1.270.00565
E27L27FttGttT11B.1.1.2940.001266
E27L27LTtgCtg11B.1.1.3180.000302
E27L27FttGttT11B.1.1.3540.004386
E27L27delTTG---11B.1.1.4090.002833
E27L27LttGttA11B.1.1.5190.00004
E27L27del1ttGtt-11B.1.1.5190.00004
E27L27TTTGACC11B.1.1.70.000001
E27L27VTtgGtg11B.1.1.70.000001
E27L27FttGttC11B.1.1.80.003584
E27L27LttGttA11B.1.1260.001276
E27L27StTgtCg11B.1.1470.000756
E27L27LttGttA11B.1.1570.002985
E27L27VTtgGtg11B.1.1770.000013
E27L27StTgtCg11B.1.1770.000013
E27L27LttGttA11B.1.177.440.000519
E27L27StTgtCg11B.1.177.570.000281
E27L27FttGttT11B.1.177.870.000728
E27L27LttGttA11B.1.1820.007246
E27L27LttGttA11B.1.2140.003663
E27L27delTTG---11B.1.2180.005155
E27L27FttGttC11B.1.2210.000071
E27L27LttGttA11B.1.2210.000071
E27L27del1ttGtt-11B.1.2320.000537
E27L27FttGttT11B.1.2340.000132
E27L27StTgtCg11B.1.2340.000132
E27L27StTgtCg11B.1.2360.002053
E27L27LttGttA11B.1.2410.000812
E27L27delTTG---11B.1.2580.000067
E27L27StTgtCg11B.1.258.160.001637
E27L27StTgtCg11B.1.3110.000275
E27L27LttGttA11B.1.3510.00003
E27L27delTTG---11B.1.360.000146
E27L27FttGttT11B.1.3690.000285
E27L27LttGttA11B.1.3690.000285
E27L27FttGttT11B.1.4290.000024
E27L27XtTgtAg11B.1.4290.000024
E27L27LttGttA11B.1.4290.000024
E27L27LTtgCtg11B.1.4690.00361
E27L27VTtgGtg11B.1.4970.000315
E27L27FttGttT11B.1.5150.014493
E27L27LttGttA11B.1.5240.001406
E27L27XtTgtAg11B.1.5440.006024
E27L27StTgtCg11B.1.5680.001111
E27L27delTTG---11B.1.6090.000479
E27L27delTTG---11B.1.617.10.000129
E27L27FttGttT11B.1.617.20.000004
E27L27LttGttA11B.1.6210.000089
E27L27VTtgGtg11B.1.6210.000089
E27L27delTTG---11B.1.6270.00202
E27L27delTTG---11B.1.6380.052632
E27L27LttGttA11B.1.940.027027
E27L27StTgtCg11B.380.02381
E27L27delTTG---11P.1.130.000898
E27L27LTtgCtg11P.1.140.000048
E27L27FttGttT11P.1.140.000048
E27L27delTTG---11P.1.70.000319
E27L27delTTG---11Q.20.000613
E27L27LTtgCtg11Q.80.000165