CoV-GLUE | Mutations | Mutation

CoV-GLUE Mutation: ORF = E : CodonNum = 20

Details of the codons used for the mutation across all lineages (CodonProp is the proportion each codon is used for this AA mutation):

ORFCodonNumMutORF1abMutMutTypeRefCodonMutCodonAACountCodonCountCodonPropGenome Position
E20F20LnonsynttTttG4932460.49898626302-26304
E20F20LnonsynTttCtt4932360.47870226302-26304
E20F20LnonsynttTttA493100.02028426302-26304
E20F20LnonsynTtTCtC49310.002028426302-26304
E20F20FsynttTttC134134126302-26304
E20F20InonsynTttAtt92910.9891326302-26304
E20F20InonsynTtTAtA9210.010869626302-26304
E20F20deldelTTT---4747126302-26304
E20F20SnonsyntTttCt33320.96969726302-26304
E20F20SnonsyntTTtCC3310.03030326302-26304
E20F20del2deltTTt--44126302-26304
E20F20del1delttTtt-430.7526302-26304
E20F20del1delTtTNt-410.2526302-26304
E20F20VnonsynTttGtt33126302-26304
E20F20YnonsyntTTtAC210.526302-26304
E20F20YnonsyntTttAt210.526302-26304
E20F20PnonsynTTTCCC210.526302-26304
E20F20PnonsynTTtCCt210.526302-26304
E20F20CnonsyntTttGt11126302-26304
E20F20NnonsynTTTAAC11126302-26304

Details of the mutation no within lineages (LineageCodonProp is the proportion the codon is observed at, at this particular site, on each lineage):

ORFCodonNumMutRefCodonMutCodonCodonCountAACountLineageLineageCodonProp
E20F20LttTttG246493All0.000047
E20F20LTttCtt236493All0.000045
E20F20LttTttA10493All0.000002
E20F20LTtTCtC1493All0
E20F20LttTttG192192AY.700.040033
E20F20FttTttC134134All0.000026
E20F20LTttCtt124124B.1.177.40.026171
E20F20ITttAtt9192All0.000017
E20F20ITtTAtA192All0
E20F20delTTT---4747All0.000009
E20F20LttTttG4141B.1.6161
E20F20StTttCt3233All0.000006
E20F20StTTtCC133All0
E20F20LTttCtt2929B.1.177.600.006335
E20F20FttTttC2020AY.360.002964
E20F20ITttAtt1616AY.360.002371
E20F20FttTttC1616B.1.2430.001113
E20F20FttTttC1515AY.40.000023
E20F20LTttCtt915B.1.1.70.000008
E20F20LttTttG615B.1.1.70.000005
E20F20ITttAtt1414B.1.1.70.000013
E20F20ITttAtt1313A.10.003664
E20F20LTttCtt1111AY.390.000272
E20F20LttTttA911B.1.1770.000119
E20F20LTttCtt211B.1.1770.000026
E20F20ITttAtt1010AY.440.000061
E20F20StTttCt88B.1.1.70.000007
E20F20FttTttC88B.1.1.70.000007
E20F20FttTttC88B.1.2340.001056
E20F20FttTttC77B.1.177.110.011885
E20F20ITttAtt77B.1.36.180.002941
E20F20LTttCtt66AY.250.000036
E20F20delTTT---66B0.000767
E20F20LTttCtt66B.1.617.20.000023
E20F20ITttAtt66R.10.00054
E20F20ITttAtt55AY.430.000022
E20F20LTttCtt45AY.590.002119
E20F20LttTttG15AY.590.00053
E20F20LTttCtt55B.1.10.000091
E20F20LTttCtt55B.1.1.5190.000199
E20F20delTTT---55P.10.000079
E20F20delTTT---55P.1.150.001162
E20F20del2tTTt--44All0.000001
E20F20del1ttTtt-34All0.000001
E20F20del1TtTNt-14All0
E20F20FttTttC44AY.1030.000025
E20F20LTttCtt24AY.1030.000012
E20F20LttTttA14AY.1030.000006
E20F20LttTttG14AY.1030.000006
E20F20FttTttC44AY.440.000024
E20F20LTttCtt44B.10.000037
E20F20FttTttC44B.1.3510.000119
E20F20ITttAtt44B.1.4290.000094
E20F20FttTttC330.166667
E20F20VTttGtt33All0.000001
E20F20StTttCt33AY.1020.00008
E20F20LTttCtt33AY.430.000013
E20F20FttTttC33AY.430.000013
E20F20delTTT---33AY.430.000013
E20F20FttTttC33AY.60.000123
E20F20StTttCt33B.10.000027
E20F20delTTT---33B.1.1.70.000003
E20F20FttTttC33B.1.20.000026
E20F20ITttAtt33B.1.617.20.000011
E20F20FttTttC33P.1.70.000958
E20F20StTttCt120.055556
E20F20LTttCtt120.055556
E20F20StTTtCC120.055556
E20F20LTtTCtC120.055556
E20F20PTTTCCC120.055556
E20F20PTTtCCt120.055556
E20F20PTTtCCt12All0
E20F20PTTTCCC12All0
E20F20YtTTtAC12All0
E20F20YtTttAt12All0
E20F20FttTttC22AY.1020.000053
E20F20LTttCtt22AY.1020.000053
E20F20FttTttC22AY.1130.000285
E20F20StTttCt22AY.1170.000169
E20F20delTTT---22AY.260.000057
E20F20LTttCtt22AY.290.000032
E20F20FttTttC22AY.29.10.000441
E20F20LTttCtt22AY.4.2.10.000298
E20F20FttTttC22AY.9.20.000073
E20F20ITttAtt22AZ.20.001642
E20F20delTTT---22B.10.000018
E20F20del1ttTtt-12B.10.000009
E20F20del1TtTNt-12B.10.000009
E20F20StTttCt22B.1.10.000036
E20F20FttTttC22B.1.177.560.001335
E20F20LTttCtt22B.1.20.000018
E20F20FttTttC22B.1.243.10.044444
E20F20StTttCt22B.1.258.110.000793
E20F20FttTttC22B.1.5250.000226
E20F20LTttCtt12B.1.5260.000024
E20F20LttTttG12B.1.5260.000024
E20F20FttTttC22B.1.617.20.000008
E20F20del2tTTt--22B.1.6210.000177
E20F20delTTT---22C.370.000232
E20F20delTTT---22C.37.10.005236
E20F20NTTTAAC11All0
E20F20CtTttGt11All0
E20F20delTTT---11AY.100.00053
E20F20ITttAtt11AY.1000.000046
E20F20FttTttC11AY.1180.000063
E20F20delTTT---11AY.1180.000063
E20F20FttTttC11AY.1210.000135
E20F20delTTT---11AY.250.000006
E20F20del2tTTt--11AY.250.000006
E20F20ITttAtt11AY.250.000006
E20F20delTTT---11AY.30.00001
E20F20LTttCtt11AY.30.00001
E20F20LttTttG11AY.330.000067
E20F20delTTT---11AY.390.000025
E20F20del2tTTt--11AY.390.000025
E20F20VTttGtt11AY.40.000002
E20F20ITttAtt11AY.40.000002
E20F20LTttCtt11AY.40.000002
E20F20YtTttAt11AY.40.000002
E20F20FttTttC11AY.4.2.10.000149
E20F20StTttCt11AY.420.00004
E20F20LTttCtt11AY.440.000006
E20F20ITttAtt11AY.46.40.000165
E20F20FttTttC11AY.50.000021
E20F20LTttCtt11AY.50.000021
E20F20delTTT---11AY.540.000095
E20F20ITttAtt11AY.550.000917
E20F20LTttCtt11AY.610.000105
E20F20FttTttC11AY.610.000105
E20F20delTTT---11AY.680.000274
E20F20delTTT---11AY.750.000056
E20F20ITttAtt11AY.780.001541
E20F20NTTTAAC11AY.850.000427
E20F20LTttCtt11AY.90.000068
E20F20FttTttC11B0.000128
E20F20FttTttC11B.10.000009
E20F20CtTttGt11B.10.000009
E20F20VTttGtt11B.10.000009
E20F20ITttAtt11B.10.000009
E20F20delTTT---11B.1.10.000018
E20F20StTttCt11B.1.1.1350.004695
E20F20LTttCtt11B.1.1.250.000569
E20F20YtTTtAC11B.1.1.3060.000438
E20F20LTttCtt11B.1.1.3170.000412
E20F20FttTttC11B.1.1.4090.002833
E20F20LTttCtt11B.1.1.4330.001425
E20F20delTTT---11B.1.1.80.003584
E20F20VTttGtt11B.1.1600.000031
E20F20delTTT---11B.1.1770.000013
E20F20StTttCt11B.1.1770.000013
E20F20FttTttC11B.1.177.570.000281
E20F20StTttCt11B.1.20.000009
E20F20ITtTAtA11B.1.2100.002132
E20F20delTTT---11B.1.2180.005155
E20F20LttTttG11B.1.2210.000071
E20F20LTttCtt11B.1.230.006061
E20F20ITttAtt11B.1.2340.000132
E20F20FttTttC11B.1.2360.002053
E20F20LTttCtt11B.1.2430.00007
E20F20delTTT---11B.1.2580.000067
E20F20StTttCt11B.1.2580.000067
E20F20LTttCtt11B.1.3370.005587
E20F20LTttCtt11B.1.360.000146
E20F20ITttAtt11B.1.36.100.004785
E20F20FttTttC11B.1.3600.012658
E20F20StTttCt11B.1.4290.000024
E20F20FttTttC11B.1.466.20.000391
E20F20LTttCtt11B.1.5150.014493
E20F20del1ttTtt-11B.1.5250.000113
E20F20LTttCtt11B.1.5270.003704
E20F20LttTttG11B.1.5760.000907
E20F20FttTttC11B.1.5820.000491
E20F20StTttCt11B.1.617.20.000004
E20F20del1ttTtt-11B.1.6210.000089
E20F20delTTT---11B.1.6210.000089
E20F20ITttAtt11B.1.6210.000089
E20F20ITttAtt11B.1.6250.002353
E20F20FttTttC11B.1.6260.005714
E20F20delTTT---11B.1.6270.00202
E20F20StTttCt11B.1.6370.000073
E20F20StTttCt11D.20.000075
E20F20FttTttC11P.10.000016
E20F20StTttCt11P.10.000016
E20F20LttTttG11P.10.000016
E20F20delTTT---11P.1.130.000898
E20F20FttTttC11P.1.140.000048
E20F20LTttCtt11P.1.150.000232
E20F20delTTT---11P.1.70.000319
E20F20StTttCt11P.20.000187
E20F20FttTttC11Q.20.000613